[日本語] English
万見
- PDB-3cgm: Crystal structure of thermophilic SlyD -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cgm
タイトルCrystal structure of thermophilic SlyD
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE / Prolyl cis trans isomerase / chaperone function / two domain protein / Rotamase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein refolding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / THIOCYANATE ION / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Loew, C. / Neumann, P. / Stubbs, M.T. / Balbach, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure Determination and Functional Characterization of the Metallochaperone SlyD from Thermus thermophilus
著者: Loew, C. / Neumann, P. / Tidow, H. / Weininger, U. / Haupt, C. / Friedrich-Epler, B. / Scholz, C. / Stubbs, M.T. / Balbach, J.
履歴
登録2008年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22019年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,99210
ポリマ－17,4001
非ポリマー5919
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,95060
ポリマ－104,4016
非ポリマー3,54854
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/21
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
Buried area22350 Å2
ΔGint-215.9 kcal/mol
Surface area46910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.780, 121.780, 76.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / SlyD


分子量: 17400.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pet11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5SLE7, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.78 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 60mg/ml protein, 1:1 mixing, 2M Ammonium sulfate, 2% PEG 400, 1% Thiocyanate, 100mM HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→30 Å / Num. all: 13374 / Num. obs: 12921 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 43.405 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 21.98
反射 シェル解像度: 2.41→2.55 Å / 冗長度: 11.32 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. measured obs: 21342 / Num. unique all: 1885 / Num. unique obs: 1885 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D6O

1d6o


解像度: 2.41→28.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 10.394 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: Isotropic/TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 969 7.5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 11955 96.6 %-
all-13374 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.214 Å
Luzzati d res low-3 Å
Luzzati sigma a0.129 Å0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 31 98 1346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.621.9591781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9945164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39825.71470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.94815198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.68154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2532818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18731310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4092495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1893471
LS精密化 シェル解像度: 2.409→2.471 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 63 -
Rwork0.257 768 -
all-831 -
obs-0 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99650.2094.42551.47691.055813.36280.07410.03710.3144-0.26710.00170.1982-0.7147-0.7832-0.0758-0.1432-0.0050.0377-0.00580.0436-0.088321.083-49.683-18.823
22.63470.4783-0.14863.5657-0.01811.4589-0.00450.26970.0033-0.11760.07650.0057-0.0298-0.0707-0.072-0.2437-0.03070.0224-0.10420.0238-0.225944.761-39.15-7.051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA59 - 12359 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2AA1 - 581 - 58
3X-RAY DIFFRACTION2AA124 - 157124 - 157

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る