PDB-3aev: Crystal structure of a/eIF2alpha-aDim2p-rRNA complex from Pyrococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aev

タイトル

Crystal structure of a/eIF2alpha-aDim2p-rRNA complex from Pyrococcus horikoshii OT3

要素

Putative uncharacterized protein PH1566
RNA (5'-R(*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*C)-3')
Translation initiation factor 2 subunit alpha

キーワード

TRANSLATION/RNA BINDING PROTEIN/RNA / Proteins-rRNA complex / 16S rRNA / RNA-binding / RNA processing / Initiation factor / Protein biosynthesis / TRANSLATION-RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

translation initiation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Tanokura, M. / Jia, M.Z. / Nagata, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: An archaeal Dim2-like protein, aDim2p, forms a ternary complex with a/eIF2 alpha and the 3' end fragment of 16S rRNA
著者: Jia, M.Z. / Horita, S. / Nagata, K. / Tanokura, M.

履歴

登録	2010年2月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aev.cif.gz	94 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aev.ent.gz	70.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aev_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aev_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	3aev_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	3aev_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/3aev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/3aev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	3bqq-d 3tjz-1 3wo3-6 3t4b-d 5c23-2 6ley-1 5y04-d 6iu3-1 5ziz-2 6uie-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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登録構造単位

A: Translation initiation factor 2 subunit alpha

B: Putative uncharacterized protein PH1566

C: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*UP*CP*C)-3')

60.7 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.998, 93.600, 116.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha / aIF2-alpha 分子量: 32036.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0961 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58655
#2: タンパク質	Putative uncharacterized protein PH1566 / aDim2p 分子量: 25189.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH1566 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59282
#3: RNA鎖	RNA (5'-R(GPGPAPUPCPAPCPCPUPCPC)-3') 分子量: 3442.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 12% PEG 8000, 0.1M citrate buffer, 0.2M Sodium Chloride, 6% 1,5-Diaminopentane di-HCl, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 24090 / B_iso Wilson estimate: 48 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2E3U AND 1YZ6

2e3u

1yz6

解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 19.359 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1226	5.1 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	22819	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2808	227	0	0	3035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	2.061	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.336	3	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.634	5	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.416	23.577	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.111	15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.785	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.145	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.288	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.237	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.749	1.5	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.035	1.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.282	2	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.813	3	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.946	4.5	1474

