PDB-4q2n: INADL PDZ3 in Complex with a Phage-Derived Peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q2n

タイトル

INADL PDZ3 in Complex with a Phage-Derived Peptide

要素

InaD-like protein

キーワード

PROTEIN BINDING / PDZ

機能・相同性

機能・相同性情報

tight junction assembly / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of apical/basal cell polarity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / apical junction complex / bicellular tight junction / centriolar satellite / cell junction / apical part of cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Appleton, B.A. / Wiesmann, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: A structural portrait of the PDZ domain family.
著者: Ernst, A. / Appleton, B.A. / Ivarsson, Y. / Zhang, Y. / Gfeller, D. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.

履歴

登録	2014年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月26日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q2n.cif.gz	240.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q2n.ent.gz	194.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/4q2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q2oC 4q2pC 4q2qC 2iwnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tzh-1 6tpr-d 6gz1-d 6q7w-d 5yxm-d 6yz3-d 2egk-1 5e8g-2 4gje-2 6r6m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: InaD-like protein

B: InaD-like protein

C: InaD-like protein

D: InaD-like protein

E: InaD-like protein

F: InaD-like protein

ヘテロ分子

66.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: InaD-like protein

B: InaD-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: InaD-like protein

D: InaD-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: InaD-like protein

F: InaD-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.957, 65.156, 82.543
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.100, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	InaD-like protein / Inadl protein / hINADL / Pals1-associated tight junction protein / Protein associated to tight junctions 分子量: 11064.448 Da / 分子数: 6 / 断片: unp residues 362-452 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INADL, PATJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NI35
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	PHAGE-DERIVED PEPTIDE LIGAND WAS FUSED TO THE C TERMINUS OF THE LINKER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG monomethyl ether 5000, 0.1 M bis-tris (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→25 Å / Num. obs: 40881 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 1.043 / Net I/σ(I): 17.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	5	0.596	2.6	3986	0.928	96.8
2.07-2.15	5	0.453		4000	1.017	97.3
2.15-2.25	5.1	0.343		4061	1.038	97.5
2.25-2.37	5.1	0.262		4071	1.059	98.4
2.37-2.52	5.2	0.233		4054	1.111	98.2
2.52-2.71	5.2	0.166		4080	1.092	98.7
2.71-2.99	5.2	0.12		4145	1.081	99.4
2.99-3.42	5.2	0.087		4135	1.042	99.6
3.42-4.3	5.1	0.066		4165	1.072	99.8
4.3-25	5	0.052		4184	0.978	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2iwn

2iwn

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.823 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2526	2057	5 %	RANDOM
R_work	0.2012	-	-	-
obs	0.2038	40875	98.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.04 Å² / B_iso mean: 36.154 Å² / B_iso min: 14.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.53 Å²	0 Å²	-0.2 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4391	0	24	326	4741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.924	6150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.94	3	7166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.937	5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.065	23.649	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.408	15	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.543	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	2927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.122	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.253	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.652	2.5	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.786	2.5	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.269	5	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.593	2.5	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.755	5	1613

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.041 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	109	-
R_work	0.259	2207	-
all	-	2316	-
obs	-	-	94.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5261	1.9032	0.6818	2.2746	-0.0953	1.3978	0.0978	-0.1734	-0.082	0.1385	-0.0778	-0.1381	0.0916	0.0015	-0.02	-0.1174	-0.0234	-0.0138	-0.0798	0.0058	-0.0776	18.2576	-1.371	37.103
2	3.3906	1.482	-0.5137	4.9369	1.232	3.7726	-0.0633	0.1865	0.2747	0.1998	-0.0437	0.3689	0.1659	-0.3315	0.107	-0.0887	-0.0544	0.005	-0.0597	0.0204	-0.0815	19.8292	16.5063	20.0536
3	3.2286	-0.1634	1.2809	6.4624	0.2997	3.2563	0.1775	0.0567	-0.2269	0.3429	-0.2038	0.1692	0.102	-0.2159	0.0263	-0.0727	0.0246	-0.0069	-0.0477	-0.0173	-0.0832	9.8707	-8.4587	-9.886
4	3.3367	1.1404	-0.5811	2.5793	1.0034	4.3865	-0.1093	0.0485	-0.0973	-0.0332	0.0082	-0.049	-0.026	0.1196	0.1011	0.0191	-0.0364	-0.0109	-0.0013	-0.081	-0.0302	28.1079	8.165	-3.6486
5	4.2289	-0.0949	-0.8146	1.5383	0.4277	0.8857	-0.0486	-0.3099	0.2071	0.0315	0.1027	0.0031	-0.0262	0.1155	-0.0541	-0.1568	0.0172	-0.0012	-0.0874	-0.0239	-0.108	49.3197	8.6302	38.6566
6	2.066	-1.4727	0.375	3.3555	-1.328	3.2912	0.0754	-0.0911	0.0301	0.1597	-0.0012	0.0154	-0.0056	0.1137	-0.0742	-0.0509	0.0637	0.0407	-0.0867	0.008	-0.1232	39.765	18.9375	59.6822

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	359 - 454
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	455 - 460
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	360 - 454
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	455 - 460
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	360 - 454
6	X-RAY DIFFRACTION	3	D	455 - 460
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	358 - 454
8	X-RAY DIFFRACTION	4	C	455 - 460
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	359 - 454
10	X-RAY DIFFRACTION	5	F	455 - 460
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	359 - 454
12	X-RAY DIFFRACTION	6	E	455 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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