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- PDB-3bdx: Crystal structure of the unstable and highly fibrillogenic Pro7Se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bdx
タイトルCrystal structure of the unstable and highly fibrillogenic Pro7Ser mutant of the Recombinant variable domain 6AJL2
要素Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Lambda VI subgroup / light chain variable domain / beta-sandwich / immunoglobulin / AL amyloidosis
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hernandez-Santoyo, A. / Fuentes-Silva, D. / Del Pozo Yauner, L. / Becerril, B. / Rodriguez-Romero, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A single mutation at the sheet switch region results in conformational changes favoring lambda6 light-chain fibrillogenesis.
著者: Hernandez-Santoyo, A. / del Pozo Yauner, L. / Fuentes-Silva, D. / Ortiz, E. / Rudino-Pinera, E. / Sanchez-Lopez, R. / Horjales, E. / Becerril, B. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999 SEQUENCE THE RESIDUES ARE NUMBERED CONSECUTIVELY IN THE POLYPEPTIDE CHAIN AND DO NOT FOLLOW THE ... SEQUENCE THE RESIDUES ARE NUMBERED CONSECUTIVELY IN THE POLYPEPTIDE CHAIN AND DO NOT FOLLOW THE KABAT NUMBERING SCHEME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment)
B: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment)
C: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,71413
ポリマ－35,8563
非ポリマー85910
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3136
ポリマ－11,9521
非ポリマー3615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2984
ポリマ－11,9521
非ポリマー3463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1033
ポリマ－11,9521
非ポリマー1512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.11, 106.12, 133.36
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-300-

HOH

21B-299-

HOH

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要素

#1: 抗体 Amyloid lambda 6 light chain variable region PIP (fragment) / Recombinant light chain variable domain


分子量: 11951.873 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1-111 / 変異: P7S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Promotor: lac Resistence ampicillin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Lambda VI light chain subgroup / 遺伝子: VL gene segment 6a and JL2/3 gene segment / プラスミド: pSyn1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: Q96JD1
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drops consisted of 5 microliters of protein solution (7 mg/mL) plus 5 microliters of 0.1 M MES pH 6.5, 2.0 M Sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月7日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.92 Å / Num. obs: 16902 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2544

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3B5G

3b5g


解像度: 2.3→29.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2014859.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1717 10.2 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 16809 92.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.4523 Å2 / ksol: 0.39712 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2--2.25 Å20 Å2
3----1.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2517 0 56 100 2673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 317 11.1 %
Rwork0.264 2548 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2act_xplor_par.txtact_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION3gol_xplor_par.txtgol_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION4mes_xplor_par.txtmes_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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