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- PDB-3b1q: Structure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1q
タイトルStructure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK) in complex with inosine
要素Ribokinase, putative
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / kinase / ATP binding / Mg binding / Nucleoside binding
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / INOSINE / Ribokinase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structures of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase: implications for the catalytic mechanism and nucleoside selectivity
著者: Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T.
履歴
登録2011年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribokinase, putative
B: Ribokinase, putative
C: Ribokinase, putative
D: Ribokinase, putative
E: Ribokinase, putative
F: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,36649
ポリマ－214,5096
非ポリマー4,85743
水18,8981049
1
A: Ribokinase, putative
F: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,83516
ポリマ－71,5032
非ポリマー1,33214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
2
B: Ribokinase, putative
D: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,90212
ポリマ－71,5032
非ポリマー1,39910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
3
C: Ribokinase, putative
E: Ribokinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,62921
ポリマ－71,5032
非ポリマー2,12619
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.110, 85.897, 86.872
Angle α, β, γ (deg.)66.33, 68.47, 67.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Ribokinase, putative / Nucleoside kinase


分子量: 35751.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
株: E264 / 遺伝子: BTH_I1158 / プラスミド: pTip-QC2 / 発現宿主: Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株 (発現宿主): L88 / 参照: UniProt: Q2SZE4, EC: 2.7.1.143

-
非ポリマー , 5種, 1092分子

#2: 化合物
ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン


分子量: 268.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1049 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 0.1M Na acetate, 0.2M Ca acetate, 26% PEG 400, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月21日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 208756 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B1N

3b1n


解像度: 1.7→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.774 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20667 10501 5 %RANDOM
Rwork0.17578 ---
obs0.17733 198251 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20.96 Å20.16 Å2
2---0.57 Å20.3 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13886 0 314 1049 15249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02114533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.97119646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08751835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.24823.199669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.69152270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.09215126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.22136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02111183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.071.59056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8214374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91235477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4964.55259
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.704→1.748 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 727 -
Rwork0.261 13694 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9242-0.30130.10151.0069-0.6041.09640.0335-0.0276-0.2214-0.042-0.0133-0.01790.09680.0385-0.02020.01170.0065-0.00130.00670.00880.038930.018222.593973.8551
21.4232-0.0386-0.89631.41470.01141.3028-0.01820.10560.0898-0.15550.03620.00070.0641-0.0204-0.0180.08180.0089-0.00430.03370.01460.010336.941243.99827.4592
31.0095-0.46790.36462.24790.28311.26210.0067-0.10480.04650.0411-0.04640.0594-0.0354-0.05160.03970.020.0040.00490.0229-0.00360.008958.113842.3729-13.9499
40.5448-0.45140.25782.0675-0.14351.1219-0.01740.07920.0527-0.2110.00860.03150.00110.04190.00880.0872-0.0133-0.03620.05740.0080.0415-4.802854.678729.2882
51.58140.2398-0.03210.4857-0.59891.3160.0171-0.02410.03980.07460.01970.1295-0.1032-0.1651-0.03680.01350.0080.01990.0392-0.02410.067144.07845.4758-4.3
61.0639-0.2924-0.93981.33320.52731.1186-0.0296-0.0182-0.15950.0833-0.02390.01460.05950.00580.05360.04470.0144-0.01110.0652-0.03290.105819.883310.599533.8854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 313
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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