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	94	-
R_work	0.336	1623	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6567	-2.0235	-0.0152	20.0258	-16.6854	29.1432	0.4685	-0.0748	0.6973	-0.3443	0.4129	1.6502	-2.0356	-0.0814	-0.8814	0.4911	0.1687	-0.1426	0.219	-0.1041	0.3588	-12.9135	24.8093	4.4658
2	9.5216	2.1587	1.1478	2.164	2.198	4.3713	0.0699	0.4543	-0.0347	-0.4447	0.2685	-0.008	-0.5276	0.3532	-0.3384	0.329	-0.0449	0.0183	0.2953	-0.0168	0.2514	0.8471	16.7174	3.6109
3	18.5938	4.7817	6.1395	3.8005	0.581	7.7528	-0.7109	1.2821	0.5769	-0.8056	0.3224	0.1596	-0.73	0.5349	0.3885	0.4667	-0.0374	-0.0555	0.3398	0.0167	0.2197	-5.4887	19.8718	-2.1609
4	2.3238	-1.1798	3.5427	4.3077	-3.2152	7.0701	-0.093	0.14	0.1158	-0.0941	0.1016	-0.2222	0.0437	0.0134	-0.0085	0.3295	-0.0298	0.0273	0.3228	-0.0359	0.3188	1.0671	15.8878	10.7038
5	5.5333	0.2115	1.9016	7.9936	4.9783	24.6971	0.9716	0.7944	-0.8835	0.2399	-0.0749	-0.8972	0.2165	1.6229	-0.8967	0.2656	0.0265	-0.0264	0.4684	-0.1113	0.3675	9.6062	9.4608	9.9181
6	3.0286	0.1962	1.5302	1.666	-0.0563	3.5103	-0.0659	0.2121	-0.0027	-0.144	0.1047	0.0764	0.0003	0.0441	-0.0388	0.2852	-0.0208	-0.0164	0.3119	-0.036	0.2728	-3.0523	15.7774	4.9692
7	4.3542	-3.5827	1.0114	4.8904	2.69	6.6215	0.1224	-0.3808	0.4385	-0.0204	-0.1206	-0.2726	-0.6375	-0.0585	-0.0018	0.2972	-0.0025	-0.0139	0.3337	-0.0728	0.3116	-5.269	22.3064	8.9197
8	22.5411	24.6998	-3.5333	38.641	12.4599	23.5952	0.31	-1.1061	-1.037	0.6712	-0.6812	0.0146	1.4298	-0.7382	0.3713	0.3398	-0.0976	-0.0719	0.3274	0.0852	0.3005	-12.4095	6.116	10.1801
9	24.6311	3.3487	5.3144	4.7049	-0.6463	19.9293	1.0974	-0.1887	-1.2386	-0.0429	-0.5678	-0.177	1.0312	-0.2817	-0.5296	0.3505	-0.0523	-0.1357	0.266	0.0237	0.2667	-13.3085	6.1714	3.0313
10	17.9712	-1.8986	9.9244	9.144	-5.1569	7.3679	0.3845	-0.5189	-0.1383	-0.1577	-0.4231	-0.3053	0.1435	-0.1415	0.0386	0.3982	0.0409	-0.1187	0.3528	-0.081	0.2526	-16.972	8.6253	-4.2481
11	5.6514	-3.7958	-2.2126	2.8577	-0.2779	10.962	-0.4283	0.1754	-0.01	-0.4528	-0.0175	-1.1247	0.6741	0.8373	0.4457	0.3035	0.0624	-0.0289	0.359	-0.0142	0.2985	-20.8047	12.9166	-15.7889
12	16.0077	7.2224	2.8188	12.9668	13.0646	34.595	0.8158	0.3851	0.4208	-0.4892	0.0182	-0.6973	-0.5941	1.4257	-0.834	0.207	0.0903	0.0552	0.3299	0.0648	0.2079	-21.4235	21.6566	-19.0986
13	3.3893	-3.3813	0.5744	3.4994	-1.5529	7.7056	0.039	-0.1661	0.0345	0.5214	0.0378	-0.6131	-0.3123	0.2536	-0.0768	0.2877	0.0345	-0.0359	0.3545	-0.0535	0.3232	-25.558	18.7575	-6.218
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23	9.2895	8.6229	-1.1052	12.0558	2.8427	3.8254	0.3712	-0.2892	0.2104	-0.1077	0.0072	0.4013	0.3308	0.1782	-0.3784	0.3313	0.0527	-0.1425	0.3089	-0.054	0.3431	-23.3848	-4.7094	-18.2009
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26	17.1651	8.5885	-1.0355	4.469	0.204	3.0983	0.7142	-1.2942	1.0041	0.5202	-0.3978	0.5391	0.1669	-0.2671	-0.3165	0.391	-0.0139	-0.063	0.3463	-0.0405	0.3247	-41.0706	-8.5066	-17.1441
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30	29.3263	15.9069	6.3065	18.8504	0.6297	2.1182	0.3879	-1.093	1.0609	2.0325	-0.4221	0.7955	-0.5914	-0.7611	0.0342	0.3532	-0.0258	0.1078	0.4334	-0.1159	0.2826	-48.1116	-4.796	-22.7295
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32	10.656	0.4755	-6.5992	34.0998	-30.5334	30.9187	-0.4694	1.2588	0.344	-1.5131	0.068	1.7144	-2.0071	0.314	0.4014	0.4068	0.0277	-0.1569	0.2942	-0.0035	0.3537	-46.8146	5.4493	-35.8863
33	4.5099	-0.7214	3.8651	3.4361	0.5593	4.5639	0.3113	0.1393	-0.1393	0.1753	-0.0404	0.0296	0.4078	-0.1484	-0.271	0.3524	-0.0595	0.0105	0.3409	-0.0172	0.2307	-45.7732	-18.2574	-33.0486
34	8.718	0.1181	10.2149	7.9317	0.5868	15.1684	0.4277	0.7789	-1.7379	0.6401	0.5845	-0.5669	0.4444	0.8467	-1.0122	0.3566	0.1666	-0.2111	0.2526	-0.2236	0.6265	-21.9019	-21.0407	-24.9459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	28 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	51 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	57 - 73
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	74 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	85 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	90 - 94
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	95 - 101
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	102 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	112 - 123
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	124 - 139
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	140 - 151
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	152 - 167
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	168 - 174
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	26 - 29
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	30 - 35
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	36 - 51
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	52 - 59
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	60 - 79
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	80 - 88
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	89 - 101
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	102 - 111
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	112 - 117
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	118 - 137
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	138 - 153
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	154 - 158
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	159 - 181
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	182 - 190
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	191 - 201
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	202 - 208
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	1 - 6
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	7 - 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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