PDB-3fsg: Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenoco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fsg

タイトル

Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenococcus oeni PSU-1

要素

(Alpha/beta superfamily ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / Alpha/beta superfamily hydrolase / PF00561 / MCSG / PSI / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Oenococcus oeni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenococcus oeni PSU-1
著者: Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fsg.cif.gz	241.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fsg.ent.gz	197.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1nv8-d 1w60-d 1b3u-2 2684 5870 5tm0-d 4rrf-d 5kni-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC60841

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha/beta superfamily hydrolase

B: Alpha/beta superfamily hydrolase

C: Alpha/beta superfamily hydrolase

D: Alpha/beta superfamily hydrolase

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Alpha/beta superfamily hydrolase

C: Alpha/beta superfamily hydrolase

D: Alpha/beta superfamily hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.3 kDa, 3 ポリマー
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2

A: Alpha/beta superfamily hydrolase

B: Alpha/beta superfamily hydrolase

C: Alpha/beta superfamily hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.1 kDa, 3 ポリマー
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3

A: Alpha/beta superfamily hydrolase

C: Alpha/beta superfamily hydrolase

D: Alpha/beta superfamily hydrolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.3 kDa, 3 ポリマー
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4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.493, 40.580, 135.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
Alpha/beta superfamily ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Alpha/beta superfamily hydrolase 分子量: 31385.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oenococcus oeni (バクテリア) / 株: PSU-1 / 遺伝子: OEOE_1827 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04D10
#2: タンパク質	Alpha/beta superfamily hydrolase 分子量: 31369.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oenococcus oeni (バクテリア) / 株: PSU-1 / 遺伝子: OEOE_1827 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04D10

