PDB-3bdb: Crystal Structure of Novel Immune-Type Receptor 11 Extracellular ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bdb

タイトル

Crystal Structure of Novel Immune-Type Receptor 11 Extracellular Fragment from Ictalurus punctatus including Stalk Region

要素

Novel immune-type receptor 11

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Variable Domain-Like Beta-Sandwich / Immune-Type Receptor / Stalk Region

機能・相同性

機能・相同性情報

immune system process / response to bacterium / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Ictalurus punctatus (アメリカナマズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ostrov, D.A. / Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Cannon, J.P. / Magis, A.T. / Bailey, K.M. / Litman, G.W.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2008
タイトル: A bony fish immunological receptor of the NITR multigene family mediates allogeneic recognition.
著者: Cannon, J.P. / Haire, R.N. / Magis, A.T. / Eason, D.D. / Winfrey, K.N. / Hernandez Prada, J.A. / Bailey, K.M. / Jakoncic, J. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.

履歴

登録	2007年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bdb.cif.gz	159.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bdb.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bdb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3bdb_validation.pdf.gz	487.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bdb_full_validation.pdf.gz	601.9 KB	表示
XML形式データ	3bdb_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	3bdb_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/3bdb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/3bdb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qhlC 2qjdC 2qqqSC 2qteC 3b5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d4r-1 2q36-d 4b1w-d 4czl-d 7bvy-d 4gyn-d 1jcg-d 4cze-d 2plq-d 4gyl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Novel immune-type receptor 11

B: Novel immune-type receptor 11

C: Novel immune-type receptor 11

D: Novel immune-type receptor 11

E: Novel immune-type receptor 11

F: Novel immune-type receptor 11

93.3 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Novel immune-type receptor 11

B: Novel immune-type receptor 11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Novel immune-type receptor 11

D: Novel immune-type receptor 11

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31.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Novel immune-type receptor 11

F: Novel immune-type receptor 11

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.585, 91.342, 115.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Novel immune-type receptor 11 分子量: 15549.331 Da / 分子数: 6 / 断片: Extracellular / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ictalurus punctatus (アメリカナマズ) 株: wild type / 遺伝子: NITR11 / プラスミド: pET-Blue1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q8UWK4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1M Tris Hydrochloride, 22% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月22日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.3 % / Av σ(I) over netI: 7.3 / 数: 175598 / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1 / D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 24095 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
9.48	30	98.9	1	0.036	1.414	6.2
7.56	9.48	100	1	0.038	1.062	6.8
6.62	7.56	100	1	0.044	1.104	6.9
6.02	6.62	100	1	0.048	0.836	7.1
5.59	6.02	100	1	0.047	0.869	7.1
5.26	5.59	100	1	0.05	0.805	7.2
5	5.26	100	1	0.05	0.829	7.2
4.78	5	100	1	0.051	0.964	7.3
4.6	4.78	100	1	0.049	0.774	7.2
4.44	4.6	100	1	0.051	0.775	7.2
4.3	4.44	100	1	0.051	0.826	7.3
4.18	4.3	100	1	0.06	0.838	7.3
4.07	4.18	100	1	0.067	0.987	7.3
3.97	4.07	100	1	0.075	0.782	7.3
3.88	3.97	100	1	0.082	1.357	7.3
3.8	3.88	100	1	0.086	1.066	7.4
3.72	3.8	100	1	0.082	0.669	7.3
3.65	3.72	100	1	0.092	1.295	7.3
3.59	3.65	100	1	0.103	0.811	7.3
3.53	3.59	100	1	0.099	1.133	7.4
3.47	3.53	100	1	0.115	0.71	7.4
3.42	3.47	100	1	0.136	2.024	7.4
3.37	3.42	100	1	0.139	0.979	7.4
3.32	3.37	100	1	0.169	0.627	7.3
3.27	3.32	100	1	0.15	0.448	7.5
3.23	3.27	100	1	0.17	1.095	7.4
3.19	3.23	100	1	0.196	2.054	7.4
3.15	3.19	100	1	0.198	0.937	7.4
3.12	3.15	100	1	0.213	1.015	7.4
3.08	3.12	100	1	0.224	1.259	7.4
3.05	3.08	100	1	0.25	0.639	7.5
3.02	3.05	99.8	1	0.258	0.428	7.4
2.99	3.02	100	1	0.312	0.718	7.4
2.96	2.99	100	1	0.363	1.177	7.5
2.93	2.96	100	1	0.443	1.138	7.4
2.9	2.93	100	1	0.451	0.946	7.4
2.87	2.9	100	1	0.487	1.419	7.5
2.85	2.87	100	1	0.569	0.651	7.3
2.82	2.85	100	1	0.665	0.943	7.4
2.8	2.82	100	1	0.805	1.456	7.4

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 24095 / Num. obs: 24095 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 0.995 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

解像度: 2.8→2.82 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.805 / Num. unique all: 619 / Χ²: 1.456 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.07 Å	29.51 Å
Translation	3.07 Å	29.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
RESOLVE		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 2QQQ

2qqq

解像度: 2.8→30 Å / FOM work R set: 0.755 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.291	1231	5 %	random
R_work	0.284	-	-	-
all	0.284	24095	-	-
obs	0.284	23963	98.1 %	-

溶媒の処理

B_sol: 50.421 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.004 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.587 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.591 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.46 Å	0.47 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.52 Å	0.52 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5970	0	0	51	6021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	3.408	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	4.946	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	5.366	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	6.839	2.5

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Refine-ID	R_factor R_free error	Num. reflection obs
2.8-2.82	0.3652	13	0.452	X-RAY DIFFRACTION	0.8232	192
2.82-2.85	0.3945	27	0.3836	X-RAY DIFFRACTION	0.7898	566
2.85-2.87	0.494	34	0.368	X-RAY DIFFRACTION	0.7814	579
2.87-2.9	0.5244	30	0.3523	X-RAY DIFFRACTION	0.7751	540
2.9-2.93	0.3441	30	0.3334	X-RAY DIFFRACTION	0.763	582

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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