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Yorodumi- PDB-3fsg: Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenoco... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3fsg | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenococcus oeni PSU-1 | ||||||
Components | (Alpha/beta superfamily ...) x 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Alpha/beta superfamily hydrolase / PF00561 / MCSG / PSI / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Oenococcus oeni (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenococcus oeni PSU-1 Authors: Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3fsg.cif.gz | 241.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3fsg.ent.gz | 197.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3fsg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3fsg_validation.pdf.gz | 488.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3fsg_full_validation.pdf.gz | 503.1 KB | Display | |
| Data in XML | 3fsg_validation.xml.gz | 52.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 3fsg_validation.cif.gz | 68.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsg | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 |
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| Unit cell |
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| Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-
Components
-Alpha/beta superfamily ... , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 31385.494 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oenococcus oeni (bacteria) / Strain: PSU-1 / Gene: OEOE_1827 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: ![]() #2: Protein | | Mass: 31369.494 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Oenococcus oeni (bacteria) / Strain: PSU-1 / Gene: OEOE_1827 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 510 molecules 








| #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| Sequence details | AUTHORS STATE THAT THERE IS NO ELECTRON DENSITY EVIDENCE TO SUPPORT THE RESIDUE 35 IN CHAIN D AS ...AUTHORS STATE THAT THERE IS NO ELECTRON DENSITY EVIDENCE TO SUPPORT THE RESIDUE 35 IN CHAIN D AS OXIDIZED CYSTEINE, IN CONTRAST TO ITS EVIDENT PRESENCE IN CHAINS A,B,C. |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.04 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1.6 M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 20, 2008 / Details: Mirrors |
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→40 Å / Num. all: 77704 / Num. obs: 77549 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.23 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.03 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3832 / % possible all: 98.6 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.522 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.162 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 16.127 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→40 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Oenococcus oeni (bacteria)
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