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- PDB-4i94: Structure of BSK8 in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i94
タイトルStructure of BSK8 in complex with AMP-PNP
要素Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase / Pseudo kinase / CFG / Alanine Gatekeeper / Brassinosteroid-signaling / AMP-PNP / Mg2+
機能・相同性
機能・相同性情報


brassinosteroid mediated signaling pathway / plastid / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase BSK / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Serine/threonine-protein kinase BSK / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase BSK8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gruetter, C. / Rauh, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of the RLCK Family Member BSK8: A Pseudokinase with an Unprecedented Architecture
著者: Grutter, C. / Sreeramulu, S. / Sessa, G. / Rauh, D.
履歴
登録2012年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260
B: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8376
ポリマ－68,7762
非ポリマー1,0614
水7,278404
1
A: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9193
ポリマ－34,3881
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9193
ポリマ－34,3881
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.100, 74.280, 65.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Probable serine/threonine-protein kinase At5g41260


分子量: 34388.188 Da / 分子数: 2 / 断片: BSK8 Kinase Domain, UNP residues 40-328 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g41260, K1O13.5 / プラスミド: pTriEx-2-based multi-host vector pOPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9FHD7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 断片: AMP-PNP / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 200mM Tris, 7-12%(w/v) PEG8000, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月15日 / 詳細: Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator, Dynamically bendable mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45 Å / Num. all: 54962 / Num. obs: 54269 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.67 % / Biso Wilson estimate: 24.508 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 17.49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.8-1.90.40.2624.1622022819176000.32392.8
1.9-20.2310.1986.8124962664966400.23199.9
2-2.20.1320.1210.8937546990498900.1499.9
2.2-2.50.0780.07616.2236384956695460.08999.8
2.5-30.0480.05122.5533021865386350.05999.8
3-40.0270.03432.8326160688268680.03999.8
4-50.0210.0337.969337246924600.03599.6
5-60.0230.0335.344166110511020.03599.7
6-100.0210.02737.074451119611930.03299.7
100.0190.02638.4711673473350.03196.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.12 Å
Translation2.5 Å39.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2154 / WRfactor Rwork: 0.1726 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8624 / SU B: 2.585 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.1284 / SU Rfree: 0.1242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 815 1.5 %RANDOM
Rwork0.1754 ---
obs0.176 54268 98.82 %-
all-54962 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.03 Å2 / Biso mean: 21.8784 Å2 / Biso min: 7.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20.67 Å2
2---0.39 Å2-0 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4755 0 64 404 5223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.9746765
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8533.00110723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0075610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.72422.996247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29115856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7051548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021212
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 54 -
Rwork0.212 3546 -
all-3600 -
obs--88.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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