PDB-2qhl: Crystal Structure of Novel Immune-Type Receptor 10 Extracellular ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qhl

タイトル

Crystal Structure of Novel Immune-Type Receptor 10 Extracellular Fragment from Ictalurus punctatus

要素

Novel immune-type receptor 10

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin Variable Domain-Like Beta-Sandwich / Immune-Type Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to bacterium / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Ictalurus punctatus (アメリカナマズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Ostrov, D.A. / Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Cannon, J.P. / Magis, A.T. / Bailey, K.M. / Litman, G.W.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2008
タイトル: A bony fish immunological receptor of the NITR multigene family mediates allogeneic recognition.
著者: Cannon, J.P. / Haire, R.N. / Magis, A.T. / Eason, D.D. / Winfrey, K.N. / Hernandez Prada, J.A. / Bailey, K.M. / Jakoncic, J. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.

履歴

登録	2007年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qhl.cif.gz	136.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qhl.ent.gz	111.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qhl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qhl_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qhl_full_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示
XML形式データ	2qhl_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	2qhl_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/2qhl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qjdC 2qqqC 2qteC 3b5tC 3bdbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iwi-1 5a66-1 2vfk-d 3ec4-1 2eiu-3 4x7q-2 6i66-d 5ai1-1 3b5t-2 4p32-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Novel immune-type receptor 10

B: Novel immune-type receptor 10

C: Novel immune-type receptor 10

D: Novel immune-type receptor 10

E: Novel immune-type receptor 10

64.5 kDa, 5 ポリマー
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1

B: Novel immune-type receptor 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Novel immune-type receptor 10

D: Novel immune-type receptor 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Novel immune-type receptor 10

E: Novel immune-type receptor 10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.246, 90.246, 136.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-336- HOH

#1: タンパク質	Novel immune-type receptor 10 分子量: 12906.536 Da / 分子数: 5 / 断片: Extracellular / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Channel catfish 由来: (天然) Ictalurus punctatus (アメリカナマズ) 参照: UniProt: Q8UWK5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5M Na Citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月27日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror

放射

モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.56→30 Å / Num. all: 91403 / Num. obs: 91403 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Χ²: 0.992 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.56-1.57	3.6	0.46	2132	0.678	95.6
1.57-1.59	4.2	0.446	2248	0.685	97.8
1.59-1.6	4.9	0.45	2235	0.652	99.4
1.6-1.62	5.6	0.444	2260	0.655	99.6
1.62-1.63	6.2	0.424	2250	0.669	100
1.63-1.65	6.6	0.397	2294	0.718	99.8
1.65-1.66	7	0.389	2264	0.687	100
1.66-1.68	7.2	0.366	2259	0.73	99.8
1.68-1.7	7.2	0.364	2280	0.709	100
1.7-1.72	7.4	0.315	2267	0.692	99.8
1.72-1.74	7.2	0.279	2272	0.69	99.9
1.74-1.76	7.4	0.258	2273	0.71	100
1.76-1.78	7.3	0.239	2281	0.717	99.9
1.78-1.8	7.3	0.217	2259	0.73	100
1.8-1.82	7.4	0.185	2265	0.74	100
1.82-1.85	7.3	0.163	2277	0.773	100
1.85-1.88	7.4	0.154	2285	0.838	100
1.88-1.9	7.4	0.133	2285	0.826	100
1.9-1.93	7.4	0.12	2258	0.84	100
1.93-1.97	7.4	0.103	2316	0.887	100
1.97-2	7.4	0.097	2264	0.915	100
2-2.04	7.4	0.085	2280	0.917	100
2.04-2.07	7.4	0.08	2292	0.941	100
2.07-2.12	7.4	0.072	2300	0.962	100
2.12-2.16	7.4	0.065	2262	0.976	100
2.16-2.21	7.4	0.063	2319	1.003	100
2.21-2.27	7.4	0.059	2282	0.986	100
2.27-2.33	7.4	0.058	2294	1.016	100
2.33-2.4	7.4	0.053	2284	1.023	100
2.4-2.48	7.4	0.051	2314	1.073	100
2.48-2.56	7.3	0.047	2297	1.142	100
2.56-2.67	7.4	0.048	2312	1.134	100
2.67-2.79	7.4	0.044	2292	1.208	99.9
2.79-2.94	7.4	0.041	2308	1.313	99.9
2.94-3.12	7.3	0.036	2323	1.442	99.7
3.12-3.36	7.3	0.034	2318	1.564	99.7
3.36-3.7	7.3	0.032	2334	1.638	99.7
3.7-4.23	7.2	0.031	2343	1.705	99.3
4.23-5.33	7.1	0.029	2365	1.602	98.7
5.33-30	6.7	0.033	2360	1.814	94.6

