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- PDB-2q06: Crystal structure of Influenza A Virus H5N1 Nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q06
タイトルCrystal structure of Influenza A Virus H5N1 Nucleoprotein
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN / Influenza / H5N1 / Nucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Ng, A.K.L. / Zhang, H. / Tan, K. / Wang, J. / Shaw, P.C.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2008
タイトル: Structure of the influenza virus A H5N1 nucleoprotein: implications for RNA binding, oligomerization, and vaccine design.
著者: Ng, A.K. / Zhang, H. / Tan, K. / Li, Z. / Liu, J.H. / Chan, P.K. / Li, S.M. / Chan, W.Y. / Au, S.W. / Joachimiak, A. / Walz, T. / Wang, J.H. / Shaw, P.C.
履歴
登録2007年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6872
ポリマ－113,6872
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5303
ポリマ－170,5303
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area14260 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area59270 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5303
ポリマ－170,5303
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area14130 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area61570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)153.578, 153.578, 153.578
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein


分子量: 56843.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: H5N1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9PX50

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.15 M KCl, 0.01 M MgCl2, 0.1 M cacodylate pH 6.2, 7% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97845 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月9日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.564 Å / Num. all: 18405 / Num. obs: 18405 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 90.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 11.16
反射 シェル解像度: 3.3→3.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1192 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IQH

2iqh


解像度: 3.3→46.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 67.078 / SU ML: 0.495 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.609 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 945 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.206 18405 --
obs0.206 18379 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 93.109 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7343 0 0 0 7343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.94710027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5365928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44522.347375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.203151345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.66915104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025720
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.280.33900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3360.55197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.5490
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.3250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3010.533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4321.54673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7827380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.87233049
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5744.52647
LS精密化 シェル解像度: 3.301→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 63 -
Rwork0.244 1251 -
obs-1314 99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.65151.51420.14668.92470.09062.7186-0.289-0.3960.17190.41450.43-0.2535-0.1765-0.5132-0.1409-0.22940.30570.02640.0958-0.1923-0.401711.259-2.429-21.004
21.4496-0.81070.62551.3736-0.35041.35-0.2394-0.3456-0.07710.20870.1990.0548-0.2042-0.24360.0404-0.29360.14310.0268-0.0662-0.0854-0.26565.194-0.894-36.021
30.87490.2963-2.69252.3621-2.80779.8754-0.0276-0.0838-0.1764-0.0345-0.0702-0.12280.15370.50180.0978-0.08150.03090.0793-0.283-0.0582-0.1282.1718.936-78.619
44.9628-1.13511.53552.3907-0.76491.6131-0.1020.5948-0.0902-0.4120.0099-0.0852-0.02080.42460.0921-0.28260.11160.1206-0.1852-0.0372-0.338914.134-1.526-55.307
53.6362-0.4345-0.10533.4514-0.25525.4863-0.278-0.44480.6965-0.16340.1115-0.2774-0.68460.30610.1665-0.1381-0.0933-0.0889-0.2284-0.2355-0.265247.0662.205-6.276
61.253-0.58550.08711.9251.06112.3022-0.0424-0.17330.2964-0.0358-0.0927-0.1551-0.1834-0.18390.1351-0.2708-0.0431-0.028-0.1964-0.0926-0.287442.925-10.775-15.218
72.26470.712.204713.30842.12432.30320.1848-0.4321-0.23650.524-0.3553-0.49450.1595-0.41570.1705-0.2624-0.03680.0785-0.270.0711-0.152647.038-53.854-35.548
82.1532-0.24370.37643.47062.75.02850.2813-0.244-0.44030.6797-0.11860.10320.7093-0.4628-0.1627-0.1708-0.06110.0306-0.26210.0674-0.426140.936-31.621-11.635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 395
3X-RAY DIFFRACTION3A396 - 435
4X-RAY DIFFRACTION4A436 - 496
5X-RAY DIFFRACTION5B21 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6B88 - 395
7X-RAY DIFFRACTION7B396 - 435
8X-RAY DIFFRACTION8B436 - 495

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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