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万見
- PDB-3bx7: Engineered Human Lipocalin 2 (LCN2) in Complex with the Extracell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bx7
タイトルEngineered Human Lipocalin 2 (LCN2) in Complex with the Extracellular Domain of Human CTLA-4
要素
  • CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4
  • ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2
キーワードDE NOVO PROTEIN / PROTEIN BINDING / PROTEIN DESIGN / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / POLYMORPHISM / TRANSMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response ...protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of regulatory T cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / clathrin-coated endocytic vesicle / CTLA4 inhibitory signaling / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / DNA damage response / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Cytotoxic T-lymphocyte antigen 4 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic T-lymphocyte protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schonfeld, D.L. / Chatwell, L. / Skerra, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High affinity molecular recognition and functional blockade of CTLA-4 by an engineered human lipocalin
著者: Schonfeld, D.L. / Matschiner, G. / Chatwell, L. / Trentmann, S. / Schlehuber, S. / Hohlbaum, A. / Skerra, A.
履歴
登録2008年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4
A: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5032
ポリマ－33,5032
非ポリマー00
水3,351186
1
C: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4
A: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2

C: CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4
A: ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0064
ポリマ－67,0064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area5580 Å2
ΔGint-34.5 kcal/mol
Surface area27280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.706, 120.706, 82.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE-ASSOCIATED ANTIGEN 4 / CTLA-4 / CD152 / CYTOTOXIC T-LYMPHOCYTE PROTEIN 4


分子量: 13310.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTLA4, CD152 / プラスミド: pCTLA4-8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P16410
#2: タンパク質 ENGINEERED HUMAN LIPOCALIN 2 / ENGINEERED LCN2 / ENGINEERED NEUTROPHIL-GELATINASE ASSOCIATED LIPOCALIN / ENGINEERED SIDEROCALIN


分子量: 20192.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNGAL62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 1.4 M Na-malonate, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月31日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 40987 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.6 % / Rsym value: 4.9 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 41.9 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I85 chain C, PDB ENTRY 1DFV chain B

1i85

1dfv


解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 2036 5 %
Rwork0.209 --
obs-40457 98.8 %
溶媒の処理Bsol: 48.786 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 39.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.048 Å20.47 Å20 Å2
2--5.048 Å20 Å2
3----10.097 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2287 0 0 186 2473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0982
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.32 -
Rwork0.291 -
obs-96.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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