PDB-3w9i: Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w9i

タイトル

Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters

要素

Multidrug resistance protein MexB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / MexB / Efflux pump / Transporter / Multidrug efflux pump / MexA / OprM / Inner Membrane / Transport protein

機能・相同性

機能・相同性情報

xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Sakurai, K. / Nakashima, R. / Hayashi, K. / Yamaguchi, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the inhibition of bacterial multidrug exporters
著者: Nakashima, R. / Sakurai, K. / Yamasaki, S. / Hayashi, K. / Nagata, C. / Hoshino, K. / Onodera, Y. / Nishino, K. / Yamaguchi, A.

履歴

登録	2013年4月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w9i.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w9i.ent.gz	954.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/3w9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w9hC 3w9jC 2v50S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hrt-2 3aoc-d 3w9j-1 5yil-d 2i6w-1 6iia-1 3aod-d 6baj-d 3w9j-2 6iia-2 7kgi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Multidrug resistance protein MexB

B: Multidrug resistance protein MexB

C: Multidrug resistance protein MexB

D: Multidrug resistance protein MexB

E: Multidrug resistance protein MexB

F: Multidrug resistance protein MexB

ヘテロ分子

685 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multidrug resistance protein MexB

B: Multidrug resistance protein MexB

C: Multidrug resistance protein MexB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Multidrug resistance protein MexB

E: Multidrug resistance protein MexB

F: Multidrug resistance protein MexB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.815, 133.981, 150.467
Angle α, β, γ (deg.)	87.14, 69.49, 88.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	C
2	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 1030 / Label seq-ID: 1 - 1030

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	D	D
1	2	B	B
2	2	E	E
1	3	C	C
2	3	F	F

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.612914, 0.665371, 0.426167), (0.665791, 0.144445, 0.732023), (0.425509, 0.732405, -0.53153)	-9.6414, 7.20559, 11.39539

#1: タンパク質	Multidrug resistance protein MexB / Multidrug-efflux transporter MexB 分子量: 112877.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: mexB, PA0426 / プラスミド: pUCP20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MG1655 / 参照: UniProt: P52002
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 50mM Na Acetate-HCl pH5.0, 300mM NaCl, 25% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月23日

放射

モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→100 Å / Num. obs: 241501 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	3.7	0.552	1	96.9
2.75-2.8	3.7	0.445	1	97.4
2.8-2.85	3.7	0.382	1	97.7
2.85-2.91	3.8	0.329	1	97.3
2.91-2.97	3.8	0.274	1	97.8
2.97-3.04	3.8	0.224	1	98.2
3.04-3.12	3.8	0.181	1	98.2
3.12-3.2	3.8	0.15	1	98.7
3.2-3.3	3.8	0.123	1	98.8
3.3-3.4	3.9	0.094	1	99
3.4-3.52	3.9	0.075	1	99.1
3.52-3.66	3.9	0.064	1	99.1
3.66-3.83	3.9	0.051	1	99.2
3.83-4.03	3.8	0.044	1	99.2
4.03-4.29	3.8	0.038	1	99.2
4.29-4.62	3.8	0.034	1	99.1
4.62-5.08	3.8	0.032	1	98.9
5.08-5.82	3.9	0.032	1	99.6
5.82-7.33	3.9	0.028	1	99.6
7.33-100	3.7	0.024	1	77.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.35 Å	48.33 Å
Translation	3.35 Å	48.33 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V50

2v50

解像度: 2.71→48.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.3 / SU ML: 0.318 / SU R Cruickshank DPI: 0.8203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.862 / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31529	12079	5 %	RANDOM
R_work	0.28176	-	-	-
obs	0.28346	228777	97.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.258 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0.02 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→48.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46738	0	560	7	47305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	48342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	47367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.981	65669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.199	3	108907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.873	5	6151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.624	24.398	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.059	15	7908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.663	15	228
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.345	0.2	7749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	54173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	10603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	15395	MEDIUM POSITIONAL	0.54	0.5
1	A	15395	MEDIUM THERMAL	12.86	2
2	B	15608	MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
2	B	15608	MEDIUM THERMAL	11.77	2
3	C	15607	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
3	C	15607	MEDIUM THERMAL	8.67	2

LS精密化シェル

解像度: 2.708→2.778 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.479	900	-
R_work	0.392	16271	-
obs	-	-	93.29 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)