PDB-3bic: Crystal structure of human methylmalonyl-CoA mutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bic

タイトル

Crystal structure of human methylmalonyl-CoA mutase

要素

Methylmalonyl-CoA mutase, mitochondrial precursor

キーワード

ISOMERASE / organic aciduria / methylmalonyl CoA mutase deficiency / metabolic disease / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Cobalamin / Cobalt / Disease mutation / Metal-binding / Mitochondrion / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA biosynthetic process / Defective MMAA causes MMA, cblA type / Defective MUT causes MMAM / propionate metabolic process, methylmalonyl pathway / methylmalonyl-CoA mutase / Propionyl-CoA catabolism / Cobalamin (Cbl) metabolism / methylmalonyl-CoA mutase activity / modified amino acid binding / homocysteine metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Ugochukwu, E. / Kochan, G. / Pantic, N. / Parizotto, E. / Pilka, E.S. / Pike, A.C.W. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structures of the human GTPase MMAA and vitamin B12-dependent methylmalonyl-CoA mutase and insight into their complex formation.
著者: Froese, D.S. / Kochan, G. / Muniz, J.R. / Wu, X. / Gileadi, C. / Ugochukwu, E. / Krysztofinska, E. / Gravel, R.A. / Oppermann, U. / Yue, W.W.

履歴

登録	2007年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bic.cif.gz	274.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bic.ent.gz	217.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bic.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bic_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bic_full_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示
XML形式データ	3bic_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	3bic_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/3bic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/3bic	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wwwC 2xijC 2xiqC 1reqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4w1t-d 2xij-d 4wtq-d 4xwh-d 5iro-6 4hl6-3 4n8u-d 3cg8-d 5mkm-2 1254 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methylmalonyl-CoA mutase, mitochondrial precursor

B: Methylmalonyl-CoA mutase, mitochondrial precursor

ヘテロ分子

170 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methylmalonyl-CoA mutase, mitochondrial precursor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
84.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methylmalonyl-CoA mutase, mitochondrial precursor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
84.9 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.750, 95.150, 119.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
1	2	A
2	2	B
3	2	A
4	2	B
5	2	A
6	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PRO	PRO	TRP	TRP	2	A	A	38 - 329	28 - 319
2	1	1	PRO	PRO	TRP	TRP	2	B	B	38 - 329	28 - 319
3	2	1	ILE	ILE	SER	SER	2	A	A	333 - 594	323 - 584
4	2	1	ILE	ILE	SER	SER	2	B	B	333 - 594	323 - 584
5	3	1	PRO	PRO	THR	THR	2	A	A	615 - 673	605 - 663
6	3	1	PRO	PRO	THR	THR	2	B	B	615 - 673	605 - 663
7	4	1	HIS	HIS	LYS	LYS	2	A	A	678 - 745	668 - 735
8	4	1	HIS	HIS	LYS	LYS	2	B	B	678 - 745	668 - 735
1	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	6	A	A	330 - 332	320 - 322
2	1	2	ALA	ALA	LEU	LEU	6	B	B	330 - 332	320 - 322
3	2	2	LYS	LYS	ARG	ARG	6	A	A	595 - 614	585 - 604
4	2	2	LYS	LYS	ARG	ARG	6	B	B	595 - 614	585 - 604
5	3	2	LEU	LEU	GLY	GLY	6	A	A	674 - 677	664 - 667
6	3	2	LEU	LEU	GLY	GLY	6	B	B	674 - 677	664 - 667

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Methylmalonyl-CoA mutase, mitochondrial precursor / MCM / Methylmalonyl-CoA isomerase 分子量: 84835.820 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 12-750 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUT / プラスミド: pNIC-CTHF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: P22033, methylmalonyl-CoA mutase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.60M Na/K2PO4, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97649 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97649 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→37.42 Å / Num. all: 67606 / Num. obs: 67606 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.122 / R_sym value: 0.122 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_sym value: 0.698 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1REQ

1req

解像度: 2.6→37.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 20.894 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24341	1152	1.7 %	RANDOM
R_work	0.21712	-	-	-
all	0.21758	66447	-	-
obs	0.21758	66447	99.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	0 Å²	2.7 Å²
2-	-	-1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10642	0	4	84	10730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	10876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7153
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.121	1.96	14786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.949	3	17488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.461	5	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.51	24.283	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.96	15	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.401	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	7230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	5440
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	5610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.207	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.415	1.5	7282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.059	1.5	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.701	2	11337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.947	3	4036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.556	4.5	3446

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3949	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	4260	medium positional	0.03	0.5
2	2	B	312	loose positional	0.57	5
1	1	A	3949	tight thermal	1.1	10
1	1	A	4260	medium thermal	1.18	10
2	2	B	312	loose thermal	1.62	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	53	-
R_work	0.343	4664	-
obs	-	-	94.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0538	-0.0646	-0.532	0.548	0.1285	0.6306	-0.1407	0.3324	-0.2991	-0.024	0.0333	-0.1994	0.1247	0.1131	0.1074	-0.0564	-0.0353	-0.0009	-0.023	-0.041	-0.048	-27.231	2.9499	-32.3537
2	1.0557	0.1099	-0.1454	0.8789	-0.0033	0.7181	0.0255	0.1412	0.1911	0.1003	-0.0262	0.2765	-0.1916	-0.1276	0.0008	-0.0327	-0.0365	0.0174	-0.1056	-0.0089	-0.073	-64.8818	29.2415	-20.18

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	27 - 745	17 - 735
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	38 - 757	28 - 747

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関連情報:EMDBヘッダ

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