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万見
- PDB-1bet: NEW PROTEIN FOLD REVEALED BY A 2.3 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bet
タイトルNEW PROTEIN FOLD REVEALED BY A 2.3 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF NERVE GROWTH FACTOR
要素BETA-NERVE GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding ...TRKA activation by NGF / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NGF processing / Axonal growth stimulation / Frs2-mediated activation / positive regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / PI3K/AKT activation / ARMS-mediated activation / nerve growth factor receptor binding / NRIF signals cell death from the nucleus / p75NTR recruits signalling complexes / positive regulation of neuron maturation / Retrograde neurotrophin signalling / NF-kB is activated and signals survival / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / regulation of neurotransmitter secretion / positive regulation of collateral sprouting / peripheral nervous system development / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon extension / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of neuron differentiation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / neuron projection morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of axon extension / positive regulation of protein ubiquitination / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / sensory perception of pain / endosome lumen / growth factor activity / positive regulation of neuron projection development / circadian rhythm / neuron projection development / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum lumen / lipid binding / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mcdonald, N.Q. / Lapatto, R. / Murray-Rust, J. / Gunning, J. / Wlodawer, A. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: New protein fold revealed by a 2.3-A resolution crystal structure of nerve growth factor.
著者: McDonald, N.Q. / Lapatto, R. / Murray-Rust, J. / Gunning, J. / Wlodawer, A. / Blundell, T.L.
履歴
登録1993年4月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-NERVE GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9931
ポリマ－11,9931
非ポリマー00
水57632
1
A: BETA-NERVE GROWTH FACTOR

A: BETA-NERVE GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9852
ポリマ－23,9852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area2740 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.480, 56.480, 182.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 BETA-NERVE GROWTH FACTOR


分子量: 11992.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01139
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMphosphate11
2MPD11

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 7522 / % possible obs: 90.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
RESTRAIN精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rwork: 0.22 / Rfactor obs: 0.22
詳細: THERE IS VERY POOR ELECTRON DENSITY FOR THE ASN 43 - SER 47 LOOP. THERE IS NO FITTABLE DENSITY FOR RESIDUES 1 - 9 OR FOR THE C-TERMINUS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数840 0 0 32 872
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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