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- PDB-3af9: Crystal Structure of Pd(allyl)/apo-C48AFr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3af9
タイトルCrystal Structure of Pd(allyl)/apo-C48AFr
要素Ferritin light chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron Storage Protein / Light Chain Ferritin / Artificial Metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / autophagosome / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PALLADIUM ION / Palladium(II) allyl complex / Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Abe, S. / Hikage, T. / Watanabe, Y. / Kitagawa, S. / Ueno, T.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Mechanism of Accumulation and Incorporation of Organometallic Pd Complexes into the Protein Nanocage of apo-Ferritin.
著者: Abe, S. / Hikage, T. / Watanabe, Y. / Kitagawa, S. / Ueno, T.
履歴
登録2010年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Ferritin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,96214
ポリマ－19,8401
非ポリマー1,12213
水2,756153
1
X: Ferritin light chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)503,089336
ポリマ－476,16924
非ポリマー26,920312
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area91540 Å2
ΔGint-320 kcal/mol
Surface area136630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.433, 182.433, 182.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-176-

CD

21X-296-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 Ferritin light chain / Ferritin L subunit


分子量: 19840.363 Da / 分子数: 1 / 変異: C48A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / プラスミド: pMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue / 参照: UniProt: P02791

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非ポリマー , 6種, 166分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-PLL / Palladium(II) allyl complex


分子量: 147.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5Pd
#5: 化合物 ChemComp-PD / PALLADIUM ION


分子量: 106.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pd
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ammonium sulfate, cadmium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.508 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月26日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.508 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 22730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 16.771 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DAT

1dat


解像度: 1.85→25.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20283 1162 5.1 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.17837 21557 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.087 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1360 0 41 153 1554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9731968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.165184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38923.71878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59515263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1191514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21007
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2110.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8971.5888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41221380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4693634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0524.5581
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.86535
LS精密化 シェル解像度: 1.852→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 99 -
Rwork0.18 1554 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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