PDB-3as4: MamA AMB-1 C2221

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3as4

タイトル

MamA AMB-1 C2221

要素

MamA

キーワード

PROTEIN BINDING / Tetratricopeptide repeats (TPR) containing protein / TPR protein / protein-protein interactions / MamA / Cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

magnetosome / magnetosome assembly / magnetosome membrane / cell outer membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Zeytuni, N. / Davidov, G. / Zarivach, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Self-recognition mechanism of MamA, a magnetosome-associated TPR-containing protein, promotes complex assembly
著者: Zeytuni, N. / Ozyamak, E. / Ben-Harush, K. / Davidov, G. / Levin, M. / Gat, Y. / Moyal, T. / Brik, A. / Komeili, A. / Zarivach, R.

履歴

登録	2010年12月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3as4.cif.gz	86.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3as4.ent.gz	65.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3as4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3as4_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3as4_full_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示
XML形式データ	3as4_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	3as4_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/3as4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/3as4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3as5SC 3as8C 3asdC 3asfC 3asgC 3ashC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ash-1 4gba-2 4leu-d 2q1e-2 5lum-3 1q3p-d 7csz-d 3ash-2 5nim-d 3m19-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: MamA

ヘテロ分子

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.776, 78.282, 95.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	MamA / Tetratricopeptide-repeat protein 分子量: 20624.461 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-217 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア) 株: AMB-1 / 遺伝子: mam22, mamA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50224, UniProt: Q2W8Q0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.57 % / Mosaicity: 0.686 °
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9 詳細: Ammonium sulfate, Glycerol, Tris, NaCl, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.33→31.97 Å / Num. all: 13297 / Num. obs: 12885 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 2.452 / Net I/σ(I): 13.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.39	10.9	0.467	655	1.966	1	100
2.39-2.43	11.1	0.382	651	1.828	1	100
2.43-2.48	11	0.355	652	1.824	1	100
2.48-2.53	11.1	0.317	641	1.842	1	100
2.53-2.59	11	0.263	664	1.949	1	100
2.59-2.65	11	0.252	645	1.959	1	100
2.65-2.71	11	0.232	668	1.907	1	100
2.71-2.79	11	0.191	645	2.014	1	100
2.79-2.87	10.9	0.162	672	2.057	1	100
2.87-2.96	11	0.149	647	2.225	1	100
2.96-3.07	10.8	0.117	657	2.453	1	100
3.07-3.19	10.7	0.099	664	2.522	1	100
3.19-3.33	10.5	0.087	667	3.029	1	100
3.33-3.51	10.3	0.081	661	3.577	1	100
3.51-3.73	9.1	0.08	356	3.832	1	53.1
3.73-4.02	7.7	0.072	590	3.505	1	88.6
4.02-4.42	10	0.064	666	3.553	1	99.7
4.42-5.06	10	0.063	681	3.493	1	100
5.06-6.36	9.9	0.063	686	2.611	1	100
6.36-31.97	8.9	0.054	717	2.306	1	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DNA		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AS5

3as5

解像度: 2.33→28.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / WR_factor R_free: 0.2651 / WR_factor R_work: 0.2142 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.7616 / SU B: 17.571 / SU ML: 0.187 / SU R Cruickshank DPI: 0.2455 / SU R_free: 0.2237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2704	639	5 %	RANDOM
R_work	0.2154	-	-	-
obs	0.218	12779	95.57 %	-
all	-	13297	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.49 Å² / B_iso mean: 58.0209 Å² / B_iso min: 25.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→28.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1339	0	30	68	1437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	919
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.624	1.983	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.336	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.922	23.824	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.999	15	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.345	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	1.5	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.202	1.5	345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.338	2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.145	3	544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.325	4.5	533

