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万見
- PDB-3w9j: Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w9j
タイトルStructural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters
要素Multidrug resistance protein MexB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MexB / Efflux pump / Transporter / Multidrug efflux pump / MexA / OprM / Inner Membrane / Transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P9D / Multidrug resistance protein MexB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Sakurai, K. / Nakashima, R. / Hayashi, K. / Yamaguchi, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters
著者: Nakashima, R. / Sakurai, K. / Yamasaki, S. / Hayashi, K. / Nagata, C. / Hoshino, K. / Onodera, Y. / Nishino, K. / Yamaguchi, A.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein MexB
B: Multidrug resistance protein MexB
C: Multidrug resistance protein MexB
D: Multidrug resistance protein MexB
E: Multidrug resistance protein MexB
F: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)691,28323
ポリマ－682,2366
非ポリマー9,04717
水00
1
A: Multidrug resistance protein MexB
B: Multidrug resistance protein MexB
C: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,38611
ポリマ－341,1183
非ポリマー4,2688
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25290 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area107700 Å2
手法PISA
2
D: Multidrug resistance protein MexB
E: Multidrug resistance protein MexB
F: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,89712
ポリマ－341,1183
非ポリマー4,7799
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25780 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area107830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.204, 137.034, 152.275
Angle α, β, γ (deg.)85.750, 68.930, 87.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA5 - 10305 - 1030
21PHEPHEDD5 - 10315 - 1031
12LEULEUBB5 - 10305 - 1030
22LEULEUEE5 - 10305 - 1030
13LEULEUCC5 - 10305 - 1030
23LEULEUFF5 - 10305 - 1030

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Multidrug resistance protein MexB / Multidrug-efflux transporter MexB


分子量: 113706.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: mexB, PA0426 / プラスミド: pUCP20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MG1655 / 参照: UniProt: P52002
#2: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-P9D / [{2-[({[(3R)-1-{8-[(4-tert-butyl-1,3-thiazol-2-yl)carbamoyl]-4-oxo-3-[(E)-2-(1H-tetrazol-5-yl)ethenyl]-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-2-yl}piperidin-3-yl]oxy}carbonyl)amino]ethyl}(dimethyl)ammonio]acetate


分子量: 693.776 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N11O6S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 % / Mosaicity: 0.918 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50mM Na Acetate-HCl pH5.0, 300mM NaCl, 25% PEG400, 32ug/ml ABI-PP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→100 Å / Num. obs: 160614 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.705 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.15-3.23.90.6380202.047198.8
3.2-3.2640.52780611.83198.9
3.26-3.3340.44580551.444199
3.33-3.3940.35980921.434199
3.39-3.4740.30379951.434198.9
3.47-3.5540.25180221.335199.1
3.55-3.6440.21780401.532199.1
3.64-3.733.90.18880511.569199.1
3.73-3.8440.14980761.422199.2
3.84-3.973.90.12980471.671199.1
3.97-4.1140.09680771.513199.3
4.11-4.283.90.08680791.587199.3
4.28-4.473.90.0780671.665199.4
4.47-4.713.90.06280791.781199.4
4.71-53.90.05880771.832199.4
5-5.393.90.05980811.836199.5
5.39-5.933.90.0681291.775199.6
5.93-6.793.90.05480751.911199.6
6.79-8.553.90.03881142.144199.6
8.55-1003.60.03673772.51191

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.49 Å43.26 Å
Translation3.49 Å43.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V50

2v50


解像度: 3.15→42.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / WRfactor Rfree: 0.2602 / WRfactor Rwork: 0.1881 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / FOM work R set: 0.7664 / SU B: 22.884 / SU ML: 0.388 / SU Rfree: 0.5043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.504 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2788 7980 5 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2062 159527 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 291.27 Å2 / Biso mean: 83.2169 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0.01 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20.01 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→42.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46735 0 623 0 47358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01948340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.98165682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75556151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.90524.3981860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.477157908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.86915228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.27725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02135668
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A7668MEDIUM POSITIONAL0.210.5
1A7668MEDIUM THERMAL7.382
2B7779MEDIUM POSITIONAL0.220.5
2B7779MEDIUM THERMAL7.412
3C7778MEDIUM POSITIONAL0.250.5
3C7778MEDIUM THERMAL7.572
LS精密化 シェル解像度: 3.152→3.233 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 526 -
Rwork0.294 9933 -
all-10459 -
obs--86.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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