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- PDB-3b6h: Crystal structure of human prostacyclin synthase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6h
タイトルCrystal structure of human prostacyclin synthase in complex with inhibitor minoxidil
要素Prostacyclin synthase
キーワードISOMERASE / prostacyclin synthase / enzyme-inhibitor complex / cyp8a1 / cytochrome p450 / Endoplasmic reticulum / Fatty acid biosynthesis / Heme / Iron / Lipid synthesis / Membrane / Metal-binding / Polymorphism / Prostaglandin biosynthesis / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-I synthase / prostaglandin-I synthase activity / Eicosanoids / icosanoid metabolic process / : / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / prostanoid biosynthetic process / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) ...prostaglandin-I synthase / prostaglandin-I synthase activity / Eicosanoids / icosanoid metabolic process / : / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / prostanoid biosynthetic process / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / : / cellular response to interleukin-6 / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of execution phase of apoptosis / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / cellular response to interleukin-1 / apoptotic signaling pathway / monooxygenase activity / caveola / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / cellular response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / extracellular space / nucleus
類似検索 - 分子機能
Prostacyclin synthase / Cytochrome P450, cholesterol 7-alpha-monooxygenase-type / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 6-PIPERIDIN-1-YLPYRIMIDINE-2,4-DIAMINE 3-OXIDE / Prostacyclin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Li, Y.-C. / Chiang, C.-W. / Yeh, H.-C. / Hsu, P.-Y. / Whitby, F.G. / Wang, L.-H. / Chan, N.-L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of Prostacyclin Synthase and Its Complexes with Substrate Analog and Inhibitor Reveal a Ligand-specific Heme Conformation Change
著者: Li, Y.-C. / Chiang, C.-W. / Yeh, H.-C. / Hsu, P.-Y. / Whitby, F.G. / Wang, L.-H. / Chan, N.-L.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostacyclin synthase
B: Prostacyclin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7808
ポリマ－114,5432
非ポリマー2,2366
水13,781765
1
A: Prostacyclin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3904
ポリマ－57,2721
非ポリマー1,1183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Prostacyclin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3904
ポリマ－57,2721
非ポリマー1,1183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.762, 106.072, 73.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Prostacyclin synthase / cytochrome P450 8A1 / Prostaglandin I2 synthase


分子量: 57271.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGIS, CYP8, CYP8A1 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q16647, prostaglandin-I synthase
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MXD / 6-PIPERIDIN-1-YLPYRIMIDINE-2,4-DIAMINE 3-OXIDE / MINOXIDIL


分子量: 209.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystallization of native human prostacyclin synthase (hPGIS). The native recombinant PGIS (25 mg/ml in the gel filtration buffer containing 20 mM Tris, pH 8.0 and 150 mM NaCl) was found to ...詳細: Crystallization of native human prostacyclin synthase (hPGIS). The native recombinant PGIS (25 mg/ml in the gel filtration buffer containing 20 mM Tris, pH 8.0 and 150 mM NaCl) was found to crystallize spontaneously into needle clusters in the Eppendorf tube when stored at 4 C for about a week. A combination of microseeding technique and the hanging-drop vapor-diffusion method was then used to improve crystal quality. Specifically, seed stock was prepared by crushing these initial PGIS needle clusters with the Seed Bead Kit (Hampton Research). Following four 10-fold serial dilutions of the seed stock using the gel filtration buffer, 1 microliter of diluted seeds was added into a 10 microliter drop of freshly concentrated PGIS sample, and equilibrated at 4 C against 450 microliter of the gel filtration buffer. Crystallization of hPGIS-minoxidil complex: The inhibitor-enzyme complex was prepared by adding minoxidil (final concentration 0.1 mM) to a 20 mg/ml hPGIS stock solution. Crystals of the complex were then obtained by co-crystallization, with the technique described above using ligand-free hPGIS microcrystals as seeds., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→30 Å / Num. all: 134319 / Num. obs: 133648 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IAG

2iag


解像度: 1.62→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 1.707 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22805 6770 5.1 %RANDOM
Rwork0.20284 ---
all0.209 133648 --
obs0.20412 126835 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.337 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7631 0 156 765 8552
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0462.00910900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.125940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74322.414377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.306151332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6241575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.23789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.25421
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1020.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5991.54831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01227571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43433639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2014.53325
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 499 -
Rwork0.246 9114 -
obs--97.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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