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- PDB-3c8o: The Crystal Structure of RraA from PAO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c8o
タイトルThe Crystal Structure of RraA from PAO1
要素Regulator of ribonuclease activity A
キーワードHYDROLASE REGULATOR / RraA / PAO1 / RNase E regulater
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase / 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase / ribonuclease inhibitor activity / regulation of RNA metabolic process / oxaloacetate decarboxylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Regulator of ribonuclease activity A / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Luo, M. / Niu, S. / Yin, Y. / Huang, A. / Wang, D.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The Crystal Structure of RraA from PAO1
著者: Luo, M. / Niu, S. / Yin, Y. / Huang, A. / Wang, D.
履歴
登録2008年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年12月4日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l ..._diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of ribonuclease activity A
B: Regulator of ribonuclease activity A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,35159
ポリマ－34,8442
非ポリマー4,50757
水2,612145
1
A: Regulator of ribonuclease activity A
B: Regulator of ribonuclease activity A
ヘテロ分子

A: Regulator of ribonuclease activity A
B: Regulator of ribonuclease activity A
ヘテロ分子

A: Regulator of ribonuclease activity A
B: Regulator of ribonuclease activity A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,052177
ポリマ－104,5316
非ポリマー13,521171
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
2
A: Regulator of ribonuclease activity A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,61830
ポリマ－17,4221
非ポリマー2,19629
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Regulator of ribonuclease activity A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,73229
ポリマ－17,4221
非ポリマー2,31128
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.679, 98.679, 180.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Regulator of ribonuclease activity A


分子量: 17421.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K-12 / 遺伝子: rraA / プラスミド: RraA-PW28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PW28 / 参照: UniProt: Q9I2W7

-
非ポリマー , 5種, 202分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-HCl pH 8.5, 30% (v/v) PEG 200, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 39611 / Num. obs: 39040 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 35.735 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0653 / Rsym value: 0.0632 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 39040 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q5X

1q5x


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.621 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24898 2007 5.1 %RANDOM
Rwork0.22081 ---
obs0.22222 37561 95.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 294 145 2855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9862.0223477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4435319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.47824.902102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12915390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1680.21270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.090.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.221.51621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.39622528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.64431143
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0824.5949
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 98 -
Rwork0.298 1820 -
obs--64.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43990.00360.01961.0644-0.13950.81290.0115-0.12660.13190.1138-0.02760.0254-0.17850.00360.0161-0.0397-0.0063-0.0111-0.0953-0.0349-0.05790.341218.649914.2765
21.1887-0.0267-0.06131.4803-0.09340.9396-0.02760.11710.0354-0.15380.00630.1082-0.0058-0.10330.0213-0.0816-0.011-0.0359-0.0391-0.0231-0.077230.681128.329730.708
30.19130.05550.1820.01960.05140.17380.028-0.00420.05120.0065-0.02290.03060.0113-0.0147-0.00520.1810.0041-0.00020.1759-0.00780.163616.613722.593421.718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1612 - 161
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1611 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3AC - CB163 - 1911
4X-RAY DIFFRACTION3BY - GB163 - 1901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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