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- PDB-3by8: Crystal Structure of the E.coli DcuS Sensor Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3by8
タイトルCrystal Structure of the E.coli DcuS Sensor Domain
要素Sensor protein dcuS
キーワードTRANSFERASE / histidine kinase sensor domain / Inner membrane / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase complex / protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / identical protein binding ...protein histidine kinase complex / protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...SpoOB, alpha-helical domain / Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain / Single cache domain 3 / Single cache domain 3 / Signal transduction histidine kinase, sporulation regulator SpoOB / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Sensor histidine kinase DcuS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Cheung, J. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of C4-Dicarboxylate Ligand Complexes with Sensor Domains of Histidine Kinases DcuS and DctB.
著者: Cheung, J. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2008年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年4月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein dcuS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8922
ポリマ－15,7581
非ポリマー1341
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sensor protein dcuS
ヘテロ分子

A: Sensor protein dcuS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7844
ポリマ－31,5162
非ポリマー2682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.111, 86.111, 35.207
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein dcuS


分子量: 15757.835 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 42-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dcuS, yjdH / プラスミド: pGEX4T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEC8, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: PEG MME 2000, isopropanol, ammonium citrate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9678, 0.9787, 0.9793, 0.9918
検出器検出器: CCD / 日付: 2001年4月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96781
20.97871
30.97931
40.99181
ReflectionAv σ(I) over netI: 9.6 / 数: 116612 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.03 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 19869 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.313098.410.0371.011
3.424.3199.710.0421.024
2.993.4299.910.0611.031
2.712.9999.910.091.039
2.522.7110010.1141.049
2.372.5299.910.1431.056
2.252.3710010.1841.022
2.152.2510010.2240.998
2.072.1510010.2831.047
22.0710010.3411.017
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 29824 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.450.23829500.98298.9
1.45-1.510.20329371.02499.9
1.51-1.580.15229531.027100
1.58-1.660.11329821.031100
1.66-1.760.08329441.014100
1.76-1.90.05929631100
1.9-2.090.04429771.007100
2.09-2.390.03630061.003100
2.39-3.020.05829991.013100
3.02-300.04131131.012100

-
位相決定

Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29802
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.62-10046.10.861511
4.4-5.6245.10.936508
3.81-4.444.80.941552
3.4-3.8146.40.924609
3.11-3.451.60.911659
2.87-3.1148.70.902735
2.69-2.8747.60.905773
2.53-2.6946.80.912815
2.4-2.5351.30.91881
2.29-2.452.60.911916
2.19-2.2960.30.902932
2.11-2.1964.90.9061003
2.03-2.1165.50.9011046
1.96-2.0381.60.9041046
1.9-1.9689.90.8991122
1.84-1.990.90.8951134
1.79-1.8489.80.8871153
1.74-1.7987.90.8821217
1.7-1.7491.40.8871224
1.66-1.790.10.8921260
1.62-1.6687.10.8741283
1.58-1.6291.20.8781320
1.55-1.5888.30.8871345
1.52-1.5589.20.8781371
1.49-1.5292.20.8721418
1.46-1.4988.90.8391402
1.43-1.4689.30.8341477
1.4-1.4390.80.7172090

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法4位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→28.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / FOM work R set: 0.836 / Data cutoff high absF: 1110909.875 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1351 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs-26860 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.772 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4 Å21.82 Å20 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----4.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1150 0 9 152 1311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.812.5
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 226 5.1 %
Rwork0.261 4212 -
all-4438 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.parammal_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION3mal_xplor_par.txtwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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