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- PDB-3ax4: Three-dimensional structure of lectin from Dioclea violacea and c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ax4
タイトルThree-dimensional structure of lectin from Dioclea violacea and comparative vasorelaxant effects with Dioclea rostrata
要素lectinレクチン
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Jelly-roll / Lectin (レクチン) / Carbohydrate binding (炭水化物) / Seed protein bodies (種子)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XMM / レクチン
類似検索 - 構成要素
生物種Dioclea violacea (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.613 Å
データ登録者Bezerra, M.J.B. / Bezerra, G.A. / Martins, J.L. / Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Gruber, K. / Assereuy, A.M. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Int.J.Biochem.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Dioclea violacea lectin and a comparative study of vasorelaxant properties with Dioclea rostrata lectin
著者: Bezerra, M.J.B. / Rodrigues, N.V.F.C. / Pires, A.F. / Bezerra, G.A. / Nobre, C.B. / Alencar, K.L.L. / Soares, P.M.G. / Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Martins, J.L. / Gruber, K. / Sampaio, ...著者: Bezerra, M.J.B. / Rodrigues, N.V.F.C. / Pires, A.F. / Bezerra, G.A. / Nobre, C.B. / Alencar, K.L.L. / Soares, P.M.G. / Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Martins, J.L. / Gruber, K. / Sampaio, A.H. / Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Assreuy, A.M.S. / Cavada, B.S.
履歴
登録2011年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0944
ポリマ－25,5901
非ポリマー5043
水1,08160
1
A: lectin
ヘテロ分子

A: lectin
ヘテロ分子

A: lectin
ヘテロ分子

A: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,37616
ポリマ－102,3614
非ポリマー2,01512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.340, 66.110, 106.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-261-

HOH

21A-266-

HOH

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要素

#1: タンパク質 lectin / レクチン


分子量: 25590.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Seeds / 由来: (天然) Dioclea violacea (マメ科) / 参照: UniProt: I1SB09*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 4.0M sodium formate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.47 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日
放射モノクロメーター: Silicon curly crystal with assimetric cut.Assimetry angle 7.25, condensed mode. Energy: 6 keV-12 keV (1 -2 ).
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.47 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→34.38 Å / Num. obs: 6354 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 19.86 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.613→31.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8623 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 21.54 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 299 4.71 %
Rwork0.228 --
obs0.2302 6353 92.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.049 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.89 Å2 / Biso mean: 23.8818 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.3558 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.4973 Å20 Å2
3----6.8585 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.613→31.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1776 0 25 60 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.852512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.64661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6134-3.2920.30081540.2553297493
3.292-31.32150.25541450.211308092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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