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- PDB-4i93: Structure of the BSK8 kinase domain (SeMet labeled) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i93
タイトルStructure of the BSK8 kinase domain (SeMet labeled)
要素Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase / Pseudo kinase / CFG / Alanine Gatekeeper / Transferase Brassinosteroid-signaling / SeMet Derivative
機能・相同性
機能・相同性情報


brassinosteroid mediated signaling pathway / plastid / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase BSK / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Serine/threonine-protein kinase BSK / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase BSK8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Gruetter, C. / Rauh, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of the RLCK Family Member BSK8: A Pseudokinase with an Unprecedented Architecture
著者: Grutter, C. / Sreeramulu, S. / Sessa, G. / Rauh, D.
履歴
登録2012年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260
B: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6202
ポリマ－69,6202
非ポリマー00
水7,458414
1
A: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8101
ポリマ－34,8101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8101
ポリマ－34,8101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.898, 77.552, 68.147
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260


分子量: 34810.238 Da / 分子数: 2 / 断片: BSK8 Kinase Domain, UNP residues 40-328 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g41260, K1O13.5 / プラスミド: pTriEx-2-based multi-host vector pOPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9FHD7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15-25%(w/v) PEG3350, 200mM KSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA10.97967
シンクロトロンSLS X10SA20.97916
シンクロトロンSLS X10SA30.97149
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月29日 / 詳細: Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979671
20.979161
30.971491
Reflection数: 334535 / Rmerge(I) obs: 0.029 / D res high: 1.5 Å / Num. obs: 151021 / % possible obs: 93.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1.51.62619492.510.19
1.61.72062293.710.122
1.71.81637994.210.083
1.82.13270594.910.045
2.12.83212194.710.025
2.83.61229794.210.021
3.64.42499392.910.018
4.426.2375893.710.018
6.28111991.910.02
81259079.310.02
121614980.510.029
反射解像度: 1.5→35 Å / Num. all: 81558 / Num. obs: 79966 / % possible obs: 98.05 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.23 % / Biso Wilson estimate: 21.682 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.60.3390.2686.585880528303261940.2597
1.6-1.80.2140.14710.734610022005206220.16197.7
1.8-2.10.1450.07118.883654017390163790.1198.4
2.1-2.40.0730.04726.717264634467327050.0698.8
2.4-30.0330.04130.037071433912321210.03499.1
3-3.60.0220.03635.122683413055122970.02899.6
3.6-4.420.0180.03238.3710789537449930.02498.8
4.42-6.20.0170.03636.058042401037580.02498.4
6.2-80.020.04231.132363121711190.02796.9
8-120.0190.0430.8912117445900.02783.1
12-160.0270.04429.143011851490.0483.8
160.020.03925.56190135940.02773.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→33.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2151 / WRfactor Rwork: 0.1918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8641 / SU B: 1.436 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0803 / SU Rfree: 0.0797 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 1000 1.3 %RANDOM
Rwork0.1804 ---
obs0.1807 78964 98.1 %-
all-80493 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.61 Å2 / Biso mean: 18.394 Å2 / Biso min: 6.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å20.18 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4557 0 0 414 4971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194763
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9816466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.813310445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5145607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71623.03231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23715784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2361547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021146
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 72 -
Rwork0.232 5729 -
all-5801 -
obs--96.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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