PDB-3cb9: Development of a family of redox-sensitive green fluorescent prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cb9

タイトル

Development of a family of redox-sensitive green fluorescent protein indicators for use in relatively oxidizing subcellular environments

要素

Green fluorescent protein

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN / GFP / redox

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Lohman, J.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Development of a family of redox-sensitive green fluorescent protein indicators for use in relatively oxidizing subcellular environments
著者: Lohman, J.R. / Remington, S.J.

履歴

登録	2008年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cb9.cif.gz	114.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cb9.ent.gz	87.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cb9_validation.pdf.gz	422.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cb9_full_validation.pdf.gz	422.8 KB	表示
XML形式データ	3cb9_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3cb9_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/3cb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/3cb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cbeC 3cd1C 3cd9C 1emaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6l02-d 5dtz-2 5dpi-5 3w1c-d 5wwk-6 5dpi-1 4orn-1 7a8i-2 3ssy-d 1yhg-1 7a80-3 5dtz-3 4lqu-2 6ofk-2 5ehu-1 3dq3-d 5btt-1 4b5y-d 1emb-d 3gj2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.066, 62.701, 70.136
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein / roGFP1-iE / GFP 分子量: 28136.545 Da / 分子数: 1 / 変異: C48S,F64L,F99S,S147CR,H148S,M153T,V163A,I167T,Q204C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 alpha / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M tris, 22% PEG 1550, 0.02M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月11日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→50 Å / Num. all: 54553 / Num. obs: 52564 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.31→1.36 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMA

1ema

解像度: 1.31→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.133 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16922	2761	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15212	-	-	-
all	0.15341	51740	-	-
obs	0.15299	51740	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.906 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1843	0	2	309	2154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.972	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.785	3.001	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.18	5	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.222	24.773	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.351	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.873	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	380
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.112	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.102	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.085	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.326	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.129	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.765	1.5	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.211	1.5	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.16	2	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.597	3	812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.279	4.5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.338	3	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	2.979	3	304
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.252	3	3124

LS精密化シェル

解像度: 1.31→1.344 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.164	214	-
R_work	0.133	3739	-
obs	-	3739	98.75 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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