PDB-3cfb: High-resolution structure of blue fluorescent antibody EP2-19G2 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cfb

タイトル

High-resolution structure of blue fluorescent antibody EP2-19G2 in complex with stilbene hapten at 100K

要素

BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-IGG2B HEAVY CHAIN
BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-KAPPA LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / BLUE-FLUORESCENT ANTIBODY / HAPTEN COMPLEX / ELECTRON TRANSFER

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Debler, E.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Deeply inverted electron-hole recombination in a luminescent antibody-stilbene complex.
著者: Debler, E.W. / Kaufmann, G.F. / Meijler, M.M. / Heine, A. / Mee, J.M. / Pljevaljcic, G. / Di Bilio, A.J. / Schultz, P.G. / Millar, D.P. / Janda, K.D. / Wilson, I.A. / Gray, H.B. / Lerner, R.A.

履歴

登録	2008年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cfb.cif.gz	194.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cfb.ent.gz	154.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cfb_validation.pdf.gz	875.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cfb_full_validation.pdf.gz	887.7 KB	表示
XML形式データ	3cfb_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	3cfb_validation.cif.gz	58.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/3cfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cfcC 3cfdC 3cfeC 1fl3S 1ub5 1ub6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qt5-2 2g2r-1 6cdp-d 3e8u-d 2eh8-d 1mjj-1 6ks2-2 5eor-d 5mp5-4 3u0t-1 3qrg-d 6rnn-1 4m61-2 4rir-1 4ojf-d 3ujt-1 5mu0-5 3bz4-1 6cdm-2 1m71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-KAPPA LIGHT CHAIN

H: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-IGG2B HEAVY CHAIN

A: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-KAPPA LIGHT CHAIN

B: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-IGG2B HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

94.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-KAPPA LIGHT CHAIN

B: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-IGG2B HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-KAPPA LIGHT CHAIN

H: BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-IGG2B HEAVY CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	194.707, 61.015, 92.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.65, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-KAPPA LIGHT CHAIN 分子量: 24082.723 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS
#2: 抗体	BLUE FLUORESCENT ANTIBODY EP2-19G2-IGG2B HEAVY CHAIN 分子量: 22747.699 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM ASCITIC FLUID / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) Cell: HYBRIDOMA CELLS FROM 129GIX+ SPLEEN CELLS FUSED WITH BALB/C MYELOMA CELLS
#3: 化合物	ChemComp-SPB / 4-(4-STYRYL-PHENYLCARBAMOYL)-BUTYRIC ACID / 5-OXO-5-({4-[(E)-2-PHENYLVINYL]PHENYL}AMINO)PENTANOIC ACID / N-(TRANS-4-STILBENYL)-5-AMINO-5-OXO-PENTANOIC ACID 分子量: 309.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉NO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化	pH: 5.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M KSCN, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97622
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月10日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 121549 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 58.9 Å² / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 30.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.704 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.3.0017	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FL3

1fl3

解像度: 1.6→42.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 3.116 / SU ML: 0.059 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	6274	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.187	118453	97.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6562	0	82	590	7234

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	7058
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.97	9652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	3.003	11582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.96	5	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.383	23.701	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.61	15	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.598	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	4840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	3458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.109	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.256	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.212	1.5	5723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.248	1.5	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.419	2	7349
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.37	3	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.132	4.5	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	432	-
R_work	0.22	8337	-
obs	-	-	93.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9729	-0.1712	0.0165	2.3661	0.029	0.7185	0.002	0.0428	0.0051	0.0888	-0.0117	-0.006	-0.0378	-0.0131	0.0096	0.0162	0.024	0.0096	-0.0126	0.017	-0.1051	139.7535	13.9504	8.2292
2	8.2798	2.1287	-6.1329	1.3516	-2.2559	5.6807	0.9977	-1.0778	0.9612	0.5582	-0.3116	0.5327	-0.8659	0.5553	-0.6861	0.3044	-0.1447	0.2703	0.2302	-0.1816	0.2609	114.0184	27.7963	31.667
3	1.9411	0.0277	-0.8006	1.9863	-0.9216	2.8692	-0.0681	-0.1709	-0.0269	0.1704	0.1179	0.1276	0.0177	-0.1337	-0.0498	0.0415	0.0266	0.0374	0.0013	0.0424	-0.0123	132.0136	-5.9972	16.4309
4	9.7702	3.6494	-1.6247	6.0606	-1.0113	1.3012	-0.0244	0.7045	-0.2871	-0.1387	0.1677	0.2531	-0.3529	-0.1179	-0.1433	0.1101	0.0209	0.0918	0.1414	-0.052	0.1853	107.8973	16.0897	23.2586
5	2.357	0.4646	0.7948	0.9605	0.7627	3.126	-0.0594	-0.0302	-0.0811	0.03	0.1243	-0.0782	-0.1208	0.1802	-0.0649	0.0197	-0.0083	-0.0572	-0.0337	-0.0057	-0.1019	68.8718	18.2594	23.1726
6	6.8528	2.0764	0.4947	6.6915	1.7125	1.1692	-0.0727	0.3078	-0.5622	-0.2584	0.47	-0.8802	0.1614	-0.0797	-0.3973	0.0982	-0.0045	0.0011	0.1394	-0.182	0.4097	95.3803	-3.6901	24.8287
7	1.2804	-0.2481	-0.0763	2.8832	0.1375	0.3507	0.0375	-0.0787	-0.1342	0.1536	-0.0048	-0.174	0.0482	0.0298	-0.0328	-0.021	-0.0088	-0.0293	-0.0145	0.004	-0.075	60.4794	-2.865	17.6525
8	6.7064	0.3022	3.506	1.4215	0.5395	3.1438	-0.0262	-0.756	-0.1337	0.3386	0.3203	-0.2106	0.134	0.0284	-0.2941	0.1483	0.1001	-0.1673	0.2435	-0.1064	0.2529	90.8495	-14.8385	35.2925

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	1 - 104	1 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	C	105 - 213	110 - 218
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	D	1 - 113	1 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	D	114 - 227	115 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	B	1 - 113	1 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	B	114 - 227	115 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	A	1 - 107	1 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	A	108 - 213	113 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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