PDB-5l4q: Crystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase 1 (AAK1)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l4q

タイトル

Crystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase 1 (AAK1) in Complex with LKB1 (AAK1 Dual Inhibitor)

要素

AP2-associated protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE / Kinase Kinase domain

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / membrane organization / Notch binding / clathrin-coated vesicle / positive regulation of Notch signaling pathway / presynaptic endocytosis / cell leading edge / clathrin-coated pit / terminal bouton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Sorrell, F.J. / Williams, E. / Fox, N. / Abdul Azeez, K.R. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Elkins, J.M. / Knapp, S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Synthesis and Structure-Activity Relationships of 3,5-Disubstituted-pyrrolo[2,3- b]pyridines as Inhibitors of Adaptor-Associated Kinase 1 with Antiviral Activity.
著者: Verdonck, S. / Pu, S.Y. / Sorrell, F.J. / Elkins, J.M. / Froeyen, M. / Gao, L.J. / Prugar, L.I. / Dorosky, D.E. / Brannan, J.M. / Barouch-Bentov, R. / Knapp, S. / Dye, J.M. / Herdewijn, P. / ...

履歴

登録	2016年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l4q.cif.gz	344.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l4q.ent.gz	285.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wsqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5r34-d 5r3k-d 5r2b-d 1e1x-d 5mhq-d 5p8h-d 2uzo-d 4i94-1 5ank-d 3wf8-d 4y3e-d 4y5p-d 4i93-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AP2-associated protein kinase 1

B: AP2-associated protein kinase 1

ヘテロ分子

78.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AP2-associated protein kinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AP2-associated protein kinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.800, 55.050, 86.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.440, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLU	GLU	chain A	A	A	33 - 335	7 - 309
2	LEU	LEU	chain B	B	B	33 - 333	7 - 307

#1: タンパク質	AP2-associated protein kinase 1 / Adaptor-associated kinase 1 分子量: 38951.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AAK1, KIAA1048 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q2M2I8, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-LKB / ~{N}-[5-(4-cyanophenyl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]pyridine-3-carboxamide 分子量: 339.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₃N₅O
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.81 % / 解説: thick rectangular plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5, 26% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→46.02 Å / Num. obs: 39653 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.97-2.02	3.4	0.917	1	99.2
8.81-46.02	3.2	0.021	1	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.97 Å	46.02 Å
Translation	5.46 Å	46.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.23	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
Coot		モデル構築
xia2		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4wsq

4wsq

解像度: 1.97→46.016 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.87

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	1936	4.89 %	Random selection
R_work	0.2071	-	-	-
obs	0.208	39628	98.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.41 Å² / B_iso mean: 44.2379 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.97→46.016 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4551	0	98	220	4869
B_iso mean	-	-	35.21	40.69	-
残基数	-	-	-	-	580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.742	6406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	877
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.653	1766

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3380	X-RAY DIFFRACTION	7.153	TORSIONAL
1	2	B	3380	X-RAY DIFFRACTION	7.153	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.0193	0.3759	141	0.3281	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0193-2.0739	0.3142	146	0.3022	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0739-2.1349	0.278	116	0.288	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1349-2.2038	0.3079	147	0.2666	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2038-2.2826	0.29	126	0.2633	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2826-2.3739	0.3146	138	0.2455	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3739-2.482	0.2348	150	0.2396	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.482-2.6128	0.2247	134	0.222	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6128-2.7765	0.2183	130	0.207	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7765-2.9908	0.255	147	0.2169	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9908-3.2918	0.1925	131	0.1961	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2918-3.7679	0.1988	148	0.1814	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7679-4.7464	0.181	136	0.1576	2670	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7401	-0.8379	0.462	2.5099	-0.7089	2.2755	0.0074	-0.0887	-0.0294	-0.0942	0.0557	0.3261	-0.0625	-0.2118	-0.0522	0.3214	-0.0157	-0.0325	0.2546	0.0117	0.3162	-28.9858	-6.9087	-29.4185
2	2.1414	-0.1653	-0.3125	1.8346	-0.2333	2.1196	0.0915	-0.0839	0.0795	0.0053	-0.0843	-0.0499	-0.1359	0.0378	0.0072	0.3125	-0.0038	-0.0335	0.2478	0.0149	0.2979	-11.6355	-5.4667	-41.1599
3	1.0838	-0.3306	-1.4148	1.6095	0.5411	1.8562	-0.2785	0.1798	-0.1792	-0.2589	0.1893	-0.5738	0.1895	0.2106	0.0411	0.8829	-0.1325	-0.0741	0.6363	0.0056	1.006	1.2804	5.086	-45.0378
4	2.5328	-0.056	0.6484	1.5689	-0.2224	2.0016	-0.0169	-0.047	-0.3187	0.0714	-0.1585	-0.5652	-0.0663	0.361	0.0948	0.3298	0.0036	-0.0442	0.3378	0.0644	0.4707	1.9413	-12.3134	-43.2459
5	3.0343	0.2765	-0.1979	1.7789	-0.2152	1.9496	-0.0691	0.0833	0.2597	0.3001	0.0791	0.0819	-0.1268	-0.0618	0.0265	0.4586	0.0094	-0.1196	0.2815	0.0336	0.3682	-13.1725	-20.1723	-8.0628
6	1.9291	0.3599	-0.6048	2.2314	0.7927	1.8702	-0.0787	-0.0107	-0.1061	0.0323	0.0974	-0.1028	0.3689	-0.0624	-0.0227	0.4139	-0.0196	-0.0864	0.2601	0.0228	0.3245	7.3263	-21.9793	-4.3644
7	5.5835	0.2506	1.4385	1.8148	-0.3131	1.0142	0.1667	-0.2907	-0.2868	-0.1183	-0.1453	-0.1577	0.8275	0.457	0.1494	1.1028	0.1087	0.1371	0.4824	0.0497	0.6188	20.0314	-33.3474	-7.5275
8	2.2066	-0.186	-0.4331	1.9146	-0.1974	2.427	0.0095	-0.0793	0.0191	-0.0639	0.07	-0.3918	-0.0312	0.3679	-0.097	0.3594	-0.0129	-0.0361	0.3311	-0.009	0.415	20.5177	-15.6463	-8.419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 34:132)	A	34 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 133:258)	A	133 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 259:280)	A	259 - 280
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 281:333)	A	281 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 33:132)	B	33 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 133:257)	B	133 - 257
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 258:279)	B	258 - 279
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 280:333)	B	280 - 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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