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- PDB-3bz9: Crystal Structures of (S)-(-)-Blebbistatin Analogs bound to Dicty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bz9
タイトルCrystal Structures of (S)-(-)-Blebbistatin Analogs bound to Dictyostelium discoideum myosin II
要素Myosin-2 heavy chain, non muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / myosin inhibitor / motor domain / blebbistatin analogue / Actin-binding / ATP-binding / Calmodulin-binding / Coiled coil / Cytoplasm / Methylation / Motor protein / Nucleotide-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization ...pseudopodium retraction / uropod retraction / cytoplasmic actin-based contraction involved in forward cell motility / phagocytic cup base / pathogen-containing vacuole / response to differentiation-inducing factor 1 / equatorial cell cortex / contractile actin filament bundle assembly / cell trailing edge / contractile vacuole organization / myosin filament assembly / aggregation involved in sorocarp development / culmination involved in sorocarp development / RHO GTPases activate PAKs / adenyl nucleotide binding / calcium-dependent ATPase activity / hypotonic response / actomyosin contractile ring / uropod / apical cortex / detection of mechanical stimulus / negative regulation of actin filament polymerization / actin-myosin filament sliding / bleb assembly / substrate-dependent cell migration, cell extension / actomyosin / filopodium assembly / myosin filament / early phagosome / myosin II complex / cortical actin cytoskeleton organization / cortical actin cytoskeleton / microfilament motor activity / pseudopodium / cytoskeletal motor activity / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / response to cAMP / response to mechanical stimulus / 14-3-3 protein binding / extracellular matrix / cell motility / response to hydrogen peroxide / chemotaxis / actin filament binding / intracellular protein localization / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / cell cortex / calmodulin binding / cytoskeleton / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #530 / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-BL7 / VANADATE ION / Myosin-2 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Allingham, J.S. / Rayment, I.
引用
ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The small molecule tool (S)-(-)-blebbistatin: novel insights of relevance to myosin inhibitor design.
著者: Lucas-Lopez, C. / Allingham, J.S. / Lebl, T. / Lawson, C.P. / Brenk, R. / Sellers, J.R. / Rayment, I. / Westwood, N.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The structural basis of blebbistatin inhibition and specificity for myosin II
著者: Allingham, J.S. / Smith, R. / Rayment, I.
履歴
登録2008年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-2 heavy chain, non muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6787
ポリマ－86,7471
非ポリマー9316
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Myosin-2 heavy chain, non muscle
ヘテロ分子

A: Myosin-2 heavy chain, non muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,35614
ポリマ－173,4942
非ポリマー1,86212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.682, 146.317, 154.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myosin-2 heavy chain, non muscle / Myosin II heavy chain / non muscle


分子量: 86747.109 Da / 分子数: 1 / 断片: Motor domain, Myosine head-like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: mhcA / 参照: UniProt: P08799

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非ポリマー , 6種, 442分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-BL7 / (3aS)-3a-hydroxy-1-phenyl-1,2,3,3a-tetrahydro-4H-pyrrolo[2,3-b]quinolin-4-one / (S-3a)-3a-hydroxy-1-phenyl-1,2,3,3A-tetrahydro-4H-pyrrol[2,3-B]quinolin-4-one / 1-フェニル-3aα-ヒドロキシ-1,2,3,3a-テトラヒドロ-4H-ピロロ[2,3-b]キノリン-4-オン


分子量: 278.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O2
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細AUTHOR STATES THAT THE LONG BOND DISTANCE IN VO4 REFLECTS THAT THIS VANADATE IS A TRANSITION STATE ...AUTHOR STATES THAT THE LONG BOND DISTANCE IN VO4 REFLECTS THAT THIS VANADATE IS A TRANSITION STATE ANALOG WITH BIPYRAMIDAL GEOMETRY.IN THESE COMPLEXES THE AXIAL V-O BOND DISTANCES ARE MUCH LONGER THAN SEEN IN SIMPLE VO4 COMPLEXES.
配列の詳細THE SEQUENCE CONFLICTS ARE DUE TO VARIATIONS OF DIFFERENT VERSIONS OF THE WILD-TYPE DICTYOSTELIUM MYOSIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: mixing 5 ul of protein with an equal volume of well solution containing 100 mM MOPS, 250 mM MgCl2, 12% PEG 8000, 1 mM TCEP, and 2 mM Thymol, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 57739 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.1-2.185.50.27298.8
2.18-2.265.60.21899.3
2.26-2.375.40.17799
2.37-2.495.70.14899.1
2.49-2.655.60.11599.3
2.65-2.855.60.09199.2
2.85-3.145.60.07499
3.14-3.595.60.05898.2
3.59-4.525.50.04797.4
4.52-505.40.04494.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.415 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.719
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å35.59 Å
Translation2.3 Å35.59 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YV3

1yv3


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.124 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23773 2919 5.1 %RANDOM
Rwork0.19059 ---
obs0.19292 54815 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5584 0 59 436 6079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0225743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.9597786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0135721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.50824.801277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86215972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3261528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23952
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3270.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.11.53655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7325671
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65232420
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7784.52103
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 206 -
Rwork0.207 4006 -
obs--98.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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