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万見
- PDB-3ahz: Crystal structure of beta-glucosidase from termite Neotermes kosh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ahz
タイトルCrystal structure of beta-glucosidase from termite Neotermes koshunensis in complex with Tris
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / cellulases / glycosyl hydrolase / manganese enhancement
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Neotermes koshunensis (コウシュンシロアリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Jeng, W.-Y. / Liu, C.-I. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural and functional analysis of three beta-glucosidases from bacterium Clostridium cellulovorans, fungus Trichoderma reesei and termite Neotermes koshunensis
著者: Jeng, W.-Y. / Wang, N.-C. / Lin, M.-H. / Lin, C.-T. / Liaw, Y.-C. / Chang, W.-J. / Liu, C.-I. / Liang, P.-H. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2010年5月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8403
ポリマ－55,6261
非ポリマー2142
水14,520806
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.959, 68.451, 75.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-863-

HOH

21A-926-

HOH

31A-1122-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 55625.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neotermes koshunensis (コウシュンシロアリ)
遺伝子: NkBG / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8T0W7, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 18-21%(w/v) PEG 3350, 0.1-0.25M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97315 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月16日 / 詳細: Vertically Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Si(111) Bent Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→30 Å / Num. all: 105275 / Num. obs: 105222 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.34→1.39 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 10460 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CBG

1cbg


解像度: 1.34→25.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.289 / SU ML: 0.024 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14381 5061 5 %RANDOM
Rwork0.11526 ---
obs0.11671 95986 96.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å2-0.58 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→25.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3811 0 14 806 4631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.9365356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.885471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01224.279208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.65115605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7111521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4691.52348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11323776
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.99631587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2214.51580
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.60733935
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.0243811
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.56933825
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.412 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 726 -
Rwork0.156 13134 -
obs--90.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.1798 Å / Origin y: 87.7812 Å / Origin z: 15.7237 Å
111213212223313233
T0.0103 Å20.0024 Å2-0.0013 Å2-0.0067 Å2-0.0006 Å2--0.0099 Å2
L0.2408 °2-0.0285 °20.0471 °2-0.0857 °2-0.0574 °2--0.118 °2
S-0.0127 Å °-0.0373 Å °-0.0105 Å °0.0089 Å °0.0112 Å °-0.0152 Å °-0.015 Å °-0.0063 Å °0.0016 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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