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- PDB-3d48: Crystal structure of a prolactin receptor antagonist bound to the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d48
タイトルCrystal structure of a prolactin receptor antagonist bound to the extracellular domain of the prolactin receptor
要素
  • Prolactin
  • Prolactin receptor
キーワードHormone/Hormone Receptor / Cytokine-Cytokine Receptor Complex / Four-helix Bundle / Glycoprotein / Hormone / Lactation / Secreted / Alternative splicing / Membrane / Receptor / Transmembrane / Hormone-Hormone Receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / regulation of epithelial cell differentiation / prolactin signaling pathway / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / mammary gland development / steroid biosynthetic process / activation of Janus kinase activity ...prolactin receptor activity / prolactin receptor binding / positive regulation of lactation / regulation of epithelial cell differentiation / prolactin signaling pathway / prostate gland growth / mammary gland epithelial cell differentiation / mammary gland development / steroid biosynthetic process / activation of Janus kinase activity / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Prolactin receptor signaling / cytokine binding / negative regulation of endothelial cell proliferation / peptide hormone binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / mammary gland alveolus development / regulation of cell adhesion / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of protein autophosphorylation / lactation / embryo implantation / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient levels / female pregnancy / endosome lumen / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to bacterium / hormone activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / lipid binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : ...Somatotropin/prolactin / Somatotropin hormone, conserved site / Somatotropin hormone family / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 1. / Somatotropin, prolactin and related hormones signature 2. / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Prolactin / Prolactin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Svensson, L.A. / Breinholt, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a prolactin receptor antagonist bound to the extracellular domain of the prolactin receptor
著者: Svensson, L.A. / Bondensgaard, K. / Norskov-Lauritsen, L. / Christensen, L. / Becker, P. / Andersen, M.D. / Maltesen, M.J. / Rand, K.D. / Breinholt, J.
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Prolactin
R: Prolactin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7186
ポリマ－46,4782
非ポリマー2404
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.350, 125.350, 69.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Prolactin / PRL


分子量: 21948.000 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 12-199 / 変異: Q12S, G129R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRL / プラスミド: pET32-a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01236
#2: タンパク質 Prolactin receptor / PRL-R


分子量: 24529.850 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRLR / プラスミド: pET39-b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16471
#3: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 3.5M Sodium Chloride, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 21763 / Num. obs: 21797 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 46.4 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 22.46
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 21797 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FOR THE R CHAIN, PDB ENTRY 1BP3. FOR THE P CHAIN, A CORE OF A MODELER HOMOLOGY MODEL BASED ON PDB ENTRIES 1BP3, 1F6F, 1RW5 AND 1N9D.

1bp3

1bp3

1f6f

1rw5

1n9d
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / WRfactor Rfree: 0.29 / WRfactor Rwork: 0.212 / SU B: 9.77 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1088 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.221 21717 --
obs0.221 20629 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.307 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.48 Å2-1.24 Å20 Å2
2---2.48 Å20 Å2
3---3.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2945 0 16 103 3064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0131.9534121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.695353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91223.885139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.24415522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3941516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9641.51813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78222929
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46531227
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0354.51192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.5640.382790.25715011580100
2.564-2.6330.285760.21914411517100
2.633-2.7080.373760.271442151999.934
2.708-2.790.333730.2491380145699.794
2.79-2.8790.321700.2613281398100
2.879-2.9780.359680.23312991367100
2.978-3.0880.311660.2451249131999.697
3.088-3.2110.32650.2531218128599.844
3.211-3.350.323610.221155122099.672
3.35-3.5080.275580.2011116117799.745
3.508-3.6920.264560.20410591115100
3.692-3.9070.252530.2071004106099.717
3.907-4.1660.299500.21938988100
4.166-4.4830.284470.19489694499.894
4.483-4.8870.236430.193811854100
4.887-5.4230.292400.191760800100
5.423-6.1870.303350.218666701100
6.187-7.4020.329310.208585616100
7.402-9.8180.217250.18246949599.798
9.818-200.29160.24231233597.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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