+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cfb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | High-resolution structure of blue fluorescent antibody EP2-19G2 in complex with stilbene hapten at 100K | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / BLUE-FLUORESCENT ANTIBODY / HAPTEN COMPLEX / ELECTRON TRANSFER | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Debler, E.W. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2008 タイトル: Deeply inverted electron-hole recombination in a luminescent antibody-stilbene complex. 著者: Debler, E.W. / Kaufmann, G.F. / Meijler, M.M. / Heine, A. / Mee, J.M. / Pljevaljcic, G. / Di Bilio, A.J. / Schultz, P.G. / Millar, D.P. / Janda, K.D. / Wilson, I.A. / Gray, H.B. / Lerner, R.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cfb.cif.gz | 194.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3cfb.ent.gz | 154.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cfb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cfb_validation.pdf.gz | 875.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3cfb_full_validation.pdf.gz | 887.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cfb_validation.xml.gz | 40 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cfb_validation.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24082.723 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS #2: 抗体 | 分子量: 22747.699 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 % |
---|---|
結晶化 | pH: 5.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M KSCN, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97622 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月10日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 121549 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 30.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.704 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FL3 解像度: 1.6→42.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.116 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.11 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.03 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|