PDB-3d4a: Crystal structure of ribonuclease Sa2 with 3'-GMP obtained by lig...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3d4a

タイトル

Crystal structure of ribonuclease Sa2 with 3'-GMP obtained by ligand diffusion

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease / mononucleotide / protein-mononucleotide complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / RNA endonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bauerova-Hlinkova, V. / Sevcik, J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Structure of RNase Sa2 complexes with mononucleotides - new aspects of catalytic reaction and substrate recognition
著者: Bauerova-Hlinkova, V. / Dvorsky, R. / Perecko, D. / Povazanec, F. / Sevcik, J.

履歴

登録	2008年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3d4a.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3d4a.ent.gz	56 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3d4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3d4a_validation.pdf.gz	813.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3d4a_full_validation.pdf.gz	820 KB	表示
XML形式データ	3d4a_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	3d4a_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/3d4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d5gC 3d5iC 3dgyC 3dh2C 1py3S 1gmp 1pyl 1rsn 2sar S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d5g-1 1pyl-1 3d5g-3 3dh2-3 3h9x-3 3d5i-2 3d5g-2 2xi1-2 1wtq-d 3eaz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

C: Ribonuclease

ヘテロ分子

33.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ribonuclease

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.521, 65.913, 56.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-105- HOH

#1: タンパク質	Ribonuclease / ribonuclease Sa2 分子量: 10909.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pEH200 was derived from pKK223-3 由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア) 株: R8/12 / プラスミド: pEH200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NovaBlue / 参照: UniProt: Q53752, EC: 3.1.4.8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-3GP / GUANOSINE-3'-MONOPHOSPHATE / 3′-GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: ammonium sulfate, phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年11月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 16671 / Num. obs: 16671 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 43.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 456 / % possible all: 59.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1py3

1py3

解像度: 2.2→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 12.601 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2646	869	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22047	-	-	-
all	0.2228	16671	-	-
obs	0.2228	15801	88.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.703 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.46 Å²	0 Å²	-0.54 Å²
2-	-	3.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.57 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.235 Å	0.014 Å
Luzzati d res low	-	0 Å
Luzzati sigma a	0.332 Å	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2232	0	34	133	2399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.969	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.926	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.583	22.602	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.548	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.128	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.304	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.28	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.618	1.5	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.041	2	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.538	3	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.327	4.5	941

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	49	-
R_work	0.235	790	-
obs	-	456	61.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4822	-1.6176	-0.0193	8.7593	1.0642	4.6643	0.0687	0.0011	0.285	-0.0062	-0.1204	0.1755	-0.6898	0.4855	0.0517	0.0642	-0.1353	0.0237	0.0571	-0.0055	-0.0381	68.0254	5.884	-27.7112
2	2.6412	-0.0023	-0.3765	1.8382	0.3677	2.3333	0.0859	-0.2551	-0.0319	0.1799	-0.1007	-0.0197	0.0131	0.2324	0.0147	0.0231	-0.0193	0.0031	0.0672	0.0038	-0.004	61.7789	-4.6101	-18.2193
3	1.1078	4.8496	0.7424	21.6434	7.3712	41.5159	2.4659	1.404	1.9866	0.7683	-0.6541	-3.8134	0.5927	4.8435	-1.8117	0.299	0.0284	-0.1822	0.364	0.2223	0.794	79.1009	-7.372	-19.0699
4	2.4955	1.0691	-0.2913	2.075	0.0671	2.189	0.1457	-0.0698	0.2486	-0.0215	-0.1564	-0.0566	-0.3983	0.2444	0.0107	0.0418	-0.0657	0.0105	0.1294	-0.0008	-0.0108	63.7492	3.3203	-20.5736
5	5.055	-1.5501	1.8775	0.6239	-1.4635	6.002	-0.0159	0.6878	-0.2423	-0.0689	0.0456	0.0685	0.6554	0.0153	-0.0297	-0.0044	0.1102	0.0079	-0.0401	-0.0401	0.0362	65.8225	-25.5388	12.965
6	7.8747	-0.9993	2.3132	5.1486	-1.1446	5.7262	-0.0107	-0.2315	-0.4829	0.3513	0.2355	0.5522	0.145	-0.3887	-0.2248	-0.0656	0.0678	0.0339	0.0185	0.0561	0.0268	61.3631	-20.8848	25.0703
7	2.7917	-1.8163	0.357	3.7553	0.0819	5.3265	0.0373	0.2924	-0.5184	0.2007	-0.147	0.509	0.7455	-0.0421	0.1097	-0.0138	0.0666	0.0104	0.1064	0.009	0.0618	62.7189	-22.807	20.9308
8	6.7565	1.7472	-1.8533	2.0343	-5.1207	21.6018	0.4779	0.1795	-0.4197	-0.1564	-0.232	0.2828	0.3323	0.5868	-0.2459	-0.0628	0.1828	0.0173	-0.0483	-0.021	0.1525	69.0251	-26.432	17.561
9	7.2661	-0.6202	0.0395	1.761	0.3693	2.6377	0.0915	0.402	0.047	0.0333	-0.1866	-0.1414	-0.3675	0.1774	0.0951	-0.0159	0.0321	0.0014	0.1445	0.0655	-0.06	64.3181	-5.1274	11.4941
10	3.0398	-1.3813	-1.691	2.4161	0.0709	4.5533	0.1872	0.6865	-0.1218	-0.1608	-0.2661	0.0552	-0.3115	-0.5653	0.0789	-0.0145	0.1142	-0.004	0.3005	0.0123	-0.0539	59.9154	-9.2867	-0.1144
11	6.033	2.1122	-2.9938	9.1277	-4.3852	6.4182	0.6438	0.5704	0.3194	0.2934	-0.4852	0.2111	-0.6852	0.1712	-0.1586	0.0123	0.0446	0.0117	0.2765	0.0576	-0.0563	64.211	-6.8802	5.0201
12	16.0837	-6.6068	13.0876	3.4086	-2.074	26.3462	0.7331	1.1679	-0.3097	-0.1247	-0.8617	-0.0044	-0.3101	0.768	0.1286	-0.1693	0.0531	-0.0098	0.214	0.1161	-0.0256	70.0593	-8.7779	3.4965

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 19	5 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	20 - 61	20 - 61
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	62 - 67	62 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	68 - 97	68 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 25	1 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	26 - 49	26 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	50 - 82	50 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	83 - 97	83 - 97
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	5 - 37	5 - 37
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	38 - 62	38 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	67 - 84	67 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	85 - 97	85 - 97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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