PDB-1szw: Crystal structure of E. coli tRNA pseudouridine synthase TruD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1szw

タイトル

Crystal structure of E. coli tRNA pseudouridine synthase TruD

要素

tRNA pseudouridine synthase D

キーワード

LYASE / Pseudouridine synthase / novel fold / rna modification / trud / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA pseudouridine13 synthase / tRNA pseudouridine(13) synthase activity / tRNA pseudouridine synthase activity / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ericsson, U.B. / Nordlund, P. / Hallberg, B.M. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: X-ray structure of tRNA pseudouridine synthase TruD reveals an inserted domain with a novel fold
著者: Ericsson, U.B. / Nordlund, P. / Hallberg, B.M.

履歴

登録	2004年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1szw.cif.gz	154.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1szw.ent.gz	121.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1szw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/1szw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/1szw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sb7 1si7
類似構造データ	2d2q-1 3ee1-2 6ceq-d 3wvr-5 2d10-4 2d11-4 1ni2-2 1ni2-1 2d10-2 3cxb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: AF46

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA pseudouridine synthase D

B: tRNA pseudouridine synthase D

85.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA pseudouridine synthase D

登録者が定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: tRNA pseudouridine synthase D

登録者が定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.180, 108.110, 112.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA pseudouridine synthase D / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase 分子量: 42966.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TRUD / プラスミド: PT73.3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57261, pseudouridylate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 5000MME, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.93219 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月19日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93219 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→79.06 Å / Num. all: 52753 / Num. obs: 52753 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / R_sym value: 0.36 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 4.234 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23913	1678	3.2 %	RANDOM
R_work	0.19246	-	-	-
all	0.19397	51156	-	-
obs	0.19397	51075	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5252	0	0	475	5727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	5352
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.659	1.939	7235
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.912	3	11394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.512	5	660
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	5467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.107	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.323	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.898	1.5	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.467	2	5232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.457	3	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.762	4.5	2003

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.235	117
R_work	0.212	3757

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.6188	-17.5941	0.985	35.7739	-15.188	20.3196	-0.396	0.7154	-0.3154	1.7514	0.2353	1.7134	-0.1669	-1.8657	0.1607	0.2949	-0.0697	-0.055	0.2561	0.0502	0.2761	30.1499	45.7014	-31.499
2	0.9343	0.5091	-1.1061	1.0111	-1.1092	4.8684	-0.0452	-0.0745	-0.1463	0.0384	0.0932	0.0932	0.4287	-0.4694	-0.0479	0.1325	-0.0074	-0.0211	0.1449	0.0215	0.1882	31.4856	29.976	-8.7849
3	7.3198	1.7557	2.5456	2.4938	2.2925	2.9374	0.0456	-0.3854	-0.0349	-0.2338	-0.0151	0.3773	0.206	-0.5307	-0.0305	0.1095	-0.0187	-0.0506	0.1665	0.039	0.2345	20.7879	44.3257	-24.6249
4	18.379	4.2908	-6.4618	4.5941	-1.7037	5.8662	-0.1287	-0.1401	-0.0091	-0.096	0.0781	0.4846	0.016	-0.5305	0.0506	0.0882	0.0149	-0.0247	0.0468	0.0216	0.1334	26.6438	49.3028	-21.3109
5	2.3268	0.6611	0.9152	2.671	0.808	4.0339	-0.0694	-0.0007	0.2148	-0.0932	0.0275	-0.06	-0.4061	0.1815	0.0419	0.2028	-0.0144	0.0101	0.001	0.0005	0.115	38.1187	57.6573	-17.2435
6	1.7258	-1.171	-0.9732	3.9579	0.6782	5.7552	-0.0535	0.0724	-0.2744	0.0437	-0.0318	0.0042	0.5353	0.1818	0.0853	0.095	0.0116	0.0118	0.0047	0.0067	0.1138	42.9653	32.3273	-20.4132
7	59.5261	27.7573	-20.2381	13.2791	-5.084	33.0476	0.2142	-2.339	2.2306	-0.6458	-0.7971	0.6601	-2.075	0.5075	0.5829	0.3289	0.0741	0.0053	0.2839	0.0074	0.2671	39.4965	70.4864	-3.5329
8	1.5587	-1.0357	-1.2475	1.9559	2.4758	4.7062	0.1256	-0.082	0.1398	-0.0049	-0.1306	0.1492	-0.1624	-0.5553	0.005	0.1689	0.0046	0.0135	0.1543	0.0231	0.2333	24.6503	71.4202	18.6847
9	6.8773	4.5826	2.3564	23.8821	-6.1947	4.6202	-0.1235	0.6105	1.0706	-0.3603	-0.0154	1.7013	-0.865	-0.5863	0.1389	0.3909	0.0405	-0.0406	0.3115	-0.0028	0.3699	37.559	79.3986	2.8609
10	6.5584	-4.6273	0.0447	23.8472	5.9478	4.7836	-0.1915	0.0359	0.7219	0.4339	0.1428	0.2004	-0.4833	0.1903	0.0488	0.1752	-0.0433	0.0197	0.0789	0.0085	0.1484	43.4126	73.5597	5.7421
11	2.3896	-0.1482	1.1013	3.8802	-0.6967	4.6106	0.1706	0.3153	-0.1	0.0855	-0.0525	-0.1723	0.1916	0.6269	-0.1181	0.1324	0.0155	-0.014	0.1866	-0.0736	0.1226	51.5157	62.8931	10.7059
12	4.3307	0.5576	2.39	2.2416	2.6531	7.2958	0.1118	-0.3103	-0.2222	0.0356	-0.2128	0.4474	0.3515	-0.887	0.101	0.1688	-0.0391	0.0143	0.1023	-0.0148	0.2033	26.0451	58.1379	8.5895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 5	23 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	6 - 159	28 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	160 - 180	182 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	188 - 212	210 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	213 - 302	235 - 324
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	303 - 341	325 - 363
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	1 - 5	23 - 27
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	6 - 159	28 - 181
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	160 - 178	182 - 200
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	189 - 212	211 - 234
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	213 - 302	235 - 324
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	303 - 340	325 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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