-
非ポリマー , 5種, 510分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THERE IS NO ELECTRON DENSITY EVIDENCE TO SUPPORT THE RESIDUE 35 IN CHAIN D AS ...AUTHORS STATE THAT THERE IS NO ELECTRON DENSITY EVIDENCE TO SUPPORT THE RESIDUE 35 IN CHAIN D AS OXIDIZED CYSTEINE, IN CONTRAST TO ITS EVIDENT PRESENCE IN CHAINS A,B,C.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. all: 77704 / Num. obs: 77549 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.23
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3832 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
CCP4		モデル構築
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CCP4		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 8.522 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22514	3892	5 %	RANDOM
R_work	0.17991	-	-	-
all	0.182	77455	-	-
obs	0.18184	73563	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.127 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.41 Å²	0 Å²	-0.68 Å²
2-	-	3.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8609	0	77	492	9178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	8885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.954	12023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	14426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.394	5.056	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.198	25.298	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.549	15	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.145	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.956	1.5	5290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.282	1.5	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.631	2	8571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.685	3	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.97	4.5	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	266	-
R_work	0.239	5329	-
obs	-	-	97.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2451	8.0603	-6.1682	15.826	-10.6028	7.6882	0.063	-0.1547	0.024	0.2531	-0.1223	-0.1107	-0.1923	0.1933	0.0592	0.138	-0.0035	-0.0183	0.1355	-0.0207	0.1014	19.4539	12.0398	66.9384
2	1.843	-0.3595	-0.1136	1.6311	-0.0337	1.3547	0.0138	-0.1506	0.0824	0.1446	-0.0016	-0.0287	-0.1054	0.0165	-0.0123	0.1142	-0.009	-0.0088	0.0796	-0.0241	0.0988	19.4769	8.5165	57.7333
3	0.5892	-0.0572	0.5898	2.8054	-0.6516	0.722	0.023	0.4572	0.0469	-0.2646	0.0127	0.2099	0.0529	0.4376	-0.0357	0.3542	0.0747	0.0502	0.366	0.0548	0.2775	14.907	17.5242	47.8635
4	0.6542	0.7045	-0.0565	3.1162	-0.1014	0.4993	0.0325	-0.2403	-0.0661	0.2932	-0.0323	-0.1308	0.0357	0.0678	-0.0002	0.1343	0.0015	0.0032	0.1236	-0.006	0.1059	19.3533	-0.0087	62.9112
5	6.7705	-1.6328	0.5983	10.0396	1.1745	1.1566	-0.0161	-0.4941	-0.2938	0.543	0.0469	0.1804	0.184	-0.123	-0.0308	0.1591	-0.0023	0.0041	0.1584	0.0001	0.1356	11.7263	-1.5247	64.7828
6	2.2062	1.2023	-0.1819	1.5259	1.2725	5.0464	0.0125	-0.1581	-0.1222	0.061	-0.0252	0.1163	0.1937	-0.2452	0.0127	0.1161	0.0098	0.0033	0.1173	0.0057	0.1225	6.0537	6.8984	59.6064
7	0.5872	-0.3198	-0.0444	1.912	-0.06	1.6071	-0.0219	-0.0699	-0.1077	0.0923	-0.0106	0.1191	0.0725	-0.1205	0.0325	0.1136	-0.0056	-0.0011	0.0853	0.0012	0.0997	13.1367	-2.2891	51.0901
8	5.0921	-2.9939	-0.1397	1.793	0.5231	5.9629	-0.0523	-0.1068	-0.3753	0.0711	0.0762	0.2211	0.5424	0.0953	-0.0238	0.2106	0.0079	-0.0252	0.0668	0.0003	0.2313	24.1149	-15.5699	47.7673
9	2.6315	1.1471	0.1759	2.5401	0.518	2.2592	-0.1316	0.105	0.0895	-0.0557	0.1801	-0.3191	-0.2287	0.3828	-0.0485	0.1265	0.0257	0.0013	0.1871	-0.0057	0.1416	40.4029	2.9476	40.9354
10	4.163	-3.194	0.9672	3.8366	1.9076	5.8601	-0.0141	-0.2014	0.1148	0.2089	0.073	-0.1571	0.0262	-0.0153	-0.059	0.2645	-0.0677	-0.001	0.2601	-0.0057	0.1469	42.8387	3.1037	52.3564
11	1.0499	-0.3865	0.6312	2.5804	0.1387	4.4673	0.0614	0.0183	0.0221	-0.0236	-0.069	-0.0567	0.0987	0.3426	0.0075	0.0723	0.0104	0.0018	0.1474	-0.0022	0.1146	37.2054	2.3289	42.6505
12	2.0806	0.512	-1.3982	1.4243	-0.565	5.6055	0.0046	-0.0019	0.1426	0.0474	0.0151	-0.1193	-0.282	0.203	-0.0197	0.1078	-0.0145	-0.0053	0.1399	-0.0059	0.1349	35.6807	8.2077	51.0577
13	1.7206	1.1595	0.7085	2.8036	0.5143	1.3008	0.0448	-0.112	-0.1423	0.2042	-0.0176	-0.3312	0.1054	0.202	-0.0272	0.1498	0.0158	0.001	0.137	0.0165	0.1239	24.1944	-9.8147	60.6182
14	8.6976	-2.2542	5.0329	1.1139	-1.9082	4.4994	0.0896	0.2541	-0.4184	-0.1228	-0.0167	0.2454	0.3307	-0.1673	-0.0729	0.1741	-0.0389	0.0194	0.1564	-0.0447	0.2101	9.0245	-12.129	47.0365
15	3.2905	-1.1229	-0.4484	0.9875	0.1361	0.8874	-0.0026	0.0995	-0.204	-0.0453	-0.0077	0.1172	0.1027	-0.099	0.0102	0.1223	-0.0076	-0.0025	0.0762	-0.0026	0.0919	17.2718	-5.1986	40.6965
16	2.0246	-0.1177	0.9431	1.1837	0.0135	2.0522	0.0185	-0.0383	-0.0219	-0.0147	0.0062	0.0155	0.0121	-0.0031	-0.0246	0.1356	0.0112	0.0042	0.0688	-0.0037	0.1022	20.656	0.0146	39.0655
17	6.7487	-2.0061	0.3114	3.8079	-0.6623	6.5905	0.0769	-0.0077	0.5437	0.0599	-0.0338	-0.237	-0.4705	0.2139	-0.043	0.1506	-0.0088	-0.0005	0.0654	-0.0043	0.1354	21.0558	10.3502	39.9915
