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- PDB-3b5k: Crystal structure of murine interleukin-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5k
タイトルCrystal structure of murine interleukin-5
要素Interleukin-5
キーワードCYTOKINE / 4-helix bundle / Glycoprotein / Growth factor / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / immune response / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interleukin-5 / Interleukin 5 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mueller, T.D. / Patino, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of murine interleukin-5
著者: Patino, E. / Kraich, M. / Kotzsch, A. / Saremba, S. / Paschke, A. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-5
B: Interleukin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1362
ポリマ－26,1362
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.193, 47.085, 55.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 7 - 109 / Label seq-ID: 5 - 107

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-5 / IL-5 / T-cell replacing factor / TRF / Eosinophil differentiation factor / B-cell growth factor II ...IL-5 / T-cell replacing factor / TRF / Eosinophil differentiation factor / B-cell growth factor II / BCGF- II / Cytotoxic T-lymphocyte inducer


分子量: 13067.996 Da / 分子数: 2 / 変異: M3L, M7T, M31L, M67R, M107L, M113I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il5 / プラスミド: pET31b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04401
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.32 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 26% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月9日 / 詳細: VariMax Cu High-Res Multilayer
放射モノクロメーター: Multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→54.7 Å / Num. all: 6951 / Num. obs: 6732 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.35 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.52 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 660 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HUL

1hul


解像度: 2.5→15.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 20.992 / SU ML: 0.264 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 345 5.2 %RANDOM
Rwork0.21346 ---
all0.21483 6951 --
obs0.21483 6311 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å2-0.14 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.14 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.386 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1721 0 0 74 1795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.9732354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7185209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05223.60586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.5515344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7641518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2860.3817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.51160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2960.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3380.348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.290.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.27821078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15431703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2482731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9613651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
412tight positional0.120.05
422loose positional0.65
412tight thermal0.240.5
422loose thermal2.1510
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 24 -
Rwork0.311 458 -
obs--94.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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