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万見
- PDB-4leu: Crystal Structure of THA8-like protein from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4leu
タイトルCrystal Structure of THA8-like protein from Arabidopsis thaliana
要素Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g46870
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Group II intron RNA splicing in chloroplast / RNA-binding protein / Chloroplast / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific mRNA binding / chloroplast / single-stranded RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Pentatricopeptide repeat-containing protein THA8L-like / PPR repeat family / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein THYLAKOID ASSEMBLY 8-like, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ke, J. / Chen, R.Z. / Ban, T. / Brunzelle, J.S. / Gu, X. / Kang, Y. / Melcher, K. / Zhu, J.K. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of a PLS-class Pentatricopeptide Repeat Protein Provides Insights into Mechanism of RNA Recognition.
著者: Ban, T. / Ke, J. / Chen, R. / Gu, X. / Tan, M.H. / Zhou, X.E. / Kang, Y. / Melcher, K. / Zhu, J.K. / Xu, H.E.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g46870


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1841
ポリマ－30,1841
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.170, 53.302, 42.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g46870


分子量: 30183.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At3g46870, T6H20.100, THA8 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9STF9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 12% (w/v) PEG3350, 4% (v/v) Tacsimate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月28日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 17524 / Num. obs: 17384 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.839 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2413 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.79 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25306 887 5.1 %RANDOM
Rwork0.20406 ---
all0.20659 16642 --
obs0.20659 16394 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-1.37 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1506 0 0 128 1634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3912.0092069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1495181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.85924.9371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.31815312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.083158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211132
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 66 -
Rwork0.283 1080 -
obs--92.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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