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万見
- PDB-2zva: Lyn Tyrosine Kinase Domain-Dasatinib complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zva
タイトルLyn Tyrosine Kinase Domain-Dasatinib complex
要素Tyrosine-protein kinase Lyn
キーワードTRANSFERASE / Lyn Kinase dasatinib / ATP-binding / Kinase / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Palmitate / Phosphoprotein / Proto-oncogene / SH2 domain / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Growth hormone receptor signaling / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / erythropoietin receptor binding / C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / Signaling by Erythropoietin / Platelet Adhesion to exposed collagen / response to sterol depletion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family ...Growth hormone receptor signaling / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / erythropoietin receptor binding / C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / Signaling by Erythropoietin / Platelet Adhesion to exposed collagen / response to sterol depletion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / regulation of mast cell activation / PECAM1 interactions / CD22 mediated BCR regulation / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Erythropoietin activates RAS / Regulation of KIT signaling / eosinophil differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Co-stimulation by CD28 / negative regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / GPVI-mediated activation cascade / regulation of B cell receptor signaling pathway / EPHB-mediated forward signaling / FCERI mediated MAPK activation / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / Signaling by SCF-KIT / FCGR activation / tolerance induction to self antigen / Cyclin D associated events in G1 / integrin alpha2-beta1 complex / negative regulation of mast cell proliferation / positive regulation of mast cell proliferation / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / glycosphingolipid binding / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemoglobin biosynthetic process / platelet degranulation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / regulation of mast cell degranulation / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / Regulation of signaling by CBL / regulation of platelet aggregation / phosphorylation-dependent protein binding / dendritic cell differentiation / regulation of B cell apoptotic process / neuroinflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-5-mediated signaling pathway / histamine secretion by mast cell / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to carbohydrate / oligodendrocyte development / gamma-tubulin binding / platelet-derived growth factor receptor binding / postsynaptic specialization, intracellular component / toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of B cell proliferation / mitochondrial crista / regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation of MAP kinase activity / B cell homeostasis / hemopoiesis / signaling receptor activator activity / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / response to amino acid / ephrin receptor signaling pathway / response to axon injury / fatty acid transport / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / hematopoietic progenitor cell differentiation / response to hormone / ephrin receptor binding / cellular response to retinoic acid / regulation of cytokine production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / erythrocyte differentiation / adherens junction / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / phosphoprotein binding / non-specific protein-tyrosine kinase / regulation of erythrocyte differentiation / response to insulin
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily ...Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1N1 / Tyrosine-protein kinase Lyn
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Williams, N.K. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of the Lyn Protein Tyrosine Kinase Domain in Its Apo- and Inhibitor-bound State
著者: Williams, N.K. / Lucet, I.S. / Klinken, S.P. / Ingley, E. / Rossjohn, J.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Lyn
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2992
ポリマ－31,8111
非ポリマー4881
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.378, 127.378, 55.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Lyn


分子量: 31810.639 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase Domain, residues 239-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P25911, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-1N1 / N-(2-CHLORO-6-METHYLPHENYL)-2-({6-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]-2-METHYLPYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-1,3-THIAZOLE-5-CARBOXAMIDE / Dasatinib / ダサチニブ


分子量: 488.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26ClN7O2S / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 1 IN THE DATABASE, LYN_MOUSE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% polyethylene glycol 3350, 0.1M NaCl, 0.1M Na-Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.2 Å / Num. obs: 10106

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QPD

1qpd


解像度: 2.6→33.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 22.275 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.782 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23111 476 4.7 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.19935 9624 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 33 38 2147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.9892931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6455261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80924.15789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.80415384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.21015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21472
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1090.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1340.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.89131366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72172113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1227954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.16510818
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 38 -
Rwork0.31 690 -
obs--95.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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