[日本語] English
万見
- PDB-3b5n: Structure of the yeast plasma membrane SNARE complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5n
タイトルStructure of the yeast plasma membrane SNARE complex
要素
  • (Protein transport protein SEC9) x 2
  • Protein SSO1
  • Synaptobrevin homolog 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SNARE complex / syntaxin / synaptobrevin / snap-25 / Sso1p / Snc1p / Sec9p / Sec9 / Sso1 / Snc1 / Coiled coil / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transmembrane / Ubl conjugation / Phosphorylation / Protein transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / ascospore-type prospore assembly / RHOQ GTPase cycle / vesicle fusion with Golgi apparatus / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Golgi vesicle fusion to target membrane / sporulation / cellular bud ...Disinhibition of SNARE formation / vesicle fusion to plasma membrane / ascospore-type prospore assembly / RHOQ GTPase cycle / vesicle fusion with Golgi apparatus / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Golgi vesicle fusion to target membrane / sporulation / cellular bud / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane / ascospore formation / Golgi to endosome transport / vesicle docking / SNAP receptor activity / SNARE complex / phosphatidic acid binding / vesicle fusion / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / syntaxin binding / SNARE complex assembly / transport vesicle membrane / exocytosis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Neutrophil degranulation / endomembrane system / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / molecular adaptor activity / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain ...Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptobrevin homolog 1 / Protein SSO1 / Protein transport protein SEC9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Strop, P. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Structure of the Yeast Plasma Membrane SNARE Complex Reveals Destabilizing Water-filled Cavities.
著者: Strop, P. / Kaiser, S.E. / Vrljic, M. / Brunger, A.T.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Synaptobrevin homolog 1
B: Protein SSO1
C: Protein transport protein SEC9
D: Protein transport protein SEC9
E: Synaptobrevin homolog 1
F: Protein SSO1
G: Protein transport protein SEC9
H: Protein transport protein SEC9
I: Synaptobrevin homolog 1
J: Protein SSO1
K: Protein transport protein SEC9
L: Protein transport protein SEC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,81312
ポリマ－88,81312
非ポリマー00
水10,665592
1
A: Synaptobrevin homolog 1
B: Protein SSO1
C: Protein transport protein SEC9
D: Protein transport protein SEC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6044
ポリマ－29,6044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12370 Å2
手法PISA
2
E: Synaptobrevin homolog 1
F: Protein SSO1
G: Protein transport protein SEC9
H: Protein transport protein SEC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6044
ポリマ－29,6044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11980 Å2
手法PISA
3
I: Synaptobrevin homolog 1
J: Protein SSO1
K: Protein transport protein SEC9
L: Protein transport protein SEC9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6044
ポリマ－29,6044
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.956, 48.113, 110.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Synaptobrevin homolog 1


分子量: 6771.594 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 27-86 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SNC1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31109
#2: タンパク質 Protein SSO1


分子量: 7797.670 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 189-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SSO1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32867
#3: タンパク質 Protein transport protein SEC9


分子量: 7685.770 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 433-499 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC9, HSS7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40357
#4: タンパク質 Protein transport protein SEC9


分子量: 7349.194 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 589-650 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC9, HSS7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40357
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 100 mM MES pH 6.25, 30 % MPD, 200 mM Sodium bromide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月21日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 90852 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.131 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.59→1.65 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4177 / Χ2: 0.983 / % possible all: 38.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1N7S

