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- PDB-3b9r: SERCA Ca2+-ATPase E2 aluminium fluoride complex without thapsigargin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b9r
タイトルSERCA Ca2+-ATPase E2 aluminium fluoride complex without thapsigargin
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
キーワードHYDROLASE / Calcium pump / membrane protein / transition state / aluminium fluoride / dephosphorylation / Alternative splicing / ATP-binding / Calcium / Calcium transport / Endoplasmic reticulum / Ion transport / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Sarcoplasmic reticulum / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / regulation of striated muscle contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / TETRAFLUOROALUMINATE ION / : / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Olesen, C. / Picard, M. / Winther, A.M.L. / Morth, J.P. / Moller, J.V. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: The structural basis of calcium transport by the calcium pump
著者: Olesen, C. / Picard, M. / Winther, A.M.L. / Gyrup, C. / Morth, J.P. / Oxvig, C. / Moller, J.V. / Nissen, P.
履歴
登録2007年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
B: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,54810
ポリマ－219,2052
非ポリマー1,3438
水1448
1
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2745
ポリマ－109,6031
非ポリマー6724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2745
ポリマ－109,6031
非ポリマー6724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子

B: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,54810
ポリマ－219,2052
非ポリマー1,3438
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area87970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.980, 94.430, 136.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / Calcium pump 1 / SERCA1 / SR Ca2+ / -ATPase 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum ...Calcium pump 1 / SERCA1 / SR Ca2+ / -ATPase 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca2+ / ATPase


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Fast twitch skeletal muscle / 参照: UniProt: P04191, Ca2+-transporting ATPase

-
非ポリマー , 5種, 16分子

#2: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS SEQUENCE IS ISOFORM SERCA1A.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 12% PEG2000, 200mM MgSO4, 6% MPD, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.066 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 64221 / Num. obs: 63839 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 77.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.93
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 4.09 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique all: 5951 / Rsym value: 0.749 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
直接法位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xp5

1xp5


解像度: 3→19.986 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.46 / Isotropic thermal model: isotropic and TLS / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1037 1.63 %random
Rwork0.185 62659 --
obs0.186 63696 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.858 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 427.1 Å2 / Biso mean: 116.457 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.348 Å20 Å2-10.888 Å2
2---2.123 Å20 Å2
3----0.819 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15342 0 76 8 15426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01215702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.59721304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2375822
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.1580.321470.2548924907199.96
3.158-3.3550.3351320.2498903903599.89
3.355-3.6120.3061490.2218917906699.29
3.612-3.9730.2741380.1958835897398.8
3.973-4.5420.1851620.1518968913099.99
4.542-5.7010.2071530.1658998915199.89
5.701-19.9860.211560.1699114927099.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53380.45230.30210.6305-0.76261.6847-0.077-0.14770.14490.283-0.0186-0.09380.1325-0.023700.4253-0.03560.0930.4555-0.10560.234742.8058-16.382434.8477
21.5467-0.11350.17151.6519-0.74660.33340.0705-0.0638-0.1959-0.40220.05510.14760.05250.104700.65210.04960.05770.40280.01020.387548.732737.395823.8623
30.29140.77350.3973-1.1628-0.35210.7997-0.2707-0.2090.04650.0946-0.0340.03680.0769-0.2685-0.00160.51220.0875-0.44510.5835-0.27420.83077.74710.3252-2.0634
40.231-0.5755-0.2188-0.26230.72020.3535-0.0789-0.14080.1262-0.1785-0.15940.16570.0694-0.0243-0.00010.433-0.1445-0.36150.4780.35310.9218-2.28118.994222.6513
51.2357-0.04471.03151.9760.14731.26750.0031-0.07510.2075-0.3443-0.10160.1461-0.14320.050800.2378-0.03680.06820.1156-0.01080.200545.1638-5.2255.3674
60.8619-0.12170.24590.4850.22680.6060.1344-0.1518-0.5147-0.26850.20370.04050.3046-0.2434-0.00010.582-0.0767-0.16640.36470.29950.798531.909916.764541.0645
72.1983-0.1148-0.28931.6105-0.25081.76180.0798-0.0376-0.01620.0849-0.0664-0.23540.06180.2455-00.25940.0124-0.00210.21720.01020.254868.7672-29.982113.4916
81.93640.40730.21711.0364-0.75273.11370.0478-0.34750.0811-0.02820.02820.2324-0.29520.3557-00.3490.02650.12490.56520.06460.312855.449935.170559.3529
90.2974-1.0542-0.3062-0.0278-0.65590.5961-0.07780.32370.0315-0.1385-0.13820.0075-0.2549-0.0322-0.00240.44250.2594-0.4750.5534-0.13510.74689.23463.6163-24.6443
10-0.0291-0.7462-0.13330.34610.8707-0.15940.2205-0.4227-0.67460.1315-0.28740.22150.1935-0.1436-00.5985-0.3767-0.28261.13670.61791.5485-14.82097.652338.1817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1-43 or resid 123-235)A1 - 43
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1-43 or resid 123-235)A123 - 235
3X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 1-43 or resid 123-235)B1 - 43
4X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 1-43 or resid 123-235)B123 - 235
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 44-122 or resid 236-329)A44 - 122
6X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 44-122 or resid 236-329)A236 - 329
7X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 44-122 or resid 236-329)B44 - 122
8X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 44-122 or resid 236-329)B236 - 329
9X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resid 330-359 or resid 605-745) or (chain A and resid 995-997) or (chain A and resid 999-1002)A330 - 359
10X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resid 330-359 or resid 605-745) or (chain A and resid 995-997) or (chain A and resid 999-1002)A605 - 745
11X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 330-359 or resid 605-745) or (chain B and resid 995-997) or (chain B and resid 999-1002)B330 - 359
12X-RAY DIFFRACTION6chain B and (resid 330-359 or resid 605-745) or (chain B and resid 995-997) or (chain B and resid 999-1002)B605 - 745
13X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resid 360-604) or (chain A and resid 998)A0
14X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resid 360-604) or (chain B and resid 998)B0
15X-RAY DIFFRACTION9chain A and resid 746-994A746 - 994
16X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 746-994B746 - 994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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