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- PDB-3bjz: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa phosphoheptose isomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bjz
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa phosphoheptose isomerase
要素Phosphoheptose isomerase
キーワードISOMERASE / SIS DOMAIN / alpha/beta PROTEIN / LIPOPOLYSACCHARIDE BIOSYNTHESIS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / Carbohydrate metabolism / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphoheptose isomerase / GmhA/DiaA / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoheptose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Walker, J.R. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Osipiuk, J. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure and Function of Sedoheptulose-7-phosphate Isomerase, a Critical Enzyme for Lipopolysaccharide Biosynthesis and a Target for Antibiotic Adjuvants.
著者: Taylor, P.L. / Blakely, K.M. / de Leon, G.P. / Walker, J.R. / McArthur, F. / Evdokimova, E. / Zhang, K. / Valvano, M.A. / Wright, G.D. / Junop, M.S.
履歴
登録2007年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoheptose isomerase
B: Phosphoheptose isomerase
C: Phosphoheptose isomerase
D: Phosphoheptose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8729
ポリマ－87,4524
非ポリマー4205
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.842, 131.609, 48.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Phosphoheptose isomerase / Sedoheptulose 7-phosphate isomerase


分子量: 21862.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: gmhA, PA4425 / プラスミド: Modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GOLD(DE3)
参照: UniProt: Q9HVZ0, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 % PEG 3350, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 60161 / Num. obs: 60161 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 5980 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→39.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 8.113 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27415 1578 5.1 %RANDOM
Rwork0.19718 ---
obs0.20106 29349 96.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å20 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3----0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5498 0 21 153 5672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.9797556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6665724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.32324.715246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.31215986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.121543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23815
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.78533728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.645785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.40852011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.12771771
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 118 -
Rwork0.19 1979 -
obs--89.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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