1n7s


解像度: 1.6→34.571 Å / FOM work R set: 0.759 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 4521 5.02 %
Rwork0.206 --
obs-90025 84.97 %
溶媒の処理Bsol: 72.531 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 146.93 Å2 / Biso mean: 44.18 Å2 / Biso min: 19.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.437 Å20 Å20.803 Å2
2--1.729 Å20 Å2
3----14.876 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.571 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6064 0 0 592 6656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.4631
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0431
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7901-0.0992-0.33421.7478-1.4752.27150.3520.0272-0.29590.85720.0989-0.4378-1.60741.32250.02720.5182-0.1474-0.00450.3456-0.00870.359714.13351.786569.7046
20.3445-0.2195-0.1507-0.206-0.28573.7066-0.03040.11440.1551-0.13110.01950.2037-1.12440.0198-0.16440.37450.01960.00070.29490.01860.3397.64483.691645.1131
31.080.34710.23492.3055-0.47950.6991-0.01310.367-0.1072-0.4726-0.25280.04910.2557-0.90730.0380.27850.0648-0.08710.3504-0.01790.28875.9277-5.609911.5318
41.1840.8654-0.57441.4651-1.05484.08240.2402-0.04090.2610.55990.01270.1621-1.4864-0.3641-0.24810.49560.08520.10360.21590.00780.36614.79860.972277.6895
5-0.5246-0.7012-0.48150.69730.25475.03240.09020.0595-0.0764-0.0061-0.10530.1657-0.2905-1.2665-0.25240.2175-0.00160.01630.34850.01680.353.5267-4.104453.2193
61.06360.49581.42621.8991-0.43963.5624-0.08110.3787-0.1793-0.1778-0.0304-0.05660.9823-0.2043-0.22570.21210.0719-0.07990.26440.0240.277210.4339-8.779418.8376
70.914-0.3473-0.6431.320.60643.4197-0.1096-0.0585-0.06050.41440.06140.26440.1851-0.8307-0.1040.25730.03790.07220.26520.03310.35091.8152-7.598579.2375
8-0.5021-0.2231.49270.29280.71051.26550.0057-0.056-0.0071-0.0529-0.03630.04330.79760.5202-0.15380.23420.0461-0.03580.29180.00430.280712.3081-9.07742.3436
91.0738-0.28051.07151.76610.01661.17570.0383-0.01880.0256-0.43110.13410.1821-0.5689-0.3293-0.01730.45960.0657-0.00880.48950.03920.302918.1023-0.47656.5714
102.7689-0.34570.84610.51470.10552.73370.1432-0.3721-0.15890.143-0.02440.0937-0.19640.9304-0.03770.2075-0.0009-0.00010.26260.00280.313712.3918-9.867375.0999
110.3-0.32770.03530.5665-0.42952.12280.16450.06350.0136-0.2023-0.01280.0999-0.38051.1139-0.15620.2457-0.07030.02080.4281-0.01630.297616.8421-1.313450.2544
120.5526-0.14850.18410.48830.36144.70940.02220.23450.064-0.258-0.07780.0212-1.1641-0.0048-0.10440.27690.0239-0.02670.36630.03910.295411.60823.081620.3631
130.6413-0.07460.80782.24440.16592.6407-0.1770.03630.1971-0.40230.2001-0.20640.64010.58780.09420.31350.0074-0.00180.2081-0.02360.265940.98083.2268.9386
140.20161.32791.20661.83340.51063.9647-0.02310.0535-0.1753-0.0425-0.27120.12711.09-0.60610.11610.29560.0112-0.00320.3501-0.04570.284227.15876.597636.2398
150.7841-0.41730.38782.79150.90263.3533-0.1073-0.1789-0.32150.8271-0.34190.60680.5022-1.19620.38150.4062-0.08480.15240.4592-0.09850.386524.630316.00862.329
161.19950.2656-0.19981.2599-0.49763.3019-0.37750.3435-0.1637-0.3102-0.02830.02440.763-0.58440.12450.3532-0.05850.00220.2030.00410.276637.44887.505-2.4742
17-0.2501-0.1722-0.89610.6406-0.79472.14670.0053-0.17460.1263-0.0596-0.0920.0331-0.5312-0.41010.14640.15230.0149-0.00710.3487-0.06010.302129.814215.479937.1893
180.94150.2277-0.38471.5408-0.07390.90680.0012-0.8648-0.531.73060.3866-0.0250.2707-0.43940.13120.49540.00940.00330.5404-0.02710.263933.086416.793665.0112
190.79580.2957-1.46680.82610.33684.14460.29090.7420.6391-1.32310.44690.65890.4098-0.7112-0.08690.7397-0.0871-0.01690.46580.03780.40838.650512.833-19.5764
200.31120.2268-1.32880.15821.08353.3996-0.0276-0.16240.0967-0.03220.0016-0.0363-0.00030.5117-0.06820.14180.0336-0.01250.3105-0.01710.279438.030214.106225.2567
210.5548-0.0748-0.94751.23930.22353.5718-0.2048-0.6476-0.16450.7856-0.065-0.54350.95391.32320.06720.82080.11970.04350.64160.00190.422834.23877.323767.4532
221.05420.41-1.5011.2481-0.16332.9050.11510.04760.1452-0.0388-0.1826-0.2685-0.12860.89710.04150.3029-0.01740.02220.36610.01670.381747.218816.2301-4.8457
