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万見
- PDB-3d4f: SHV-1 beta-lactamase complex with LN1-255 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d4f
タイトルSHV-1 beta-lactamase complex with LN1-255
要素Beta-lactamase SHV-1
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE INHIBITOR / DRUG DESIGN / Antibiotic resistance / Plasmid
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LN1 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / Beta-lactamase SHV-1
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pattanaik, P. / Bethel, C.R. / Hujer, A.M. / Bonomo, R.A. / Buynak, J.D. / van den Akker, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Strategic Design of an Effective {beta}-Lactamase Inhibitor: LN-1-255, A 6-ALKYLIDENE-2'-SUBSTITUTED PENICILLIN SULFONE
著者: Pattanaik, P. / Bethel, C.R. / Hujer, A.M. / Hujer, K.M. / Distler, A.M. / Taracila, M. / Anderson, V.E. / Fritsche, T.R. / Jones, R.N. / Pagadala, S.R. / van den Akker, F. / Buynak, J.D. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase SHV-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7684
ポリマ－31,2601
非ポリマー1,5083
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.611, 55.503, 83.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Monomer

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase SHV-1 / PIT-2


分子量: 31259.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, shv1 / プラスミド: PBC SK(-) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P0AD64, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11
#3: 化合物 ChemComp-LN1 / (3R)-4-{[(3,4-dihydroxyphenyl)acetyl]oxy}-N-(2-formylindolizin-3-yl)-3-sulfino-D-valine


分子量: 490.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N2O9S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG6000, 0.1M HEPES pH7. 0.56mM Cymal-6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月25日
放射モノクロメーター: vertically focusing mirror and a horizontally focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 34280 / Num. obs: 33525 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SHV-1 wt

解像度: 1.55→31.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1336274.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 1659 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.168 33435 97.7 %-
all-34222 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.5903 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.29 Å20 Å20 Å2
2---4.05 Å20 Å2
3---0.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→31.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2024 0 101 248 2373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 278 5.1 %
Rwork0.247 5188 -
obs-3876 97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ln1-24hrs_d5.parnew_ligands_24hr_9.top
X-RAY DIFFRACTION4new_cymal.par
X-RAY DIFFRACTION5cis167new.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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