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- PDB-3ckd: Crystal structure of the C-terminal domain of the Shigella type I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ckd
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of the Shigella type III effector IpaH
要素Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / helical / type III effector / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated activation of host programmed cell death by symbiont / : / symbiont-mediated suppression of host programmed cell death / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Shigella T3SS effector IpaH domain / Shigella T3SS effector IpaH defines / Novel E3 ligase (NEL) domain profile. / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 ...Shigella T3SS effector IpaH domain / Shigella T3SS effector IpaH defines / Novel E3 ligase (NEL) domain profile. / Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / E3 ubiquitin-protein ligase ipaH7.8 / RING-type E3 ubiquitin transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lam, R. / Singer, A.U. / Cuff, M.E. / Skarina, T. / Kagan, O. / DiLeo, R. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the Shigella T3SS effector IpaH defines a new class of E3 ubiquitin ligases.
著者: Singer, A.U. / Rohde, J.R. / Lam, R. / Skarina, T. / Kagan, O. / Dileo, R. / Chirgadze, N.Y. / Cuff, M.E. / Joachimiak, A. / Tyers, M. / Sansonetti, P.J. / Parsot, C. / Savchenko, A.
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery
B: Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery
C: Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4989
ポリマ－106,9243
非ポリマー5756
水43224
1
A: Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6411
ポリマ－35,6411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7372
ポリマ－35,6411
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1206
ポリマ－35,6411
非ポリマー4785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.928, 128.928, 282.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Invasion plasmid antigen, secreted by the Mxi-Spa secretion machinery


分子量: 35641.309 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminal ligase domain: Residues 265-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌)
生物種: Shigella flexneri / 株: 301 / Serotype 2a / 遺伝子: ipaH1.4, CP0265 / プラスミド: p15-TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
参照: UniProt: Q8VSA1, UniProt: P18014*PLUS, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2M Ammonium sulfate, 1% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97845 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月7日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 35079 / Num. obs: 34738 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 3447 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
EPICS-basedbeamline controlデータ収集
データacquisition systemsデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 22.903 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.561 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28382 1743 5 %RANDOM
Rwork0.2281 ---
all0.2309 34706 --
obs0.2309 34706 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.151 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6268 0 35 24 6327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.9328644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.38324.31355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.686151099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3751557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2490.22913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.24355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9011.53958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52726129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63632792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1464.52515
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 112 -
Rwork0.306 2411 -
obs-2523 99.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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