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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3as8 | ||||||
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Title | MamA MSR-1 P41212 | ||||||
![]() | Magnetosome protein MamA | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / Tetratricopeptide repeats (TPR) containing protein / TPR protein / protein-protein interactions / MamA / CYTOSOL | ||||||
Function / homology | ![]() magnetosome / magnetosome assembly / magnetosome membrane / cell outer membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zeytuni, N. / Davidov, G. / Zarivach, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Self-recognition mechanism of MamA, a magnetosome-associated TPR-containing protein, promotes complex assembly Authors: Zeytuni, N. / Ozyamak, E. / Ben-Harush, K. / Davidov, G. / Levin, M. / Gat, Y. / Moyal, T. / Brik, A. / Komeili, A. / Zarivach, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 76.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3as4C ![]() 3as5SC ![]() 3asdC ![]() 3asfC ![]() 3asgC ![]() 3ashC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20657.445 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 41-217 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: MSR-1 / Gene: mamA, mgI495, MGR_4099 / Plasmid: pET52b / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.32 % / Mosaicity: 1.205 ° |
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Crystal grow | Temperature: 286 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Ammonium sulfat, HEPES, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→17 Å / Num. all: 17853 / Num. obs: 17139 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 2.522 / Net I/σ(I): 14.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3AS5 Resolution: 2→14.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2234 / WRfactor Rwork: 0.1806 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8544 / SU B: 7.722 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / SU Rfree: 0.1519 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.159 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.41 Å2 / Biso mean: 28.6243 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→14.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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