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	29.63 Å
Translation	3 Å	29.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.56→30 Å / FOM work R set: 0.791 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	4587	5 %	Random
R_work	0.196	-	-	-
all	-	91403	-	-
obs	-	91335	99.5 %	-

溶媒の処理

B_sol: 29.816 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.141 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.159 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.159 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.318 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.14 Å	0.12 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4490	0	0	794	5284

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.008	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.605	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.857	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.305	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
1.56-1.57	0.273	83	0.256	1577	1660
1.57-1.58	0.269	85	0.253	1701	1786
1.58-1.59	0.313	86	0.237	1657	1743
1.59-1.6	0.269	81	0.241	1762	1843
1.6-1.62	0.273	94	0.233	1699	1793
1.62-1.63	0.24	98	0.228	1723	1821
1.63-1.64	0.259	84	0.215	1727	1811
1.64-1.65	0.261	100	0.209	1697	1797
1.65-1.67	0.248	91	0.229	1730	1821
1.67-1.68	0.237	81	0.213	1723	1804
1.68-1.69	0.242	106	0.224	1708	1814
1.69-1.71	0.279	77	0.215	1748	1825
1.71-1.72	0.229	84	0.216	1717	1801
1.72-1.74	0.26	88	0.207	1794	1882
1.74-1.76	0.223	77	0.201	1709	1786
1.76-1.77	0.227	102	0.213	1717	1819
1.77-1.79	0.248	95	0.204	1707	1802
1.79-1.81	0.23	89	0.21	1729	1818
1.81-1.83	0.257	91	0.202	1729	1820
1.83-1.85	0.285	85	0.207	1746	1831
1.85-1.87	0.262	89	0.207	1747	1836
1.87-1.89	0.273	82	0.204	1719	1801
1.89-1.92	0.25	93	0.21	1737	1830
1.92-1.94	0.21	92	0.198	1738	1830
1.94-1.97	0.255	99	0.196	1739	1838
1.97-1.99	0.249	92	0.192	1727	1819
1.99-2.02	0.232	79	0.196	1741	1820
2.02-2.05	0.239	99	0.199	1751	1850
2.05-2.08	0.291	90	0.201	1706	1796
2.08-2.12	0.196	95	0.199	1758	1853
2.12-2.15	0.242	95	0.198	1726	1821
2.15-2.19	0.211	87	0.197	1737	1824
2.19-2.23	0.219	94	0.197	1754	1848
2.23-2.28	0.233	95	0.195	1726	1821
2.28-2.33	0.211	101	0.2	1740	1841
2.33-2.38	0.239	110	0.203	1739	1849
2.38-2.44	0.232	100	0.209	1735	1835
2.44-2.51	0.235	101	0.207	1724	1825
2.51-2.58	0.244	90	0.207	1751	1841
2.58-2.67	0.242	98	0.217	1756	1854
2.67-2.76	0.253	69	0.222	1765	1834
2.76-2.87	0.237	94	0.216	1760	1854
2.87-3	0.194	85	0.202	1764	1849
3-3.16	0.22	87	0.181	1756	1843
3.16-3.36	0.224	98	0.177	1765	1863
3.36-3.62	0.21	99	0.165	1776	1875
3.62-3.98	0.166	92	0.152	1768	1860
3.98-4.56	0.164	95	0.153	1781	1876
4.56-5.73	0.183	108	0.166	1781	1889
5.73-30	0.246	102	0.26	1781	1883

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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