PDB-3b5k: Crystal structure of murine interleukin-5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b5k

タイトル

Crystal structure of murine interleukin-5

要素

Interleukin-5

キーワード

CYTOKINE / 4-helix bundle / Glycoprotein / Growth factor / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of immunoglobulin production => GO:0002639 / positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Mueller, T.D. / Patino, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of murine interleukin-5
著者: Patino, E. / Kraich, M. / Kotzsch, A. / Saremba, S. / Paschke, A. / Sebald, W. / Mueller, T.D.

履歴

登録	2007年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b5k.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b5k.ent.gz	41.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b5k_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b5k_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	3b5k_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	3b5k_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/3b5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/3b5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hulS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ljy-1 1zko-3 3pjp-2 4e9j-3 6isl-1 3woz-2 1qyr-2 3woz-1 5amt-d 3psk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-5

B: Interleukin-5

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.193, 47.085, 55.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 7 - 109 / Label seq-ID: 5 - 107

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Interleukin-5 / IL-5 / T-cell replacing factor / TRF / Eosinophil differentiation factor / B-cell growth factor II ...IL-5 / T-cell replacing factor / TRF / Eosinophil differentiation factor / B-cell growth factor II / BCGF- II / Cytotoxic T-lymphocyte inducer 分子量: 13067.996 Da / 分子数: 2 / 変異: M3L, M7T, M31L, M67R, M107L, M113I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il5 / プラスミド: pET31b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04401
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Interleukin-5 / IL-5 / T-cell replacing factor / TRF / Eosinophil differentiation factor / B-cell growth factor II ...

分子量: 13067.996 Da / 分子数: 2 / 変異: M3L, M7T, M31L, M67R, M107L, M113I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il5 / プラスミド: pET31b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04401

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.32 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 26% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月9日 / 詳細: VariMax Cu High-Res Multilayer
放射	モノクロメーター: Multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→54.7 Å / Num. all: 6951 / Num. obs: 6732 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.35 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.52 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 660 / R_sym value: 0.398 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HUL

1hul

解像度: 2.5→15.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 20.992 / SU ML: 0.264 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2401	345	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21346	-	-	-
all	0.21483	6951	-	-
obs	0.21483	6311	94.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0 Å²	-0.14 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.386 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1721	0	0	74	1795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.915	1.973	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.718	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.052	23.605	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.55	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.764	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.286	0.3	817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.329	0.5	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.296	0.5	100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.338	0.3	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.29	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.278	2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.154	3	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.248	2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.961	3	651
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
412	tight positional	0.12	0.05
422	loose positional	0.6	5
412	tight thermal	0.24	0.5
422	loose thermal	2.15	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	24	-
R_work	0.311	458	-
obs	-	-	94.14 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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