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- PDB-3aoc: Structures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aoc
タイトルStructures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multisite drug-binding pocket
要素Acriflavine resistance protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / Membrane Protein / Inner Membrane / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ERYTHROMYCIN A / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Nakashima, R. / Sakurai, K. / Yamaguchi, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structures of the multidrug exporter AcrB reveal a proximal multisite drug-binding pocket
著者: Nakashima, R. / Sakurai, K. / Yamasaki, S. / Nishino, K. / Yamaguchi, A.
履歴
登録2010年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acriflavine resistance protein B
B: Acriflavine resistance protein B
C: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,3874
ポリマ－342,6533
非ポリマー7341
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18710 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area116040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.280, 134.211, 162.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Acriflavine resistance protein B


分子量: 114217.742 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, EcDH1_3148, JW0451 / プラスミド: pBAD33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MG1655 / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物 ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン


分子量: 733.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H67NO13 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.24 % / Mosaicity: 0.898 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 220mM sodium phosphate, 100mM NaCl, 14 %(w/v)PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→50 Å / Num. obs: 67856 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.606 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.35-3.4150.33533171.518197.3
3.41-3.475.20.28833941.514198.2
3.47-3.545.30.25134131.52198.7
3.54-3.615.50.20134041.549199.2
3.61-3.695.60.16834281.582199.5
3.69-3.775.60.14734371.615199.4
3.77-3.875.70.12134151.607199.4
3.87-3.975.80.09934371.545199.4
3.97-4.095.90.08434041.569199.4
4.09-4.2260.07234351.584199.2
4.22-4.3760.06334131.673198.9
4.37-4.556.10.05534321.715199
4.55-4.756.10.05633721.923198.9
4.75-56.10.05234642.019198.7
5-5.326.20.05334102.052199.3
5.32-5.736.30.05134751.89199.7
5.73-6.36.40.04234751.51199.9
6.3-7.216.40.03234731.251199.8
7.21-9.086.30.02534431.141198.5
9.08-505.60.02428151.21178.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.54 Å45.74 Å
Translation3.54 Å45.74 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DHH

2dhh


解像度: 3.34→45.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / WRfactor Rfree: 0.3178 / WRfactor Rwork: 0.2615 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7086 / SU B: 36.263 / SU ML: 0.582 / SU Rfree: 0.714 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.725 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3444 3329 5 %RANDOM
Rwork0.27305 ---
obs0.2767 62881 95.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 191.81 Å2 / Biso mean: 113.521 Å2 / Biso min: 25.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.34→45.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23322 0 51 5 23378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02223813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9732350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.06253060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.09924.484930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.54154008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6715114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.23831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.515201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.052224525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07238612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9354.57825
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.339→3.426 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 211 -
Rwork0.411 4422 -
all-4633 -
obs--91.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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