LS精密化シェル

解像度: 2.328→2.389 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	53	-
R_work	0.289	814	-
all	-	867	-
obs	-	-	89.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4342	-15.4381	4.3905	28.8874	-20.8504	54.2149	-1.7782	-0.5063	-0.5387	0.5406	-0.5918	0.0505	5.3244	2.9867	2.37	1.404	0.3051	-0.0349	0.563	0.4802	0.6752	-11.5193	-33.2366	-0.8358
2	5.5049	0.5046	1.1344	4.9423	2.0876	13.5835	0.0627	-0.3012	-0.3359	0.8143	0.0074	-0.1868	1.0196	0.1493	-0.0701	0.4066	-0.0126	-0.0617	0.0683	0.0124	0.2433	-15.932	-24.8444	-4.2742
3	10.0427	-3.1954	5.3968	5.1646	1.3141	7.7896	0.2664	0.3319	0.1395	0.2482	-0.2604	-0.0201	0.1575	-0.4868	-0.006	0.2593	-0.0131	0.0013	0.1635	-0.0214	0.1847	-19.7348	-18.5618	-8.2588
4	15.9437	-4.4634	4.7078	11.5542	5.5264	18.3986	0.2243	-0.3818	-0.1169	0.6179	-0.6123	1.0063	0.6473	-1.2188	0.3881	0.2116	-0.0669	0.0488	0.285	-0.0158	0.1726	-21.808	-13.5685	-1.8262
5	4.9017	0.5689	1.6326	1.9933	2.1713	13.0535	-0.0324	-0.3153	0.0785	0.1014	-0.0731	-0.2764	0.2955	0.6497	0.1055	0.1885	-0.0002	0.0115	0.2083	0.0607	0.2738	-11.0376	-9.8548	-3.4544
6	11.5452	-0.0735	3.6019	12.8613	-4.7055	13.1639	0.1671	0.3756	-0.1849	-0.527	-0.295	1.191	0.3853	-1.1716	0.1279	0.2257	0.0129	-0.0126	0.2615	-0.0478	0.238	-21.9429	-4.2913	-11.4639
7	5.6241	0.0698	-2.764	8.5803	0.7863	4.8247	-0.1089	-0.4384	0.3272	0.0804	0.1394	0.0169	0.0064	0.2318	-0.0306	0.1874	0.0243	-0.0239	0.2881	0.0023	0.2113	-13.3128	0.114	-7.4644
8	6.8332	-1.7706	-0.1161	4.1189	0.7795	2.1592	-0.027	-0.2287	-0.1383	0.1828	0.1299	-0.4468	-0.0354	0.3874	-0.1029	0.2408	-0.0014	0.0173	0.2931	0.0085	0.1942	-6.3044	-4.0332	-16.0569
9	5.9262	-1.8519	-2.4812	3.3328	1.791	4.8073	0.094	0.0882	0.2822	-0.2211	0.073	-0.0249	-0.3764	0.0849	-0.1669	0.2561	0.0316	-0.0048	0.2018	0.0291	0.1371	-11.7237	4.395	-19.3165
10	4.1524	1.7221	-0.0537	6.697	0.505	3.3065	0.1061	0.5294	-0.3605	-0.121	-0.13	0.0206	0.2506	0.3632	0.024	0.3675	0.1035	-0.0324	0.2682	0.0219	0.1101	-13.7625	3.7859	-27.889
11	6.3225	-4.2899	-3.1651	6.6971	-0.7279	11.7573	-0.1041	0.0572	0.1525	0.0379	-0.2504	0.1896	0.2451	0.5778	0.3545	0.2911	0.0153	-0.0192	0.2364	0.0829	0.1431	-15.1737	13.2005	-29.5499
12	32.1346	-29.9829	-8.5484	40.7406	-0.085	7.4034	0.0645	0.051	-1.6392	-0.47	-1.0592	0.681	0.3108	0.8225	0.9947	0.9852	0.2496	0.0725	0.8097	-0.0342	0.1603	-12.5735	2.0143	-37.4539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	97 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	106 - 122
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	123 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	131 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	140 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	153 - 179
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	180 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	193 - 205
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	206 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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