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- PDB-3l46: Crystal structure of the second BRCT domain of epithelial cell tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l46
タイトルCrystal structure of the second BRCT domain of epithelial cell transforming 2 (ECT2)
要素Protein ECT2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Guanine-nucleotide releasing factor / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytokinesis, actomyosin contractile ring assembly / centralspindlin complex / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of protein kinase activity / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / activation of protein kinase activity / bicellular tight junction assembly / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle ...regulation of cytokinesis, actomyosin contractile ring assembly / centralspindlin complex / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of protein kinase activity / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / activation of protein kinase activity / bicellular tight junction assembly / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of cytokinesis / mitotic cytokinesis / cleavage furrow / CDC42 GTPase cycle / positive regulation of GTPase activity / RHOA GTPase cycle / bicellular tight junction / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of neuron differentiation / cellular response to ionizing radiation / GTPase activator activity / cellular response to calcium ion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / protein homooligomerization / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to hydrogen peroxide / cell morphogenesis / mitotic spindle / cell-cell junction / nervous system development / G alpha (12/13) signalling events / protein transport / midbody / cell cortex / cell differentiation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / centrosome / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide exchange factor Ect2 / : / : / ECT2, PH domain / ECT2, BRCT0 domain / twin BRCT domain / BRCT domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily ...Guanine nucleotide exchange factor Ect2 / : / : / ECT2, PH domain / ECT2, BRCT0 domain / twin BRCT domain / BRCT domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / PH-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.482 Å
データ登録者Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Crombet, L. / Wang, H. / Guan, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Crombet, L. / Wang, H. / Guan, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of the second BRCT domain of epithelial cell transforming 2 (ECT2)
著者: Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Crombet, L. / Wang, H. / Guan, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年12月17日Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.32016年10月26日Group: Other
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ECT2
B: Protein ECT2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2785
ポリマ－26,2782
非ポリマー03
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.158, 60.630, 74.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Authors state that the biological unit of this fragment is not known.

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要素

#1: タンパク質 Protein ECT2 / Epithelial cell-transforming sequence 2 oncogene


分子量: 13138.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ECT2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H8V3
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5M sodium citrate, 0.1M TRIS, 1:100 (w/w) subtilisin, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→30 Å / Num. obs: 32244 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.504 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.48-1.518.40.92816001.6321100
1.51-1.538.50.77815501.527199.9
1.53-1.568.50.67415811.471100
1.56-1.598.60.58115971.4741100
1.59-1.638.60.4916001.3831100
1.63-1.678.60.43715791.3341100
1.67-1.718.60.3715861.3521100
1.71-1.758.60.31416011.3281100
1.75-1.818.60.25915911.281100
1.81-1.868.60.215901.2871100
1.86-1.938.60.16216051.3621100
1.93-2.018.60.12616021.3991100
2.01-2.18.60.1116011.5241100
2.1-2.218.60.09716101.7051100
2.21-2.358.50.08716121.7921100
2.35-2.538.50.07416271.6741100
2.53-2.788.40.06116331.5791100
2.78-3.198.30.04716481.7231100
3.19-4.018.50.03516621.7141100
4.01-308.10.03217691.547199.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2COU

2cou


解像度: 1.482→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.192 / WRfactor Rwork: 0.173 / SU B: 1.098 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. ARP/WARP, COOT and the MOLPROBITY server were also used for refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1570 4.879 %thin shells (sftools)
Rwork0.181 ---
obs0.182 32180 99.929 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 10.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.296 Å20 Å20 Å2
2---0.163 Å20 Å2
3---0.459 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.482→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1463 0 3 119 1585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.9672096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88532537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0285197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.90525.61673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.01815261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.13154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9411.5941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.261.5378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66521526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6043597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1484.5563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.482-1.520.2931360.2342169232499.182
1.52-1.5620.2081160.2122159227699.956
1.562-1.6070.2451010.21321252226100
1.607-1.6560.2231060.1882022212999.953
1.656-1.710.1781070.17420002107100
1.71-1.770.2021150.1791921203799.951
1.77-1.8360.2281040.17518651969100
1.836-1.9110.1881120.17317541866100
1.911-1.9950.1891150.17117131828100
1.995-2.0920.242360.17417121748100
2.092-2.2040.205920.17115581650100
2.204-2.3370.222560.17115331589100
2.337-2.4960.203540.17814251479100
2.496-2.6940.233750.18413081383100
2.694-2.9480.237550.2112331288100
2.948-3.290.239520.18511311183100
3.29-3.7880.16520.1669871039100
3.788-4.6130.131290.144877906100
4.613-6.4160.156310.189688719100
6.416-250.247260.19943045799.781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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