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- PDB-3d4k: Concanavalin A Complexed to a Synthetic Analog of the Trimannoside -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d4k
タイトルConcanavalin A Complexed to a Synthetic Analog of the Trimannoside
要素Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Concanavalin A / Conserved Water / Carbohydrate-Protein Binding / Glycoprotein / Lectin / Manganese / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kadirvelraj, R. / Foley, B.L. / Dyekjaer, J.D. / Woods, R.J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Involvement of water in carbohydrate-protein binding: concanavalin A revisited.
著者: Kadirvelraj, R. / Foley, B.L. / Dyekjaer, J.D. / Woods, R.J.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Involvement of water in carbohydrate-protein binding.
著者: Clarke, C. / Woods, R.J. / Gluska, J. / Cooper, A. / Nutley, M.A. / Boons, G.J.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Structural basis of trimannoside recognition by concanavalin A.
著者: Naismith, J.H. / Field, R.A.
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年6月7日Group: Other / Source and taxonomy
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A
B: Concanavalin-A
C: Concanavalin-A
D: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,42420
ポリマ－102,4904
非ポリマー2,93516
水10,305572
1
A: Concanavalin-A
D: Concanavalin-A
ヘテロ分子

B: Concanavalin-A
C: Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,42420
ポリマ－102,4904
非ポリマー2,93516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area13160 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area33230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.015, 63.547, 126.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 86.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Concanavalin-A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Jack-bean / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]methyl 2-deoxy-2-(2-hydroxyethyl)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]methyl 2-deoxy-2-(2-hydroxyethyl)-alpha-D-mannopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a1122h-1a_1-5_1*OC_2*CCO][a1122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-2-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 584分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 10-16% PEG 6000, 100 mM Sodium cacodylate, 50 mM NaCL, 1 mM MnCL2, 1 mM CaCL2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月14日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 88130 / Num. obs: 87296 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.036 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.01 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 8649 / Rsym value: 0.502 / Χ2: 1.063 / % possible all: 98.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.576 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.13 / Cor.coef. Io to Ic: 0.12
最高解像度最低解像度
Rotation5 Å20 Å
Translation5 Å20 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1QD0

1qd0


解像度: 1.8→30 Å / FOM work R set: 0.83 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: SigmaA / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 8749 9.9 %Random
Rwork0.205 ---
all0.221 88131 --
obs0.221 87269 99 %-
溶媒の処理Bsol: 52.702 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.397 Å20 Å20.641 Å2
2---7.101 Å20 Å2
3---4.704 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.223 Å / Luzzati d res low obs: 30 Å / Luzzati sigma a obs: 0.076 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7236 0 180 572 7988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.526
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0082
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0062.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 159 -
Rwork0.283 --
obs-1575 98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2triman.paramtriman.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5glycerol.paramglycerol.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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