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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ded | ||||||
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タイトル | C-terminal domain of Probable hemolysin from Chromobacterium violaceum | ||||||
![]() | Probable hemolysin | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / hemolysin / Chromobacterium violaceum / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Membrane / Transmembrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of C-terminal domain of Probable hemolysin from Chromobacterium violaceum 著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13233.957 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 337-427 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CV_0231 / プラスミド: pET derivatives / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M NaCacodylate pH 6.5, 0.2M Ca(OAC), 9%PEG4K., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月26日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 37557 / Num. obs: 37093 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 21.34 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / Num. unique all: 3664 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.544 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.137→2.192 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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