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- PDB-3bwj: Complex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor lead... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bwj
タイトルComplex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor lead compound Arc-1034
要素cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / bisubstrate inhibitor / protein kinase / Serine/threonine-protein kinase / ATP-binding / cAMP / Phosphoprotein / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RET signaling / AURKA Activation by TPX2 / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Mitochondrial protein degradation / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of TORC1 signaling / protein kinase A signaling / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARC-1034 / Chem-ARX / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lavogina, D. / Koenig, N. / Uri, A. / Bossemeyer, D.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of ARC-type inhibitor (ARC-1034) binding to protein kinase A catalytic subunit and rational design of bisubstrate analogue inhibitors of basophilic protein kinases.
著者: Lavogina, D. / Lust, M. / Viil, I. / Konig, N. / Raidaru, G. / Rogozina, J. / Enkvist, E. / Uri, A. / Bossemeyer, D.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Conjugation of Adenosine and Hexa-(D-arginine)Leads to a Nanomolar Bisubstrate-Analog Inhibitor of Basophilic Protein Kinases
著者: Enkvist, E. / Lavogina, D. / Raidaru, G. / Vaasa, A. / Viil, I. / Lust, M. / Viht, K. / Uri, A.
履歴
登録2008年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年9月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_conn
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1983
ポリマ－40,7861
非ポリマー1,4122
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.188, 72.632, 77.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit / PKA C-alpha


分子量: 40786.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P00517, cAMP-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ARX / (2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-N-(6-{[(1R)-4-carbamimidamido-1-{[(1R)-4-carbamimidamido-1-carbamoylbutyl]carbamoyl}butyl]amino}-6-oxohexyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-carboxamide / ARC-1034


タイプ: peptide-like, Non-polymer / クラス: 阻害剤 / 分子量: 705.769 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H47N15O7 / 参照: ARC-1034
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Mes-Bis-Tris, LiCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→52.926 Å / Num. all: 17407 / Num. obs: 18346 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.9 / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 1.05 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1340 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→52.926 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.106 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2493 939 5.1 %RANDOM
Rwork0.19899 ---
obs0.20145 17407 99.87 %-
all-0 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→52.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 100 175 3098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.9944051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9845340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.11124.247146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.21215.057523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.161515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21981
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3890.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0551.51754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64822745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49131436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8434.51306
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 66 -
Rwork0.223 1274 -
obs-1340 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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