PDB-3ded: C-terminal domain of Probable hemolysin from Chromobacterium violaceum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ded

タイトル

C-terminal domain of Probable hemolysin from Chromobacterium violaceum

要素

Probable hemolysin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / hemolysin / Chromobacterium violaceum / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromobacterium violaceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of C-terminal domain of Probable hemolysin from Chromobacterium violaceum
著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ded.cif.gz	130.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ded.ent.gz	107.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ded.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3ded ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3ded	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2o6s-1 2jvz-d 2pls-4 1eks-d 1r1q-3 4wpy-1 1t97-2 3l46-d 2z0r-3 4q2n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7577

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: APC7577

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (2) #140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Probable hemolysin

B: Probable hemolysin

C: Probable hemolysin

D: Probable hemolysin

E: Probable hemolysin

F: Probable hemolysin

ヘテロ分子

79.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable hemolysin

B: Probable hemolysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Probable hemolysin

D: Probable hemolysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Probable hemolysin

F: Probable hemolysin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.144, 55.312, 93.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable hemolysin 分子量: 13233.957 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 337-427 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) 遺伝子: CV_0231 / プラスミド: pET derivatives / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivatives / 参照: UniProt: Q7P1I2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.88 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M NaCacodylate pH 6.5, 0.2M Ca(OAC), 9%PEG4K., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月26日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 37557 / Num. obs: 37093 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 21.34
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / Num. unique all: 3664 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.14→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 8.251 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2347	1847	5 %	RANDOM
R_work	0.18578	-	-	-
all	0.18823	36956	-	-
obs	0.18823	36956	97.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.544 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.78 Å²	0 Å²	-1.07 Å²
2-	-	1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4206	0	9	452	4667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.417	1.94	5756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.63	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.984	23.291	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.461	15	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.898	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.79	1.5	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.313	2	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.176	3	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.276	4.5	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.137→2.192 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	123	-
R_work	0.178	2360	-
obs	-	2483	90.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.504	0.3081	0.7677	0.9317	-0.4228	3.5944	-0.0934	0.2074	0.0084	0.0487	-0.0313	0.0776	-0.1164	-0.0008	0.1247	-0.0823	-0.0215	-0.0053	-0.0586	-0.0171	-0.0721	14.2933	18.3485	-11.3738
2	3.6634	0.2255	-0.3465	1.1637	-0.6994	3.7895	-0.0858	-0.0741	0.2701	0.1185	0.1171	0.1607	-0.443	-0.2406	-0.0313	-0.0137	-0.0023	-0.0036	-0.0511	-0.0057	0.0009	8.8229	25.4974	-4.0475
3	2.8652	0.6264	-1.0881	3.3557	0.4841	2.8624	-0.1153	0.3157	-0.3575	0.0153	-0.0047	-0.1278	0.1219	-0.1269	0.1199	-0.0669	-0.0493	0.0123	-0.0347	-0.033	0.0082	25.0526	14.6266	-21.3492
4	3.7065	-1.8295	0.5351	1.6966	-0.554	3.864	0.0853	0.198	-0.3723	-0.1044	-0.1018	-0.0468	0.3843	0.2206	0.0165	-0.0095	-0.0123	-0.0019	-0.023	-0.012	0.0032	35.3348	11.6765	-25.7478
5	3.1026	-0.7096	2.1963	7.3436	1.2477	4.8079	-0.2089	0.0347	0.2534	-0.1353	-0.0021	0.2257	-0.1274	-0.2773	0.2109	-0.0644	-0.0194	-0.0354	-0.0524	-0.0313	-0.0759	38.2193	8.1975	42.2653
6	4.3994	1.3657	0.394	5.5943	2.4148	6.8667	0.0367	-0.2595	0.3476	-0.1328	-0.411	0.7546	-0.3843	-1.121	0.3743	-0.0488	0.063	-0.0161	0.1728	-0.0799	-0.0194	27.0414	6.3637	39.6907
7	2.6936	1.1081	0.3194	2.5254	0.9982	7.7232	-0.1193	0.3375	0.0006	-0.0384	0.0225	-0.2098	-0.038	0.2678	0.0968	-0.0696	-0.0254	0.0025	-0.0217	-0.0046	-0.0754	50.8661	8.4527	50.7953
8	5.166	-0.0549	0.4355	4.8342	2.8311	7.7754	0.2208	-0.0884	-0.3898	0.0373	0.2837	-0.6586	0.3914	1.3262	-0.5044	-0.0586	0.056	-0.0233	0.1314	-0.0715	0.0307	59.6655	4.0923	56.8027
9	2.481	0.4742	0.3561	3.205	-1.6976	2.8926	-0.1624	0.0206	0.2506	0.0338	0.2337	-0.0037	-0.1393	-0.2312	-0.0713	-0.0822	0.0366	0.0116	-0.1185	-0.0083	-0.0555	19.7141	5.1423	15.6842
10	1.2649	-0.9357	-1.2836	5.5098	-2.7491	4.4135	-0.3074	-0.2512	0.3696	0.838	0.18	-0.1133	-0.6126	0.4936	0.1275	0.0823	0.0682	-0.0396	0.007	-0.0078	0.0314	19.1849	16.2056	18.5342
11	3.28	0.5009	-1.3037	4.2271	-0.7502	2.4398	-0.0448	0.2764	-0.1157	-0.2092	0.2082	0.0181	-0.04	-0.1611	-0.1634	-0.0927	-0.0043	-0.0118	-0.0709	-0.018	-0.091	15.6214	-9.7654	14.9431
12	1.7963	0.5764	-0.8531	3.7566	0.8563	4.6519	-0.1849	0.2046	-0.1392	-0.2743	0.1745	0.2506	0.2734	-0.1973	0.0104	-0.0303	-0.0264	-0.0216	-0.0344	-0.0025	-0.0119	9.2318	-18.893	12.5195

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	341 - 355
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	393 - 427
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	356 - 392
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	341 - 355
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	393 - 426
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	356 - 392
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	340 - 355
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	393 - 427
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	356 - 392
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	341 - 355
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	393 - 426
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	356 - 392
13	X-RAY DIFFRACTION	9	E	341 - 355
14	X-RAY DIFFRACTION	9	E	393 - 427
15	X-RAY DIFFRACTION	10	E	356 - 392
16	X-RAY DIFFRACTION	11	F	341 - 355
17	X-RAY DIFFRACTION	11	F	393 - 426
18	X-RAY DIFFRACTION	12	F	356 - 392

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)