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- PDB-3bmn: Structure of Pteridine Reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bmn
タイトルStructure of Pteridine Reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor (NADP+) and inhibitor (Compound AX3)
要素(Pteridine reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / pteridine reductase / ptr1 / trypanosoma brucei / short chain dehydrogenase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / N~2~-cyclopropyl-1,3,5-triazine-2,4,6-triamine / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Martini, V.P. / Iulek, J. / Tulloch, L.B. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure-based design of pteridine reductase inhibitors targeting african sleeping sickness and the leishmaniases.
著者: Tulloch, L.B. / Martini, V.P. / Iulek, J. / Huggan, J.K. / Lee, J.H. / Gibson, C.L. / Smith, T.K. / Suckling, C.J. / Hunter, W.N.
履歴
登録2007年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pteridine reductase
B: Pteridine reductase
C: Pteridine reductase
D: Pteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,13122
ポリマ－122,6954
非ポリマー4,43618
水9,728540
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.840, 87.500, 84.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
131A
141B
151C
161D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALALEUAA3 - 10223 - 122
21ALALEUBB3 - 10223 - 122
31ALALEUCC3 - 10223 - 122
41ALALEUDD3 - 10223 - 122
52LYSARGAA114 - 141134 - 161
62LYSARGBB114 - 141134 - 161
72LYSARGCC114 - 141134 - 161
82LYSARGDD114 - 141134 - 161
93ASNLEUAA153 - 208173 - 228
103ASNLEUBB153 - 208173 - 228
113ASNLEUCC153 - 208173 - 228
123ASNLEUDD153 - 208173 - 228
134TRPALAAA221 - 268241 - 288
144TRPALABB221 - 268241 - 288
154TRPALACC221 - 268241 - 288
164TRPALADD221 - 268241 - 288

-
要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Pteridine reductase


分子量: 30685.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290
#2: タンパク質 Pteridine reductase


分子量: 30669.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290

-
非ポリマー , 6種, 558分子

#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-AX3 / N~2~-cyclopropyl-1,3,5-triazine-2,4,6-triamine / シロマジン


分子量: 166.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N6
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2-3M sodium acetate, 10-100mM sodium citrate, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.98→75.59 Å / Num. obs: 64386 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.881 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.12
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.98-2.040.3434.1186625234191.5
2.04-2.10.295.2189194856195.2
2.1-2.180.2565.8220745653195.2
2.18-2.270.1897.6213015458195.6
2.27-2.370.1797.9201845167195.6
2.37-2.490.1479.2201025152195.7
2.49-2.650.12610.6215225517196.2
2.65-2.860.09613.3215925552196.7
2.86-3.140.06917.2203255250196.8
3.14-3.60.04822.5210205486196.9
3.6-4.530.03429.4206325466197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→75.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 6.938 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS All of the 17 related structures are expressed from the same DNA construct, which encodes CYS at positions 59 and 168. Crystals harvested ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS All of the 17 related structures are expressed from the same DNA construct, which encodes CYS at positions 59 and 168. Crystals harvested within a couple of days of formation contain CYS at positions 59 and 168. However these two residues appear quite reactive and over time become oxidised to CSX, as determined by the emergence in older crystals of electron density for the OD atom. Sometimes CYS168 reacts with DTT in the crystallisation buffer, covalently linking the two molecules by an S-S bond
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 3209 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.209 64384 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.63 Å20 Å2-1.84 Å2
2--3.73 Å20 Å2
3----2.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→75.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7501 0 292 540 8333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0282.00611035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0433.00117389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.19551051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6924.295312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.078151305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8691551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.28556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.23985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.25177
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.250.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5426545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.23422079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91938182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6614.53388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.78362813
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1312TIGHT POSITIONAL0.050.05
2B1312TIGHT POSITIONAL0.060.05
3C1312TIGHT POSITIONAL0.060.05
4D1312TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A1741LOOSE POSITIONAL0.75
2B1741LOOSE POSITIONAL0.765
3C1741LOOSE POSITIONAL0.775
4D1741LOOSE POSITIONAL0.75
1A1312TIGHT THERMAL0.070.25
2B1312TIGHT THERMAL0.070.25
3C1312TIGHT THERMAL0.060.25
4D1312TIGHT THERMAL0.070.25
1A1741LOOSE THERMAL1.575
2B1741LOOSE THERMAL1.745
3C1741LOOSE THERMAL1.555
4D1741LOOSE THERMAL1.575
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 212 -
Rwork0.313 4262 -
all-4474 -
obs--90.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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