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- PDB-3bam: RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND MANGANESE ION... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bam
タイトルRESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND MANGANESE IONS (POST-REACTIVE COMPLEX)
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
  • PROTEIN (RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI)
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / COMPLEX (ENDONUCLEASE-DNA) / NUCLEASE / PROTEIN/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, BamHI / Restriction endonuclease BamHI / Restriction endonuclease, type II, BamHI/BglIII/BstY / Restriction Endonuclease - #20 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme BamHI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Viadiu, H. / Aggarwal, A.K.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The role of metals in catalysis by the restriction endonuclease BamHI.
著者: Viadiu, H. / Aggarwal, A.K.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Structure of Bam Hi Endonuclease Bound to DNA: Partial Folding and Unfolding on DNA Binding
著者: Newman, M. / Strzelecka, T. / Dorner, L.F. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録1998年8月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI)
B: PROTEIN (RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5927
ポリマ－56,4825
非ポリマー1102
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.400, 79.600, 67.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO BAMHI MONOMERS (CHAINS A AND B) BOUND TO A PALINDROMIC 12 BASE PAIR DNA COMPLEX.

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*G)-3')


分子量: 1205.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')


分子量: 2410.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#4: タンパク質 PROTEIN (RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI) / E.C.3.1.21.4 / R. BAMHI


分子量: 24602.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CRYSTAL GROWN IN THE PRESENCE OF MANGANESE IONS.
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23940, type II site-specific deoxyribonuclease

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非ポリマー , 2種, 354分子

#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE C-TERMINALS ARE ASYMMETRICALLY POSITIONED BETWEEN THE TWO MONOMERS MAKING UP THE COMPLEX.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 % / 解説: CRYSTAL WAS ISOMORPHOUS TO 1BHM.
結晶化pH: 5.3
詳細: pH 5.3 CATALYSIS OCCURRED IN THE CRYSTAL AFTER SOAKING MANGANESE ION. THE ACTIVE SITE OF THE R SUBUNIT CLEAVED THE ORIGINAL D STRAND IN TWO (D AND E) RESULTING IN A POST-REACTIVE COMPLEX.
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120-25 mg/mlprotein1drop
20.5 M1dropKCl
320 mMpotassium phosphate1droppH6.9
41 mMdithiothreitol1drop
510 %glycerol1drop
610 mg/mlDNA1drop
712-14 %PEG80001drop
80.1 MMES1droppH5.3
912-14 %PEG80001reservoir
100.15 M1reservoirKCl
110.1 MMES1reservoirpH5.3
125 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.908
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 40212 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.77 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 8.09
反射
*PLUS
Num. measured all: 111430
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 45.6 % / Rmerge(I) obs: 0.318

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BHM

1bhm


解像度: 1.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
詳細: THE MANGANESE METALS WERE BOUND ONLY IN ONE ACTIVE SITE OF THE DIMER (THE R-SUBUNIT).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1171 3 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 33484 72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3357 466 2 352 4177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAMCSDX_MOD.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NDBX_HIGH.DNA
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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