PDB-3d8z: RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-pyrrolidinothymidine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d8z

タイトル

RNase A- 5'-Deoxy-5'-N-pyrrolidinothymidine complex

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / RIBONUCLEASE / LIGAND BINDING / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Morpholino, piperidino, and pyrrolidino derivatives of pyrimidine nucleosides as inhibitors of ribonuclease A: synthesis, biochemical, and crystallographic evaluation
著者: Samanta, A. / Leonidas, D.D. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

履歴

登録	2008年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d8z.cif.gz	65.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d8z.ent.gz	48.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/3d8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d6oC 3d6pC 3d6qC 3d7bC 3d8yC 2g8qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3d6o-1 1o0n-1 1eos-1 3jw1-2 2g8q-1 1jvu-1 1rtb-d 3lxo-d 5e5e-2 3d6p-1 1kf2-d 6qe9-1 5old-2 1kf4-d 2g8r-1 4j5z-d 4g8v-1 1ymr-d 6qmn-3 2xoi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (9)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (9)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.102, 32.678, 72.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-153- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease A / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-TXS / 1-(2,5-dideoxy-5-pyrrolidin-1-yl-beta-L-erythro-pentofuranosyl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione / 5'-deoxy-5'-pyrrolidin-1-ylthymidine 分子量: 295.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₃O₄
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 4000, SODIUM CITRATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→30 Å / Num. all: 16850 / Num. obs: 16481 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 852 / R_sym value: 0.435 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2G8Q

2g8q

解像度: 1.98→28.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 7.784 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24022	832	5 %	RANDOM
R_work	0.18929	-	-	-
obs	0.19178	15649	97.82 %	-
all	-	16850	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.096 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.207 Å / Luzzati d res low obs: 0.179 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→28.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	34	166	2102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.58	1.944	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.39	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.959	25.169	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.308	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.076	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.526	1.5	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.87	2	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.602	3	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.5	4.5	672

LS精密化シェル

解像度: 1.977→2.028 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	52	-
R_work	0.203	1021	-
obs	-	-	85.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1533	-1.5917	-0.3851	6.1399	1.8647	8.1082	0.0836	0.3654	-0.0233	-0.346	-0.0394	-0.0401	-0.2923	-0.1165	-0.0442	0.0714	0.014	0.0271	0.0819	0.0754	-0.0059	28.9247	5.8254	6.9016
2	7.8066	-1.7853	-1.5536	4.8858	2.1284	3.3278	0.1522	0.4604	0.292	-0.3944	0.0507	-0.4257	-0.3288	0.0118	-0.2029	-0.0022	-0.0114	0.0819	0.0408	0.025	-0.0749	37.1121	2.3667	-0.1603
3	1.8921	-0.1812	0.2705	1.2762	-0.551	3.8458	-0.0516	0.1449	-0.0265	-0.0713	0.0702	-0.0793	0.1074	-0.157	-0.0187	0.0053	-0.0268	-0.0109	-0.0125	0.0053	0.0379	27.8582	-1.6369	15.7498
4	2.4337	0.0632	-0.946	1.0067	-0.1187	3.0889	-0.0499	0.3355	-0.148	-0.1682	0.087	-0.2194	0.2065	-0.074	-0.0371	0.0469	-0.0069	-0.0003	0.0376	-0.016	0.0729	33.5615	-1.1739	10.3483
5	6.8803	-1.21	1.4168	4.5014	1.1475	6.5339	-0.0876	0.3201	-0.3354	-0.0498	0.2358	-0.0806	0.3769	0.131	-0.1481	-0.0269	-0.0325	0.0281	0.0146	-0.0148	-0.0226	15.9382	-5.4914	30.4363
6	7.8054	-1.6602	2.0319	1.2438	-0.2607	4.3818	-0.4639	0.7522	1.0865	-0.7852	0.2052	-0.0969	-0.7096	0.1832	0.2587	0.183	-0.0917	-0.0465	0.1575	0.1078	0.0696	9.9492	5.2946	20.241
7	22.2379	5.5987	7.157	7.6831	1.34	2.92	0.1202	0.6148	-1.7154	-0.6663	-0.0238	-0.0055	0.4511	0.07	-0.0964	-0.0183	-0.0117	0.0114	0.0867	-0.0895	-0.0373	8.6028	-8.6419	20.6371
8	1.7906	0.1254	0.4882	1.1059	0.3494	1.5713	-0.0721	0.1007	0.0008	-0.1445	0.007	0.104	-0.0346	-0.08	0.0651	-0.0029	-0.0085	-0.0106	-0.0195	0.0085	0.0405	8.3073	0.8246	34.7012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 22	1 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	23 - 41	23 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	42 - 86	42 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	87 - 124	87 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 14	1 - 14
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	15 - 32	15 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	33 - 40	33 - 40
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	41 - 124	41 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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