PDB-32c2: STRUCTURE OF AN ACTIVITY SUPPRESSING FAB FRAGMENT TO CYTOCHROME P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 32c2

タイトル

STRUCTURE OF AN ACTIVITY SUPPRESSING FAB FRAGMENT TO CYTOCHROME P450 AROMATASE

要素

(IGG1 ANTIBODY 32C2) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / FAB / ANTIBODY / AROMATASE / P450

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Sawicki, M.W. / Ng, P.C. / Burkhart, B. / Pletnev, V. / Higashiyama, T. / Osawa, Y. / Ghosh, D.

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1999
タイトル: Structure of an activity suppressing Fab fragment to cytochrome P450 aromatase: insights into the antibody-antigen interactions.
著者: Sawicki, M.W. / Ng, P.C. / Burkhart, B.M. / Pletnev, V.Z. / Higashiyama, T. / Osawa, Y. / Ghosh, D.

履歴

登録	1999年4月21日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	32c2.cif.gz	94.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb32c2.ent.gz	72.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	32c2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2c/32c2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/2c/32c2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1flrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qcv-1 1nd0-4 4kkl-2 6vjt-d 1bm3-d 4kjw-2 5mp3-2 1t3f-d 5b4m-2 6xli-3 1lo3-2 2v7h-2 6bb4-2 1hh6-d 5mhe-d 1bog-d 6bi2-2 6al4-2 5ye4-2 2aj3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IGG1 ANTIBODY 32C2

B: IGG1 ANTIBODY 32C2

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.890, 73.510, 36.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	IGG1 ANTIBODY 32C2 分子量: 23827.373 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN, VARIABLE REGION / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	IGG1 ANTIBODY 32C2 分子量: 23468.115 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN, VARIABLE REGION / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.58 %

結晶化

pH: 4.4
詳細: 0.2M SODIUM ACETATE, PH 4.4 @ 12 MG/ML. PRECIPITANT WAS 25% PEG 3350, pH 4.40

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 51 %

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5 / PH range high: 4.2

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	0.2 M	sodium acetate	1	drop
2	10 mM	sodium azide	1	drop
3	12 mg/ml	Fab	1	drop
4	25 %	PEG3350	1	reservoir
5	0.2 M	sodium acetate	1	reservoir
6	10 mM		1	reservoir	NaN3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→99 Å / Num. obs: 9161 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.091
反射シェル	解像度: 3→3.19 Å / % possible all: 71.9
反射	PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 99 Å / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 42185 / R_merge(I) obs*: 0.091
反射シェル	PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度*: 3.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
X-PLOR		モデル構築
CNS	0.4	精密化
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FLR

1flr

解像度: 3→99 Å / R_factor R_free error: 0.011 / Data cutoff high rms absF: 196784 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.317	808	10.2 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	-	7950	88.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.99 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.54 Å	0.34 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.31 Å	0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3326	0	0	0	3326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	1.052
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	2.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.7
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.18
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	4.43	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	6.9	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	5.5	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	7.66	2.5

LS精密化シェル

解像度: 3→3.19 Å / R_factor R_free error: 0.04 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	94	8.9 %
R_work	0.264	966	-
obs	-	-	71.9 %

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 99 Å / R_factor obs: 0.2124

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	26.7
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.18
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	4.43
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	5.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	6.9
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	7.66

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.344 / R_factor R_work: 0.264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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