18	4.4932	-0.8162	-2.3984	0.8624	1.8609	4.2226	0.2453	0.2829	0.051	-0.2431	-0.3029	0.1437	-0.6097	-0.6676	0.0576	0.2217	0.079	0.0796	0.236	0.0526	0.4991	8.3648	10.6427	41.74
19	3.5935	-0.3914	0.088	7.832	0.6394	6.1379	0.0386	-0.2499	-0.1628	0.5309	0.0698	-0.3663	0.2727	0.2608	-0.1084	0.1346	0.0059	0.0128	0.155	0.0109	0.1293	73.715	-8.634	67.9827
20	2.2633	0.0875	0.3881	1.282	-0.143	1.8122	0.0035	0.0433	-0.2473	0.0038	-0.0222	0.0343	0.1519	0.082	0.0187	0.1327	-0.0034	-0.0007	0.1072	0.0048	0.118	71.7594	-7.9585	55.5644
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64	3.6232	1.1577	-2.275	2.0864	1.1879	6.4646	-0.0521	-0.1332	-0.1442	-0.05	-0.0121	0.0443	0.2449	0.2016	0.0642	0.1234	0.0663	-0.0178	0.185	0.0248	0.1269	93.7638	-7.0171	20.8607
65	2.7752	-0.5471	0.64	2.6051	-2.5238	8.0696	-0.0257	-0.072	-0.0366	-0.0495	-0.0327	-0.0405	0.0788	0.1044	0.0584	0.1333	0.0249	0.0095	0.1243	-0.0204	0.1283	88.0302	-6.5882	12.7096
66	1.9304	0.5298	-0.739	7.264	2.5656	6.5298	-0.0056	-0.1012	-0.1641	-0.091	-0.0088	-0.2782	-0.0948	0.4371	0.0144	0.1713	-0.013	0.0089	0.1381	0.0149	0.1467	87.8314	11.7646	6.3701
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70	5.2076	-0.856	-0.4032	1.2179	0.4313	2.0874	0.0193	-0.0438	0.2801	-0.0187	-0.0094	-0.0691	-0.1535	-0.0435	-0.01	0.1487	0.0012	0.0173	0.131	0.0114	0.0927	76.8802	5.0216	29.7032
71	6.1595	0.0028	-0.551	1.4176	-0.4607	2.2593	-0.026	-0.0222	-0.4318	-0.0393	-0.0051	-0.0652	0.2825	0.0336	0.0311	0.1343	0.0096	0.0056	0.1039	0.0049	0.0769	76.4063	-5.893	26.7483
72	0.097	0.0814	0.4466	5.8631	0.6746	6.3962	0.007	-0.1524	0.0216	0.2091	-0.0026	0.5483	0.125	-0.782	-0.0045	0.1246	-0.0074	0.0147	0.2496	0.0021	0.145	62.8809	-1.4809	25.9933

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	48 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	73 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	90 - 123
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	124 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	130 - 145
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	146 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	153 - 161
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	162 - 177
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	178 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	196 - 203
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	204 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	230 - 249
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	250 - 259
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	260 - 266
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	3 - 11
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	12 - 36
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	37 - 46
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	47 - 72
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	73 - 83
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	84 - 89
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	90 - 124
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	125 - 133
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	134 - 147
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	148 - 169
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	170 - 179
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	180 - 184
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	185 - 195
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	196 - 200
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	201 - 226
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	227 - 231
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	232 - 250
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	251 - 264
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	1 - 5
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	6 - 35
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	36 - 46
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	47 - 83
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	84 - 90
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	91 - 120
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	121 - 139
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	140 - 145
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	146 - 164
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	165 - 178
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	179 - 190
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	191 - 196
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	197 - 208
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51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	223 - 231
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71	X-RAY DIFFRACTION	71	D	247 - 259
72	X-RAY DIFFRACTION	72	D	260 - 266

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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