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万見
- PDB-3c4t: Structure of RNaseIIIb and dsRNA binding domains of mouse Dicer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c4t
タイトルStructure of RNaseIIIb and dsRNA binding domains of mouse Dicer
要素Endoribonuclease Dicer
キーワードHYDROLASE / RNase / ATP-binding / Endonuclease / Helicase / Nuclease / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / RNA-binding / RNA-mediated gene silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle cell apoptotic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / ganglion development / hair follicle cell proliferation / zygote asymmetric cell division / regulation of oligodendrocyte differentiation / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / olfactory bulb interneuron differentiation / regulation of RNA metabolic process ...regulation of muscle cell apoptotic process / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / ganglion development / hair follicle cell proliferation / zygote asymmetric cell division / regulation of oligodendrocyte differentiation / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / olfactory bulb interneuron differentiation / regulation of RNA metabolic process / trophectodermal cell proliferation / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / regulation of enamel mineralization / regulation of miRNA metabolic process / spermatogonial cell division / peripheral nervous system myelin formation / regulation of epithelial cell differentiation / global gene silencing by mRNA cleavage / regulation of regulatory T cell differentiation / spinal cord motor neuron differentiation / negative regulation of Schwann cell proliferation / epidermis morphogenesis / reproductive structure development / positive regulation of myelination / regulation of Notch signaling pathway / ribonuclease III / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / nerve development / positive regulation of Schwann cell differentiation / inner ear receptor cell development / meiotic spindle organization / RISC-loading complex / intestinal epithelial cell development / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / miRNA processing / pre-miRNA processing / pericentric heterochromatin formation / siRNA processing / regulation of stem cell differentiation / regulation of viral genome replication / mRNA stabilization / RISC complex / digestive tract development / embryonic limb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / cardiac muscle cell development / positive regulation of miRNA metabolic process / miRNA binding / cartilage development / regulation of neuron differentiation / regulation of myelination / negative regulation of glial cell proliferation / hair follicle morphogenesis / stem cell population maintenance / branching morphogenesis of an epithelial tube / regulation of neurogenesis / hair follicle development / postsynaptic density, intracellular component / RNA processing / spindle assembly / spleen development / neuron projection morphogenesis / post-embryonic development / helicase activity / lung development / multicellular organism growth / cerebral cortex development / rRNA processing / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / angiogenesis / gene expression / defense response to virus / cell population proliferation / regulation of cell cycle / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / Ribonuclease III / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain ...Ribonuclease III domain / Ribonuclease iii, N-terminal Endonuclease Domain; Chain A / Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / Ribonuclease III / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endoribonuclease Dicer
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lee, J.K. / Du, Z. / Tjhen, R.J. / Stroud, R.M. / James, T.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural and biochemical insights into the dicing mechanism of mouse Dicer: A conserved lysine is critical for dsRNA cleavage.
著者: Du, Z. / Lee, J.K. / Tjhen, R. / Stroud, R.M. / James, T.L.
履歴
登録2008年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9344
ポリマ－30,5971
非ポリマー3373
水1086
1
A: Endoribonuclease Dicer
ヘテロ分子

A: Endoribonuclease Dicer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8688
ポリマ－61,1942
非ポリマー6746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.126, 70.126, 132.663
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease Dicer / Double-strand-specific ribonuclease mDCR-1


分子量: 30596.756 Da / 分子数: 1
断片: RNaseIIIb domain, dsRNA binding domain (UNP residues 1638-1900)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dicer1, Dicer, Mdcr / プラスミド: pET48b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(DE3)
参照: UniProt: Q8R418, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20-26% PEG400, 100 mM HEPES (pH7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月5日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→40 Å / Num. all: 9091 / Num. obs: 7819 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 105 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / Num. unique all: 399 / Rsym value: 0.223 / % possible all: 46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 43.196 / SU ML: 0.382 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.453 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30429 353 4.5 %RANDOM
Rwork0.23271 ---
obs0.23568 7513 90.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.858 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.44 Å20 Å20 Å2
2--6.44 Å20 Å2
3----12.88 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 3 6 1932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1631.9552673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9525240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.46623.15292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.87715324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.8631513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7851.51207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51521937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.093765
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5644.5736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 18 -
Rwork0.469 292 -
obs--51.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8667-0.6143-0.34073.70151.36559.23260.26190.02320.02720.1319-0.1520.00150.2863-0.7121-0.1099-0.1057-0.2222-0.0759-0.06970.0624-0.1858-20.0051-25.400615.2561
22.1351.14950.27730.62250.32918.965-0.043-0.01710.36750.3880.4968-0.13150.77560.3882-0.45380.0163-0.0971-0.06-0.00580.0157-0.0407-13.6141-26.40787.1069
39.11010.21954.91436.99120.79329.39220.2923-0.11020.2135-0.2926-0.6586-1.0079-0.38330.41280.36630.0106-0.05760.1415-0.1365-0.0215-0.1656-9.2202-43.8798-23.528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1646 - 176011 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2AA1791 - 1838156 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3AA1840 - 1895205 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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