230.3101-0.0928-0.89740.7755-0.45613.97010.1912-0.29580.0655-0.0606-0.3467-0.2788-0.63060.94560.09590.15990.0243-0.04130.2411-0.00710.228443.46017.340720.5258
240.31090.5515-2.47410.55790.29823.4081-0.2863-0.3524-0.30440.3493-0.33310.17880.82580.27860.07890.38420.00750.01290.4418-0.03590.349131.99323.944447.833
250.00180.1733-0.42243.933-1.49431.98350.6486-0.11420.2482.2142-0.0744-0.1637-1.75011.351-0.35430.7384-0.08540.04370.313-0.03050.3873-14.07023.242.3087
260.20220.1186-0.60312.5818-1.24710.0207-0.02950.4187-0.0456-0.81490.18720.71130.0486-1.085-0.39720.3921-0.0659-0.14470.49160.03290.424-17.41491.163511.7107
270.09150.2761-1.51913.9126-1.318-0.89680.33150.09060.3371-2.18020.6902-0.46830.8708-1.1549-0.11972.3429-0.4586-0.32840.5638-0.02090.3499-12.4179-8.3256-21.3601
280.77220.3618-0.48232.4794-1.4881.26090.2835-0.12050.56191.31790.06460.6202-0.8997-0.3638-0.30560.7785-0.00540.29070.26490.00740.5875-23.15680.526749.0395
290.37190.1658-0.00452.9008-0.5873.6497-0.23990.4626-0.1555-0.7170.17710.41281.2482-1.2982-0.15310.51-0.2556-0.18690.33860.03290.3378-15.9315-8.12337.9922
302.76960.2073-1.91253.0894-1.52360.47590.16550.5031-0.0514-2.12730.1919-0.37081.4613-1.19830.2872.6255-0.1312-0.07230.36860.0050.2923-1.5869-8.9642-22.8719
310.5620.2461-0.50792.79690.70780.6225-0.3146-0.4538-0.08341.25580.14770.76110.8373-0.92080.40230.87520.00080.33840.49530.06480.522-26.5207-7.257456.2842
32-1.0273-0.01060.33831.0687-0.96311.3718-0.44340.1353-0.2541-0.36260.06690.18991.4565-0.09260.1650.5205-0.0723-0.00660.2619-0.00630.3684-13.6644-9.752424.1695
33-0.3699-0.12130.69642.09570.1630.9761-0.10120.03520.3171-0.65310.011-0.2415-0.34851.34280.14081.4479-0.17510.03730.4082-0.01150.3056-1.8574-1.3151-13.7754
341.25571.1687-2.07012.7648-0.34814.08840.702-0.5307-0.32392.2861-0.6472-0.070.07981.16170.2451.0168-0.20790.08250.39970.01450.4003-17.0176-10.213156.8461
351.74850.548-1.08272.04241.40141.9525-0.0769-0.0496-0.0798-0.0327-0.06010.0136-0.25110.4703-0.00680.13840.0293-0.01910.2042-0.00150.3325-9.2086-1.137723.3236
361.40890.7702-0.67442.28141.16130.67040.3850.52090.4482-1.37930.4142-0.3021-1.4424-0.5251-0.02861.3468-0.0914-0.19870.62260.06390.5258-10.81192.7648-14.1809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 26:40
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 41:60
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 61:86
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 189:209
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 210:222
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 223:257
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and resid 431:450
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and resid 451:482
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resid 483:500
10X-RAY DIFFRACTION10chain D and resid 587:608
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and resid 609:622
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and resid 623:650
13X-RAY DIFFRACTION13chain E and resid 29:51
14X-RAY DIFFRACTION14chain E and resid 52:71
15X-RAY DIFFRACTION15chain E and resid 72:86
16X-RAY DIFFRACTION16chain F and resid 189:219
17X-RAY DIFFRACTION17chain F and resid 220:244
18X-RAY DIFFRACTION18chain F and resid 245:256
19X-RAY DIFFRACTION19chain G and resid 431:440
20X-RAY DIFFRACTION20chain G and resid 441:490
21X-RAY DIFFRACTION21chain G and resid 491:499
22X-RAY DIFFRACTION22chain H and resid 588:608
23X-RAY DIFFRACTION23chain H and resid 609:623
24X-RAY DIFFRACTION24chain H and resid 624:650
25X-RAY DIFFRACTION25chain I and resid 29:41
26X-RAY DIFFRACTION26chain I and resid 42:71
27X-RAY DIFFRACTION27chain I and resid 72:86
28X-RAY DIFFRACTION28chain J and resid 191:211
29X-RAY DIFFRACTION29chain J and resid 212:248
30X-RAY DIFFRACTION30chain J and resid 249:254
31X-RAY DIFFRACTION31chain K and resid 434:444
32X-RAY DIFFRACTION32chain K and resid 445:479
33X-RAY DIFFRACTION33chain K and resid 480:498
34X-RAY DIFFRACTION34chain L and resid 588:598
35X-RAY DIFFRACTION35chain L and resid 599:635
36X-RAY DIFFRACTION36chain L and resid 636:649

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る