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- PDB-3a7p: The crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a7p
タイトルThe crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Atg16
要素Autophagy protein 16
キーワードPROTEIN TRANSPORT / coiled-coil / Autophagy / Coiled coil / Cytoplasmic vesicle / Transport / Vacuole
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg12-Atg5-Atg16 complex / vacuole-isolation membrane contact site / phagophore / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagosome organization / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site ...Atg12-Atg5-Atg16 complex / vacuole-isolation membrane contact site / phagophore / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / autophagosome organization / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / autophagosome assembly / macroautophagy / autophagy / protein-macromolecule adaptor activity / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 16 domain / Autophagy protein 16 (ATG16) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fujioka, Y. / Noda, N.N. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Dimeric coiled-coil structure of Saccharomyces cerevisiae Atg16 and its functional significance in autophagy.
著者: Fujioka, Y. / Noda, N.N. / Nakatogawa, H. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F.
履歴
登録2009年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy protein 16
B: Autophagy protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6072
ポリマ－34,6072
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.191, 114.191, 156.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-163-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Autophagy protein 16 / Atg16 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 11 / SAP18 homolog


分子量: 17303.604 Da / 分子数: 2 / 変異: D101A, E102A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ATG16 / プラスミド: pGEX6P / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03818
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.5M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 15085 / Num. obs: 15085 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 1204 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A7O

3a7o


解像度: 2.8→46.1 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1390 -RANDOM
Rwork0.253 ---
all0.254 13763 --
obs0.254 13763 89.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.59 Å2-25.59 Å20 Å2
2---18.59 Å20 Å2
3---37.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1293 0 0 28 1321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.29
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 147 -
Rwork0.436 --
obs-1652 66.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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